1pvj

Crystal structure of the Streptococcal pyrogenic exotoxin B (SpeB)- inhibitor complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

pyrogenic exotoxin B

物种未注明

UniProt P0C0J0

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 4 (3R)-3-{[(BENZYLOXY)CARBONYL]AMINO}-2-OXO-4-PHENYLBUTANE-1-DIAZONIUM × 4 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPEB_STRPY
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–368; UniProt 31–398 作者链 B; PDB构建体 1–368; UniProt 31–398 作者链 C; PDB构建体 1–368; UniProt 31–398 作者链 D; PDB构建体 1–368; UniProt 31–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1pvj
沉积日期 deposition_date2003-06-27
结构标题 titleCrystal structure of the Streptococcal pyrogenic exotoxin B (SpeB)- inhibitor complex
关键词 keywordsStreptococcus pyogenes exotoxin(SpeB), Z-F-CH2N2- benzyloxycarbonyl phenylalanyl alanyl diazomethane., TOXIN; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1pvj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1pvj__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1pvj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)38.40 Å
Rg(电子密度)38.27 Å
总 Rg38.54 Å
原子数10500
残基数1356
排除体积184660 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1pvj__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1pvja_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.1 — Papain-like
结构域编号 domain_idd1pvjb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.1 — Papain-like
结构域编号 domain_idd1pvjc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.1 — Papain-like
结构域编号 domain_idd1pvjd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.1 — Papain-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1pvjA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Streptopain (SpeB)
结构域编号 domain_id1pvjA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology910 — Protein Binding, DinI Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Peptidase C10 family
结构域编号 domain_id1pvjB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Streptopain (SpeB)
结构域编号 domain_id1pvjB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology910 — Protein Binding, DinI Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Peptidase C10 family
结构域编号 domain_id1pvjC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Streptopain (SpeB)
结构域编号 domain_id1pvjC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology910 — Protein Binding, DinI Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Peptidase C10 family
结构域编号 domain_id1pvjD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Streptopain (SpeB)
结构域编号 domain_id1pvjD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology910 — Protein Binding, DinI Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Peptidase C10 family

7. 引用文献 (1)