1pdk

PAPD-PAPK CHAPERONE-PILUS SUBUNIT COMPLEX FROM E.COLI P PILUS

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CHAPERONE PROTEIN PAPD)

物种未注明

UniProt P15319

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 PROTEIN (PROTEIN PAPK) × 1 (P62532) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PAPD_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–218; UniProt 22–239

PROTEIN (PROTEIN PAPK)

物种未注明

UniProt P62532

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 PROTEIN (CHAPERONE PROTEIN PAPD) × 1 (P15319) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PAPK_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–157; UniProt 22–178

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1pdk
沉积日期 deposition_date1999-03-29
结构标题 titlePAPD-PAPK CHAPERONE-PILUS SUBUNIT COMPLEX FROM E.COLI P PILUS
关键词 keywordsCHAPERONE, PILUS, BACTERIAL ADHESION; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1pdk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1pdk__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1pdk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)23.74 Å
Rg(电子密度)22.95 Å
总 Rg23.71 Å
原子数2803
残基数364
排除体积49871 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1pdk__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1pdka1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.11 — PapD-like
家族 Family familyb.1.11.1 — Pilus chaperone
结构域编号 domain_idd1pdka2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.7.2 — Periplasmic chaperone C-domain
家族 Family familyb.7.2.1 — Periplasmic chaperone C-domain
结构域编号 domain_idd1pdkb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1pdkA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1pdkA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1pdkB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
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7. 引用文献 (1)