1pby

Structure of the Phenylhydrazine Adduct of the Quinohemoprotein Amine Dehydrogenase from Paracoccus denitrificans at 1.7 A Resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

quinohemoprotein amine dehydrogenase 60 kDa subunit

Paracoccus denitrificans

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	quinohemoprotein amine dehydrogenase 40 kDa subunit × 1 quinohemoprotein amine dehydrogenase 9 kDa subunit × 1 HEME C × 2 TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 4 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8VUT0_PARDE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–489； UniProt 24–512

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1pby
沉积日期 deposition_date	2003-05-15
结构标题 title	Structure of the Phenylhydrazine Adduct of the Quinohemoprotein Amine Dehydrogenase from Paracoccus denitrificans at 1.7 A Resolution
关键词 keywords	QUINOHEMOPROTEIN, AMINE DEHYDROGENASE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1pby__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1pby__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1pby__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.05 Å
Rg（电子密度）	30.45 Å
总 Rg	31.10 Å
原子数	7037
残基数	904
排除体积	124310 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1pby__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	quinohemoprotein amine dehydrogenase 60 kDa subunit
分子量 formula_weight	52711.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.4.99.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8443

VTGEEVLQNACAACHVQHEDGRWERIDAARKTPEGWDMTVTRMMRNHGVALEPEERAAIVRHLSDTRGLSLAETEERRYILEREPVAWDEGPDTSMTQTCGRCHSYARVALQRRTPEDWKHLVNFHLGQFPTLEYQALARDRDWWGIAQAEIIPFLARTYPLGEAPDAYADDASGAYVLAGRQPGRGDYTGRLVLKKAGEDYEVTMTLDFADGSRSFSGTGRILGAGEWRATLSDGTVTIRQIFALQDGRFSGRWHDADSDVIGGRLAAVKADAAPQVLAVAPARLKIGEETQLRVAGTGLGSDLTLPEGVAGSVESAGNGVTVLKLTATGTPGPVSLELGGQKVDLVAYDRPDRISIVPDLTIARIGGNGGPIPKVPAQFEAMGWLNGPDGQPGTGDDIALGAFPASWATDNFDEEAEKMQDAKYAGSIDDTGLFTPAEAGPNPERPMQTNNAGNLKVIATVDAEGEPLSAEAHLYATVQRFVDAPIR

来源 Source

来源生物 organism	Paracoccus denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266
宿主生物 host_organism	Paracoccus denitrificans

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	quinohemoprotein amine dehydrogenase 40 kDa subunit
分子量 formula_weight	37022.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

RDYILAPARPDKLVVIDTEKMAVDKVITIADAGPTPMVPMVAPGGRIAYATVNKSESLVKIDLVTGETLGRIDLSTPEERVKSLFGAALSPDGKTLAIYESPVRLELTHFEVQPTRVALYDAETLSRRKAFEAPRQITMLAWARDGSKLYGLGRDLHVMDPEAGTLVEDKPIQSWEAETYAQPDVLAVWNQHESSGVMATPFYTARKDIDPADPTAYRTGLLTMDLETGEMAMREVRIMDVFYFSTAVNPAKTRAFGAYNVLESFDLEKNASIKRVPLPHSYYSVNVSTDGSTVWLGGALGDLAAYDAETLEKKGQVDLPGNASMSLASVRLFTRDE

来源 Source

来源生物 organism	Paracoccus denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266
宿主生物 host_organism	Paracoccus denitrificans

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	quinohemoprotein amine dehydrogenase 9 kDa subunit
分子量 formula_weight	8843.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MNALVGCTTSFDPGWEVDAFGAVSNLCQPMEADLYGCADPCWWPAQVADTLNTYPNWSAGADDVMQDWRKLQSVFPETK

来源 Source

来源生物 organism	Paracoccus denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266
宿主生物 host_organism	Paracoccus denitrificans

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TERTIARY-BUTYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	74.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1295

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d1pbya1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.7 — Quinohemoprotein amine dehydrogenase A chain, domains 1 and 2

结构域编号 domain_id	d1pbya2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.7 — Quinohemoprotein amine dehydrogenase A chain, domains 1 and 2

结构域编号 domain_id	d1pbya3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.14 — Quinohemoprotein amine dehydrogenase A chain, domains 4 and 5

结构域编号 domain_id	d1pbya4
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.14 — Quinohemoprotein amine dehydrogenase A chain, domains 4 and 5

结构域编号 domain_id	d1pbya5
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.4 — Quinohemoprotein amine dehydrogenase A chain, domain 3
家族 Family family	b.61.4.1 — Quinohemoprotein amine dehydrogenase A chain, domain 3

结构域编号 domain_id	d1pbyb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.2 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
家族 Family family	b.69.2.2 — Quinohemoprotein amine dehydrogenase B chain

结构域编号 domain_id	d1pbyc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.9 — Quinohemoprotein amine dehydrogenase C chain
家族 Family family	a.137.9.1 — Quinohemoprotein amine dehydrogenase C chain

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1pbyA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Quinohemoprotein amine dehydrogenase alpha subunit, domain 2

结构域编号 domain_id	1pbyA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1pbyA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1pbyB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	1pbyC00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	940 — Quinohemoprotein amine dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Quinohemoprotein amine dehydrogenase, gamma subunit structural domain

▶

晶胞边长 a length_a	99.237 Å
晶胞边长 b length_b	99.237 Å
晶胞边长 c length_c	213.056 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	36.420 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2240

Structure of the Phenylhydrazine Adduct of the Quinohemoprotein Amine Dehydrogenase from Paracoccus denitrificans at 1.7 A Resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

quinohemoprotein amine dehydrogenase 60 kDa subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1pby__assembly_1__model_1

1pby__assembly_1__model_1 | I(q)

1pby__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (2)

Structure of the Phenylhydrazine Adduct of the Quinohemoprotein Amine Dehydrogenase from Paracoccus denitrificans at 1.7 A Resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

quinohemoprotein amine dehydrogenase 60 kDa subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1pby__assembly_1__model_1

1pby__assembly_1__model_1 | I(q)

1pby__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (2)