SAXSdb — 1pj5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N,N-dimethylglycine oxidase

Arthrobacter globiformis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	SODIUM ION × 4 ACETATE ION × 4 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9AGP8_ARTGO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–830； UniProt 1–830

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1pj5
沉积日期 deposition_date	2003-06-01
结构标题 title	Crystal structure of dimethylglycine oxidase of Arthrobacter globiformis in complex with acetate
关键词 keywords	Channelling, FAD binding, folate binding, amine oxidase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1pj5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1pj5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1pj5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.08 Å
Rg（电子密度）	46.17 Å
总 Rg	46.55 Å
原子数	25428
残基数	3308
排除体积	450330 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1pj5__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	N,N-dimethylglycine oxidase
分子量 formula_weight	90075.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.3.10
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8097

MASTPRIVIIGAGIVGTNLADELVTRGWNNITVLDQGPLNMPGGSTSHAPGLVFQTNPSKTMASFAKYTVEKLLSLTEDGVSCFNQVGGLEVATTETRLADLKRKLGYAAAWGIEGRLLSPAECQELYPLLDGENILGGLHVPSDGLASAARAVQLLIKRTESAGVTYRGSTTVTGIEQSGGRVTGVQTADGVIPADIVVSCAGFWGAKIGAMIGMAVPLLPLAHQYVKTTPVPAQQGRNDQPNGARLPILRHQDQDLYYREHGDRYGIGSYAHRPMPVDVDTLGAYAPETVSEHHMPSRLDFTLEDFLPAWEATKQLLPALADSEIEDGFNGIFSFTPDGGPLLGESKELDGFYVAEAVWVTHSAGVAKAMAELLTTGRSETDLGECDITRFEDVQLTPEYVSETSQQNFVEIYDVLHPLQPRLSPRNLRVSPFHARHKELGAFFLEAGGWERPYWFEANAALLKEMPAEWLPPARDAWSGMFSSPIAAAEAWKTRTAVAMYDMTPLKRLEVSGPGALKLLQELTTADLAKKPGAVTYTLLLDHAGGVRSDITVARLSEDTFQLGANGNIDTAYFERAARHQTQSGSATDWVQVRDTTGGTCCIGLWGPLARDLVSKVSDDDFTNDGLKYFRAKNVVIGGIPVTAMRLSYVGELGWELYTSADNGQRLWDALWQAGQPFGVIAAGRAAFSSLRLEKGYRSWGTDMTTEHDPFEAGLGFAVKMAKESFIGKGALEGRTEEASARRLRCLTIDDGRSIVLGKEPVFYKEQAVGYVTSAAYGYTVAKPIAYSYLPGTVSVGDSVDIEYFGRRITATVTEDPLYDPKMTRLRG

来源 Source

来源生物 organism	Arthrobacter globiformis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1740

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1pj5a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.2 — Aminomethyltransferase beta-barrel domain
家族 Family family	b.44.2.1 — Aminomethyltransferase beta-barrel domain

结构域编号 domain_id	d1pj5a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1pj5a3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.5 — L-aminoacid/polyamine oxidase

结构域编号 domain_id	d1pj5a4
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.250 — Folate-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.250.1 — Folate-binding domain
家族 Family family	d.250.1.1 — Aminomethyltransferase folate-binding domain

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1pj5A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1pj5A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	9 — D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	1pj5A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1

结构域编号 domain_id	1pj5A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1400 — Aminomethyltransferase beta-barrel domains

结构域编号 domain_id	1pj5A05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Aminomethyltransferase beta-barrel domains

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晶胞边长 a length_a	71.381 Å
晶胞边长 b length_b	226.680 Å
晶胞边长 c length_c	120.661 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	21
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.610 Å
最低分辨率 resolution_low	14.990 Å
R 因子 r_factor	0.1619
R_work r_work	0.1600
R_free r_free	0.1983

Crystal structure of dimethylglycine oxidase of Arthrobacter globiformis in complex with acetate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N,N-dimethylglycine oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1pj5__assembly_1__model_1

1pj5__assembly_1__model_1 | I(q)

1pj5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of dimethylglycine oxidase of Arthrobacter globiformis in complex with acetate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N,N-dimethylglycine oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1pj5__assembly_1__model_1

1pj5__assembly_1__model_1 | I(q)

1pj5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)