SAXSdb — 1puf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Homeobox protein Hox-A9

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	5'-D(APCPTPCPTPAPTPGPAPTPTPTPAPCPGPAPCPGPCPT)-3' × 1 5'-D(TPAPGPCPGPTPCPGPTPAPAPAPTPCPAPTPAPGPAPG)-3' × 1 Pre-B-cell leukemia transcription factor-1 × 1 （P40424） water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HXA9_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–77； UniProt 193–269

Pre-B-cell leukemia transcription factor-1

Homo sapiens

UniProt P40424

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	5'-D(APCPTPCPTPAPTPGPAPTPTPTPAPCPGPAPCPGPCPT)-3' × 1 5'-D(TPAPGPCPGPTPCPGPTPAPAPAPTPCPAPTPAPGPAPG)-3' × 1 Homeobox protein Hox-A9 × 1 （P09631） water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PBX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–73； UniProt 233–305

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1puf
沉积日期 deposition_date	2003-06-24
结构标题 title	Crystal Structure of HoxA9 and Pbx1 homeodomains bound to DNA
关键词 keywords	Homeodomian, Protein-DNA complex, Hox Hexapeptide, TALE homeodomain, Homeodomain interaction, Transcription-DNA COMPLEX; Transcription/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1puf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1puf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1puf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.37 Å
Rg（电子密度）	19.68 Å
总 Rg	20.41 Å
原子数	2055
残基数	190
排除体积	33937 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1puf__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(APCPTPCPTPAPTPGPAPTPTPTPAPCPGPAPCPGPCPT)-3'
分子量 formula_weight	6084.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	2329

ACTCTATGATTTACGACGCT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(TPAPGPCPGPTPCPGPTPAPAPAPTPCPAPTPAPGPAPG)-3'
分子量 formula_weight	6182.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TAGCGTCGTAAATCATAGAG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Homeobox protein Hox-A9
分子量 formula_weight	9646.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

NNPAANWLHARSTRKKRCPYTKHQTLELEKEFLFNMYLTRDRRYEVARLLNLTERQVKIWFQNRRMKMKKINKDRAK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Pre-B-cell leukemia transcription factor-1
分子量 formula_weight	8747.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ARRKRRNFNKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKFQEEANIY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	247

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1pufa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.1 — Homeodomain

结构域编号 domain_id	d1pufb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.1 — Homeodomain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1pufA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1pufB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

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晶胞边长 a length_a	60.769 Å
晶胞边长 b length_b	114.853 Å
晶胞边长 c length_c	108.170 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	19.970 Å
R 因子 r_factor	0.2330
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2680

Crystal Structure of HoxA9 and Pbx1 homeodomains bound to DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Homeobox protein Hox-A9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Pre-B-cell leukemia transcription factor-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1puf__assembly_1__model_1

1puf__assembly_1__model_1 | I(q)

1puf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of HoxA9 and Pbx1 homeodomains bound to DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Homeobox protein Hox-A9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pre-B-cell leukemia transcription factor-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1puf__assembly_1__model_1

1puf__assembly_1__model_1 | I(q)

1puf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)