SAXSdb — 1p52

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Arginine kinase

Limulus polyphemus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–357	突变：E314D	NO3 NITRATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 DAR D-ARGININE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；peg 6000, hEPES, MgCl2, ADP, NO3, ARGININE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1P52	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BG0 TRANSITION STATE STRUCTURE OF ARGININE KINASE 提交 1998-06-03	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–357（356 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 DAR D-ARGININE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% PEG 6000, 53 MM MGCL2, 2MM MGADP-, 25 MM KNO3, 10 MM ARGININE 0.5 MM DTT, 2.5 MM SODIUM AZIDE, 25 MM HEPES, PH 7.5, WITH 20 MG/ML OF PROTEIN CONCENTRATION.	分辨率 1.86 Å R-free 0.224
1M15 Transition state structure of arginine kinase 提交 2002-06-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–357（357 aa）	突变：E103Q, D112G, G116A	NO3 NITRATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ARG ARGININE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8	分辨率 1.20 Å R-free 0.140
1P50 Transition state structure of an Arginine Kinase mutant 提交 2003-04-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–357（356 aa）	突变：E103Q, G116A, D112G, E225Q	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NO3 NITRATE ION × 1 ARG ARGININE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 6000, Hepes, magnesium chloride, ADP, nitrate, arginine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
1RL9 Crystal structure of Creatine-ADP arginine kinase ternary complex 提交 2003-11-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–357（357 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 IOM (DIAMINOMETHYL-METHYL-AMINO)-ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 6000, magnesium chloride, ATP, Creatine, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.237
1SD0 Structure of arginine kinase C271A mutant 提交 2004-02-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–357（357 aa）	突变：C271A	NO3 NITRATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ARG ARGININE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；PEG 6000, magnesium chloride, HEPES, L-arginine, ADP, sodium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 2.30 Å R-free 0.236
3M10 Substrate-free form of Arginine Kinase 提交 2010-03-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–357（357 aa）	突变：E103Q, D112G, G116A	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；20 mg/mL protein, 26% PEG5000 MME, 0.1M MES, 0.1M (NH4)2SO4. Small crystals were used for macroseeding identical conditions, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.73 Å R-free 0.242
3M10 Substrate-free form of Arginine Kinase 提交 2010-03-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–357（357 aa）	突变：E103Q, D112G, G116A	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；20 mg/mL protein, 26% PEG5000 MME, 0.1M MES, 0.1M (NH4)2SO4. Small crystals were used for macroseeding identical conditions, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.73 Å R-free 0.242
4GVY Crystal structure of arginine kinase in complex with L-citrulline and MgADP 提交 2012-08-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–357（357 aa）	突变：E103N, D112G, G116A	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CIR CITRULLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Protein at 30 mg/ml, 26% PEG 6000, 0.05M HEPES, 0.1M Magnesium chloride, 0.02M Potassium ADP, 0.25M Sodium nitrate, 0.025M Sodium azide, 0.005M DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.09 Å R-free 0.211
4GVZ Crystal structure of arginine kinase in complex with D-arginine, MgADP, and nitrate. 提交 2012-08-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–357（357 aa）	突变：E103Q, D112G, G116A	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NO3 NITRATE ION × 1 DAR D-ARGININE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Protein at 30 mg/ml, 26% PEG 6000, 0.05M HEPES, 0.1M Magnesium chloride, 0.02M Potassium ADP, 0.25M Sodium nitrate, 0.025M Sodium azide, 0.005M DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.96 Å R-free 0.229
4GW0 Crystal structure of arginine kinase in complex with imino-L-ornithine, MgADP, and nitrate. 提交 2012-08-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–357（357 aa）	突变：E103N, D112G, G116A	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ILO N5-IMINOETHYL-L-ORNITHINE × 1 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Protein at 30 mg/ml, 26% PEG 6000, 0.05M HEPES, 0.1M Magnesium chloride, 0.02M Potassium ADP, 0.25M Sodium nitrate, 0.025M Sodium azide, 0.005M DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.45 Å R-free 0.210
4GW2 Crystal structure of arginine kinase in complex with L-ornithine, MgADP, and nitrate. 提交 2012-08-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–357（357 aa）	突变：E103N, D112G, G116A	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ORN L-ornithine × 1 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Protein at 30 mg/ml, 26% PEG 6000, 0.05M HEPES, 0.1M Magnesium chloride, 0.02M Potassium ADP, 0.25M Sodium nitrate, 0.025M Sodium azide, 0.005M DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 398.0K	分辨率 2.16 Å R-free 0.229
5J99 Ambient temperature transition state structure of arginine kinase - crystal 8/Form I 提交 2016-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–357（357 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ARG ARGININE × 1 NO3 NITRATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25 mM HEPES, pH 7.5 18% PEG 6000	分辨率 1.70 Å R-free 0.183
5J9A Ambient temperature transition state structure of arginine kinase - crystal 11/Form II 提交 2016-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–357（357 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ARG ARGININE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25 mM HEPES, pH 7.5 18% PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.179

