SAXSdb — 1p8k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intron-encoded endonuclease I-AniI

Emericella nidulans

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 4	5'-D(PGPCPGPCPGPCPTPGPAPGPGPAPGPGPTPTPTPC)-3' × 1 5'-D(PTPCPTPGPTPAPAPAPGPCPGPCPA)-3' × 1 5'-D(PGPCPGPCPTPTPTPAPCPAPGPAPGPAPAPA)-3' × 1 5'-D(PCPCPTPCPCPTPCPAPGPCPGPCPGPCPT)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ANI1_EMENI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 Z； PDB构建体 3–254； UniProt 68–319

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1p8k
沉积日期 deposition_date	2003-05-07
结构标题 title	The structure and DNA recognition of a bifunctional homing endonuclease and group I intron splicing factor
关键词 keywords	HYDROLASE/DNA, HYDROLASE-DNA complex; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1p8k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1p8k__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1p8k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.82 Å
Rg（电子密度）	25.23 Å
总 Rg	25.97 Å
原子数	3362
残基数	314
排除体积	56552 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1p8k__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(PGPCPGPCPGPCPTPGPAPGPGPAPGPGPTPTPTPC)-3'
分子量 formula_weight	5588.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3362

GCGCGCTGAGGAGGTTTC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(PTPCPTPGPTPAPAPAPGPCPGPCP*A)-3'
分子量 formula_weight	3975.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TCTGTAAAGCGCA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(PGPCPGPCPTPTPTPAPCPAPGPAPGPAPAPA)-3'
分子量 formula_weight	4931.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GCGCTTTACAGAGAAA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	5'-D(PCPCPTPCPCPTPCPAPGPCPGPCPGPCP*T)-3'
分子量 formula_weight	4481.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CCTCCTCAGCGCGCT

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Intron-encoded endonuclease I-AniI
分子量 formula_weight	29615.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

GSDLTYAYLVGLFEGDGYFSITKKGKYLTYELGIELSIKDVQLIYKIKKILGIGIVSFRKRNEIEMVALRIRDKNHLKSFILPIFEKYPMFSNKQYDYLRFRNALLSGIISLEDLPDYTRSDEPLNSIESIINTSYFSAWLVGFIEAEGCFSVYKLNKDDDYLIASFDIAQRDGDILISAIRKYLSFTTKVYLDKTNCSKLKVTSVRSVENIIKFLQNAPVKLLGNKKLQYLLWLKQLRKISRYSEKIKIPSNY

来源 Source

来源生物 organism	Emericella nidulans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	162425
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1p8kz1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	d.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family family	d.95.2.1 — Group I mobile intron endonuclease

结构域编号 domain_id	d1p8kz2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	d.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family family	d.95.2.1 — Group I mobile intron endonuclease

结构域编号 domain_id	d1p8kz3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1p8kZ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	1p8kZ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

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晶胞边长 a length_a	60.462 Å
晶胞边长 b length_b	72.841 Å
晶胞边长 c length_c	65.231 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2470
R_work r_work	0.2390
R_free r_free	0.2640

The structure and DNA recognition of a bifunctional homing endonuclease and group I intron splicing factor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intron-encoded endonuclease I-AniI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1p8k__assembly_1__model_1

1p8k__assembly_1__model_1 | I(q)

1p8k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

The structure and DNA recognition of a bifunctional homing endonuclease and group I intron splicing factor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intron-encoded endonuclease I-AniI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1p8k__assembly_1__model_1

1p8k__assembly_1__model_1 | I(q)

1p8k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)