1ozb

Crystal Structure of SecB complexed with SecA C-terminus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein-export protein secB

Haemophilus influenzae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Preprotein translocase secA subunit × 2 （P43803） ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SECB_HAEIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169 作者链 B； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169 作者链 C； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169 作者链 D； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169 作者链 E； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169 作者链 F； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169 作者链 G； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169 作者链 H； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169

Preprotein translocase secA subunit

Haemophilus influenzae

UniProt P43803

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Protein-export protein secB × 4 （P44853） ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SECA_HAEIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–27； UniProt 875–901 作者链 J； PDB构建体 1–27； UniProt 875–901

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ozb
沉积日期 deposition_date	2003-04-08
结构标题 title	Crystal Structure of SecB complexed with SecA C-terminus
关键词 keywords	ZINC BINDING MOTIF, PROTEIN-PROTEIN COMPLEX, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ozb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ozb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ozb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.37 Å
Rg（电子密度）	24.88 Å
总 Rg	25.87 Å
原子数	4688
残基数	600
排除体积	83572 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ozb__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ozb__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein-export protein secB
分子量 formula_weight	19146.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	9144

MSEQKQDVAATEEQQPVLQIQRIYVKDVSFEAPNLPHIFQQEWKPKLGFDLSTETTQVGDDLYEVVLNISVETTLEDSGDVAFICEVKQAGVFTISGLEDVQMAHCLTSQCPNMLFPYARELVSNLVNRGTFPALNLSPVNFDALFVEYMNRQQAENAEEKSEEEQTKH

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus influenzae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	727
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Preprotein translocase secA subunit
分子量 formula_weight	3034.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

RIGRNEPCPCGSGKKYKHCHGSRVARQ

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus influenzae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	727
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d1ozba_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.33 — SecB-like
超家族 Superfamily superfamily	d.33.1 — SecB-like
家族 Family family	d.33.1.1 — Bacterial protein-export protein SecB

结构域编号 domain_id	d1ozbb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.33 — SecB-like
超家族 Superfamily superfamily	d.33.1 — SecB-like
家族 Family family	d.33.1.1 — Bacterial protein-export protein SecB

结构域编号 domain_id	d1ozbc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.33 — SecB-like
超家族 Superfamily superfamily	d.33.1 — SecB-like
家族 Family family	d.33.1.1 — Bacterial protein-export protein SecB

结构域编号 domain_id	d1ozbd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.33 — SecB-like
超家族 Superfamily superfamily	d.33.1 — SecB-like
家族 Family family	d.33.1.1 — Bacterial protein-export protein SecB

结构域编号 domain_id	d1ozbe_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.33 — SecB-like
超家族 Superfamily superfamily	d.33.1 — SecB-like
家族 Family family	d.33.1.1 — Bacterial protein-export protein SecB

结构域编号 domain_id	d1ozbf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.33 — SecB-like
超家族 Superfamily superfamily	d.33.1 — SecB-like
家族 Family family	d.33.1.1 — Bacterial protein-export protein SecB

结构域编号 domain_id	d1ozbg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.33 — SecB-like
超家族 Superfamily superfamily	d.33.1 — SecB-like
家族 Family family	d.33.1.1 — Bacterial protein-export protein SecB

结构域编号 domain_id	d1ozbh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.33 — SecB-like
超家族 Superfamily superfamily	d.33.1 — SecB-like
家族 Family family	d.33.1.1 — Bacterial protein-export protein SecB

结构域编号 domain_id	d1ozbi_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.74 — Sec-C motif
超家族 Superfamily superfamily	g.74.1 — Sec-C motif
家族 Family family	g.74.1.1 — Sec-C motif

结构域编号 domain_id	d1ozbj_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.74 — Sec-C motif
超家族 Superfamily superfamily	g.74.1 — Sec-C motif
家族 Family family	g.74.1.1 — Sec-C motif

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1ozbA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	420 — Bacterial Protein-export protein SecB
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SecB-like

结构域编号 domain_id	1ozbB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	420 — Bacterial Protein-export protein SecB
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SecB-like

结构域编号 domain_id	1ozbC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	420 — Bacterial Protein-export protein SecB
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SecB-like

结构域编号 domain_id	1ozbD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	420 — Bacterial Protein-export protein SecB
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SecB-like

结构域编号 domain_id	1ozbE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	420 — Bacterial Protein-export protein SecB
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SecB-like

结构域编号 domain_id	1ozbF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	420 — Bacterial Protein-export protein SecB
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SecB-like

结构域编号 domain_id	1ozbG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	420 — Bacterial Protein-export protein SecB
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SecB-like

结构域编号 domain_id	1ozbH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	420 — Bacterial Protein-export protein SecB
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SecB-like

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晶胞边长 a length_a	114.500 Å
晶胞边长 b length_b	114.500 Å
晶胞边长 c length_c	286.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	38.160 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2260
R_free r_free	0.2730

Crystal Structure of SecB complexed with SecA C-terminus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein-export protein secB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Preprotein translocase secA subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ozb__assembly_1__model_1

1ozb__assembly_1__model_1 | I(q)

1ozb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of SecB complexed with SecA C-terminus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein-export protein secB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Preprotein translocase secA subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ozb__assembly_1__model_1

1ozb__assembly_1__model_1 | I(q)

1ozb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)