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1oxl

INHIBITION OF PHOSPHOLIPASE A2 (PLA2) BY (2-CARBAMOYLMETHYL-5-PROPYL-OCTAHYDRO-INDOL-7-YL)-ACETIC ACID (INDOLE): CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN PLA2 FROM RUSSELL'S VIPER AND INDOLE AT 1.8 RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa

物种未注明

UniProt P59071

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 (2-CARBAMOYLMETHYL-5-PROPYL-OCTAHYDRO-INDOL-7-YL)ACETIC ACID × 1 CARBONATE ION × 2 SULFATE ION × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 4 (2-CARBAMOYLMETHYL-5-PROPYL-OCTAHYDRO-INDOL-7-YL)ACETIC ACID × 2 CARBONATE ION × 4 SULFATE ION × 2 water × 4 与蛋白数一致
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 (2-CARBAMOYLMETHYL-5-PROPYL-OCTAHYDRO-INDOL-7-YL)ACETIC ACID × 1 CARBONATE ION × 2 SULFATE ION × 1 water × 2 与蛋白数一致
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 (2-CARBAMOYLMETHYL-5-PROPYL-OCTAHYDRO-INDOL-7-YL)ACETIC ACID × 1 CARBONATE ION × 2 SULFATE ION × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1cl5 1cl5 1fb2 1fb2 1fv0 1fv0 1jq9 1kpm 1kpm 1q6v 1q7a 1sv3

共 42 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
1oxl 1oxl 1oxl 1tp2 1y38

共 5 个 assembly

同源四聚体
1fv0 1oxl

共 2 个 assembly

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1jq9 1jq9 1jq9 1oyf 1sqz 1tdv 1tg1 1tg4 1tj9 1tjk 1tk4 2do2

共 18 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PA28_DABRP
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–111； UniProt 1–121 作者链 B； PDB构建体 1–111； UniProt 1–121

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1oxl
沉积日期 deposition_date2003-04-02
结构标题 titleINHIBITION OF PHOSPHOLIPASE A2 (PLA2) BY (2-CARBAMOYLMETHYL-5-PROPYL-OCTAHYDRO-INDOL-7-YL)-ACETIC ACID (INDOLE): CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN PLA2 FROM RUSSELL'S VIPER AND INDOLE AT 1.8 RESOLUTION
关键词 keywordsphospholipase A2, indole derivative, inhibition, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1oxl__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1oxl__assembly_3__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1oxl__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）23.55 Å
Rg（电子密度）23.25 Å
总 Rg23.95 Å
原子数1920
残基数242
排除体积34100 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1oxl__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1oxl__assembly_2__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 1oxl__assembly_3__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 1oxl__assembly_4__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1oxla_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamilya.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family familya.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2
结构域编号 domain_idd1oxlb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamilya.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family familya.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1oxlA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phospholipase A2 domain
结构域编号 domain_id1oxlB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phospholipase A2 domain
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7. 引用文献 (3)