1p3h

Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis chaperonin 10 tetradecamer

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

10 kDa chaperonin

Mycobacterium tuberculosis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 7	CALCIUM ION × 1 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 8 water × 7	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 7	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 10 water × 5	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 14	CALCIUM ION × 1 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 18 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CH10_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 C； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 D； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 F； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 G； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 H； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 I； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 J； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 K； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 L； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 M； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 N； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1p3h
沉积日期 deposition_date	2003-04-17
结构标题 title	Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis chaperonin 10 tetradecamer
关键词 keywords	;BETA BARREL, ACIDIC CLUSTER, FLEXIBLE LOOP, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative, TB Structural Genomics Consortium, TBSGC, CHAPERONE ;; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1p3h__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1p3h__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1p3h__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.57 Å
Rg（电子密度）	33.52 Å
总 Rg	34.40 Å
原子数	10626
残基数	1379
排除体积	190650 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1p3h__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1p3h__assembly_2__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1p3h__assembly_3__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	10 kDa chaperonin
分子量 formula_weight	10685.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N
原子数 atom_count	10690

AKVNIKPLEDKILVQANEAETTTASGLVIPDTAKEKPQEGTVVAVGPGRWDEDGEKRIPLDVAEGDTVIYSKYGGTEIKYNGEEYLILSARDVLAVVSK

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	64

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d1p3ha_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.1 — GroES

结构域编号 domain_id	d1p3hb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.1 — GroES

结构域编号 domain_id	d1p3hc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.1 — GroES

结构域编号 domain_id	d1p3hd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.1 — GroES

结构域编号 domain_id	d1p3he_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.1 — GroES

结构域编号 domain_id	d1p3hf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.1 — GroES

结构域编号 domain_id	d1p3hg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.1 — GroES

结构域编号 domain_id	d1p3hh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.1 — GroES

结构域编号 domain_id	d1p3hi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.1 — GroES

结构域编号 domain_id	d1p3hj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.1 — GroES

结构域编号 domain_id	d1p3hk_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.1 — GroES

结构域编号 domain_id	d1p3hl_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.1 — GroES

结构域编号 domain_id	d1p3hm_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.1 — GroES

结构域编号 domain_id	d1p3hn_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.1 — GroES

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	1p3hA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	33 — 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GroES chaperonin

结构域编号 domain_id	1p3hB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	33 — 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GroES chaperonin

结构域编号 domain_id	1p3hC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	33 — 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GroES chaperonin

结构域编号 domain_id	1p3hD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	33 — 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GroES chaperonin

结构域编号 domain_id	1p3hE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	33 — 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GroES chaperonin

结构域编号 domain_id	1p3hF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	33 — 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GroES chaperonin

结构域编号 domain_id	1p3hG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	33 — 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GroES chaperonin

结构域编号 domain_id	1p3hH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	33 — 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GroES chaperonin

结构域编号 domain_id	1p3hI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	33 — 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GroES chaperonin

结构域编号 domain_id	1p3hJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	33 — 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GroES chaperonin

结构域编号 domain_id	1p3hK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	33 — 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GroES chaperonin

结构域编号 domain_id	1p3hL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	33 — 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GroES chaperonin

结构域编号 domain_id	1p3hM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	33 — 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GroES chaperonin

结构域编号 domain_id	1p3hN00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	33 — 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GroES chaperonin

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晶胞边长 a length_a	76.460 Å
晶胞边长 b length_b	87.930 Å
晶胞边长 c length_c	124.390 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.78 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	28

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2600
R_work r_work	0.2590
R_free r_free	0.2800

Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis chaperonin 10 tetradecamer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

10 kDa chaperonin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1p3h__assembly_3__model_1

1p3h__assembly_3__model_1 | I(q)

1p3h__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (3)

Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis chaperonin 10 tetradecamer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

10 kDa chaperonin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1p3h__assembly_3__model_1

1p3h__assembly_3__model_1 | I(q)

1p3h__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (3)