1ozv

Crystal structure of the SET domain of LSMT bound to Lysine and AdoHcy

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose-1,5 bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit N-methyltransferase, chloroplast

Pisum sativum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	LYSINE × 3 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	LYSINE × 3 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBCMT_PEA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–438； UniProt 46–482 作者链 B； PDB构建体 2–438； UniProt 46–482 作者链 C； PDB构建体 2–438； UniProt 46–482

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ozv
沉积日期 deposition_date	2003-04-09
结构标题 title	Crystal structure of the SET domain of LSMT bound to Lysine and AdoHcy
关键词 keywords	SET DOMAIN, LYSINE N-METHYLATION, MULTIPLE METHYLATION, PHOTOSYNTHESIS, POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ozv__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ozv__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ozv__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.99 Å
Rg（电子密度）	50.62 Å
总 Rg	50.50 Å
原子数	10660
残基数	1310
排除体积	190260 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ozv__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ozv__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1ozv__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1ozv__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribulose-1,5 bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit N-methyltransferase, chloroplast
分子量 formula_weight	50629.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.127
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	11304

MTEPSLSPAVQTFWKWLQEEGVITAKTPVKASVVTEGLGLVALKDISRNDVILQVPKRLWINPDAVAASEIGRVCSELKPWLSVILFLIRERSREDSVWKHYFGILPQETDSTIYWSEEELQELQGSQLLKTTVSVKEYVKNECLKLEQEIILPNKRLFPDPVTLDDFFWAFGILRSRAFSRLRNENLVVVPMADLINHSAGVTTEDHAYEVKGAAGLFSWDYLFSLKSPLSVKAGEQVYIQYDLNKSNAELALDYGFIEPNENRHAYTLTLEISESDPFFDDKLDVAESNGFAQTAYFDIFYNRTLPPGLLPYLRLVALGGTDAFLLESLFRDTIWGHLELSVSRDNEELLCKAVREACKSALAGYHTTIEQDRELKEGNLDSRLAIAVGIREGEKMVLQQIDGIFEQKELELDQLEYYQERRLKDLGLCGENGDILENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Pisum sativum
通用名 common_name	pea
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3888
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	LYSINE
分子量 formula_weight	147.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	644

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d1ozva1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.166 — RuBisCo LSMT C-terminal, substrate-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.166.1 — RuBisCo LSMT C-terminal, substrate-binding domain
家族 Family family	a.166.1.1 — RuBisCo LSMT C-terminal, substrate-binding domain

结构域编号 domain_id	d1ozva2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.3 — RuBisCo LSMT catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1ozva3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ozvb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.166 — RuBisCo LSMT C-terminal, substrate-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.166.1 — RuBisCo LSMT C-terminal, substrate-binding domain
家族 Family family	a.166.1.1 — RuBisCo LSMT C-terminal, substrate-binding domain

结构域编号 domain_id	d1ozvb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.3 — RuBisCo LSMT catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1ozvb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ozvc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.166 — RuBisCo LSMT C-terminal, substrate-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.166.1 — RuBisCo LSMT C-terminal, substrate-binding domain
家族 Family family	a.166.1.1 — RuBisCo LSMT C-terminal, substrate-binding domain

结构域编号 domain_id	d1ozvc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.3 — RuBisCo LSMT catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1ozvc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1ozvA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1410 — set domain protein methyltransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — set domain protein methyltransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	1ozvA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1420 — set domain protein methyltransferase, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rubisco LSMT, substrate-binding domain

结构域编号 domain_id	1ozvB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1410 — set domain protein methyltransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — set domain protein methyltransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	1ozvB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1420 — set domain protein methyltransferase, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rubisco LSMT, substrate-binding domain

结构域编号 domain_id	1ozvC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1410 — set domain protein methyltransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — set domain protein methyltransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	1ozvC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1420 — set domain protein methyltransferase, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rubisco LSMT, substrate-binding domain

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晶胞边长 a length_a	131.960 Å
晶胞边长 b length_b	156.900 Å
晶胞边长 c length_c	267.550 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	29.760 Å
R 因子 r_factor	0.2270
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2660

Crystal structure of the SET domain of LSMT bound to Lysine and AdoHcy

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose-1,5 bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit N-methyltransferase, chloroplast

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ozv__assembly_4__model_1

1ozv__assembly_4__model_1 | I(q)

1ozv__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the SET domain of LSMT bound to Lysine and AdoHcy

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose-1,5 bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit N-methyltransferase, chloroplast

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ozv__assembly_4__model_1

1ozv__assembly_4__model_1 | I(q)

1ozv__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)