1pp8

crystal structure of the T. vaginalis IBP39 Initiator binding domain (IBD) bound to the alpha-SCS Inr element

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

39 kDa initiator binding protein

Trichomonas vaginalis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	ALPHA-SCS INR × 1 ALPHA-SCS INR × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	ALPHA-SCS INR × 1 ALPHA-SCS INR × 1	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	ALPHA-SCS INR × 1 ALPHA-SCS INR × 1	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	ALPHA-SCS INR × 1 ALPHA-SCS INR × 1	与全部聚合物一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q95VR4_TRIVA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 M； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 O； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 P； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 U； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 V； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1pp8
沉积日期 deposition_date	2003-06-16
结构标题 title	crystal structure of the T. vaginalis IBP39 Initiator binding domain (IBD) bound to the alpha-SCS Inr element
关键词 keywords	IBP39, Initiator binding protein, Inr, core promoter, transcription, T. vaginalis, Transcription-DNA COMPLEX; Transcription/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1pp8__assembly_6__model_1

Assembly 6 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1pp8__assembly_6__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1pp8__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.18 Å
Rg（电子密度）	12.55 Å
总 Rg	13.99 Å
原子数	793
残基数	97
排除体积	14277 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1pp8__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1pp8__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1pp8__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1pp8__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1pp8__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1pp8__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ALPHA-SCS INR
分子量 formula_weight	3597.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,I,Y,K
原子数 atom_count	7268

GTCACTTCACAT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ALPHA-SCS INR
分子量 formula_weight	3726.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T,R,J,G

CATGTGAAGTGA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	39 kDa initiator binding protein
分子量 formula_weight	15344.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,P,F,V,M,O

MDSNDLEASFTSRLPPEIVAALKRKSSRDPNSRFPRKLHMLLTYLASNPQLEEEIGLSWISDTEFKMKKKNVALVMGIKLNTLNVNLRDLAFEQLQHDKGGWTQWKRSGFTRNSVFEDPTQNDSPMHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5722
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1pp8f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.44 — 39 kda initiator binding protein, IBP39, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1pp8m_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.44 — 39 kda initiator binding protein, IBP39, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1pp8o_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.44 — 39 kda initiator binding protein, IBP39, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1pp8p_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.44 — 39 kda initiator binding protein, IBP39, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1pp8u_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.44 — 39 kda initiator binding protein, IBP39, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1pp8v_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.44 — 39 kda initiator binding protein, IBP39, N-terminal domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1pp8F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1pp8M00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1pp8O00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1pp8P00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1pp8U00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1pp8V00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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晶胞边长 a length_a	292.000 Å
晶胞边长 b length_b	292.000 Å
晶胞边长 c length_c	292.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	288

空间群 space_group	F 2 3
空间群编号 int_tables_number	196
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	146.000 Å
R 因子 r_factor	0.2690
R_work r_work	0.2690
R_free r_free	0.3110

crystal structure of the T. vaginalis IBP39 Initiator binding domain (IBD) bound to the alpha-SCS Inr element

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

39 kDa initiator binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1pp8__assembly_6__model_1

1pp8__assembly_6__model_1 | I(q)

1pp8__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

crystal structure of the T. vaginalis IBP39 Initiator binding domain (IBD) bound to the alpha-SCS Inr element

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

39 kDa initiator binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1pp8__assembly_6__model_1

1pp8__assembly_6__model_1 | I(q)

1pp8__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)