共 12 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KARG_LIMPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–357； UniProt 1–357

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1p52
沉积日期 deposition_date	2003-04-24
结构标题 title	Structure of Arginine kinase E314D mutant
关键词 keywords	ARGININE KINASE, PHOSPHAGEN KINASE, TRANSITION STATE ANALOG, ADENOSINE TRI-PHOSPHATE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.96 Å
零角强度 I(0) i0	29224300.00
分子量 molecular_weight	40762.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50681 Å³
包络体积 envelope_volume	57248 Å³
水化壳体积 shell_volume	23406 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.6 Å
壳层 Rg shell_rg	27.15 Å
包络 Rg envelope_rg	20.29 Å
形状 Rg shape_rg	19.94 Å
总 Rg total_rg	20.89 Å
总原子数 total_atoms	2862
残基数 n_residues	356
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.3 Å
Rg (实空间) rg_real	20.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29220000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6603
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.235
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.341
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9624000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.387; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Arginine kinase
分子量 formula_weight	40293.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.3.3
突变 mutation	E314D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3257

MVDQATLDKLEAGFKKLQEASDCKSLLKKHLTKDVFDSIKNKKTGMGATLLDVIQSGVENLDSGVGIYAPDAESYRTFGPLFDPIIDDYHGGFKLTDKHPPKQWGDINTLVDLDPAGQFIISTRVRCGRSLQGYPFNPCLTAEQYKEMEEKVSSTLSSMEDELKGTYYPLTGMSKATQQQLIDDHFLFKEGDRFLQTANACRYWPTGRGIFHNDAKTFLVWVNEEDHLRIISMQKGGDLKTVYKRLVTAVDNIESKLPFSHDDRFGFLTFCPTNLGTTMRASVHIQLPKLAKDRKVLEDIASKFNLQVRGTRGDHTESEGGVYDISNKRRLGLTEYQAVREMQDGILEMIKMEKAAA

来源 Source

来源生物 organism	Limulus polyphemus
通用名 common_name	Atlantic horseshoe crab
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6850
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NITRATE ION
分子量 formula_weight	62.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	D-ARGININE
分子量 formula_weight	175.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	395

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1p52a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.83 — Guanido kinase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	a.83.1 — Guanido kinase N-terminal domain
家族 Family family	a.83.1.1 — Guanido kinase N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1p52a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.128 — Glutamine synthetase/guanido kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.128.1 — Glutamine synthetase/guanido kinase
家族 Family family	d.128.1.2 — Guanido kinase catalytic domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1p52A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	135 — Transferase Creatine Kinase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1p52A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.393 Å
晶胞边长 b length_b	70.312 Å
晶胞边长 c length_c	80.139 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1800
R_work r_work	0.1780
R_free r_free	0.2352

fit	/app/data/saxs_computation/p5/1p52/1p52.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p5/1p52/1p52.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p5/1p52/1p52.dat

Structure of Arginine kinase E314D mutant