SAXSdb — 1pem

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 alpha chain

Salmonella typhimurium

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIR3_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–714； UniProt 0–713

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1pem
沉积日期 deposition_date	2003-05-22
结构标题 title	Ribonucleotide Reductase Protein R1E from Salmonella typhimurium
关键词 keywords	10 stranded alpha/beta barrel, protein-specificity-effector complex, dATP, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1pem__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1pem__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1pem__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.19 Å
Rg（电子密度）	37.80 Å
总 Rg	38.10 Å
原子数	10894
残基数	1364
排除体积	192810 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1pem__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1pema1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.98 — R1 subunit of ribonucleotide reductase, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	a.98.1 — R1 subunit of ribonucleotide reductase, N-terminal domain
家族 Family family	a.98.1.1 — R1 subunit of ribonucleotide reductase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1pema2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.7 — PFL-like glycyl radical enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.7.1 — PFL-like glycyl radical enzymes
家族 Family family	c.7.1.2 — R1 subunit of ribonucleotide reductase, C-terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1pemA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1pemA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1650 — 50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	99.079 Å
晶胞边长 b length_b	99.079 Å
晶胞边长 c length_c	290.285 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.990 Å
最低分辨率 resolution_low	19.960 Å
R 因子 r_factor	0.2188
R_work r_work	0.2175
R_free r_free	0.2430

描述 description	Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 alpha chain
分子量 formula_weight	80686.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.4.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5447

Ribonucleotide Reductase Protein R1E from Salmonella typhimurium

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1pem__assembly_1__model_1

1pem__assembly_1__model_1 | I(q)

1pem__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Salmonella typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	602
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Ribonucleotide Reductase Protein R1E from Salmonella typhimurium

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1pem__assembly_1__model_1

1pem__assembly_1__model_1 | I(q)

1pem__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)