1peg

Structural basis for the product specificity of histone lysine methyltransferases

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

histone H3 methyltransferase DIM-5

Neurospora crassa

UniProt Q8X225

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Histone H3 × 1 (P02303) ZINC ION × 4 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Histone H3 × 1 (P02303) ZINC ION × 4 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DIM5_NEUCR
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–302; UniProt 17–318 作者链 B; PDB构建体 1–302; UniProt 17–318

Histone H3

物种未注明

UniProt P02303

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 histone H3 methyltransferase DIM-5 × 1 (Q8X225) ZINC ION × 4 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 histone H3 methyltransferase DIM-5 × 1 (Q8X225) ZINC ION × 4 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H3_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–15; UniProt 1–15 作者链 Q; PDB构建体 1–15; UniProt 1–15

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1peg
沉积日期 deposition_date2003-05-21
结构标题 titleStructural basis for the product specificity of histone lysine methyltransferases
关键词 keywords;Ternary structure of DIM-5, a SUV39-type histone-H3 Lys-9 methyltransferase, SET domain protein forms a knot-like substructure, pre-SET triangular Zn3Cys9 zinc cluster, post-SET zinc-binding site, a hybrid beta sheet formed by DIM-5 and H3 tail, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1peg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1peg__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1peg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)20.16 Å
Rg(电子密度)19.18 Å
总 Rg22.09 Å
原子数1940
残基数255
排除体积36577 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1peg__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1peg__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1pega_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamilyb.85.7 — SET domain
家族 Family familyb.85.7.1 — Histone lysine methyltransferases
结构域编号 domain_idd1pegb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamilyb.85.7 — SET domain
家族 Family familyb.85.7.1 — Histone lysine methyltransferases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1pegA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SET domain
结构域编号 domain_id1pegB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SET domain
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7. 引用文献 (1)