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1pwq

Crystal structure of Anthrax Lethal Factor complexed with Thioacetyl-Tyr-Pro-Met-Amide, a metal-chelating peptidyl small molecule inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 117.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lethal factor

Bacillus anthracis

UniProt P15917

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 34–809 未记录 ZN ZINC ION × 1 SD2 N-(SULFANYLACETYL)TYROSYLPROLYLMETHIONINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulfate, Tris-HCl, EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.52 Å R-free 0.311
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 34–809 未记录 ZN ZINC ION × 1 SD2 N-(SULFANYLACETYL)TYROSYLPROLYLMETHIONINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulfate, Tris-HCl, EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.52 Å R-free 0.311

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1PWQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1J7N Anthrax Toxin Lethal factor 提交 2001-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–809（776 aa）
链 B 34–809（776 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；ammonium sulfate, TRIS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.261
1JKY Crystal Structure of the Anthrax Lethal Factor (LF): Wild-type LF Complexed with the N-terminal Sequence of MAPKK2 提交 2001-07-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–809（776 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；1.9M Ammonium sulfate, 0.2M Tris pH 8.0, 2mM EDTA
分辨率 3.90 Å R-free 0.316
1PWP Crystal Structure of the Anthrax Lethal Factor complexed with Small Molecule Inhibitor NSC 12155 提交 2003-07-02 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 34–809（776 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NSC N,N'-BIS(4-AMINO-2-METHYLQUINOLIN-6-YL)UREA × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulfate, Tris-HCl, EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.274
1PWP Crystal Structure of the Anthrax Lethal Factor complexed with Small Molecule Inhibitor NSC 12155 提交 2003-07-02 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 34–809（776 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NSC N,N'-BIS(4-AMINO-2-METHYLQUINOLIN-6-YL)UREA × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulfate, Tris-HCl, EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.274
1PWU Crystal Structure of Anthrax Lethal Factor complexed with (3-(N-hydroxycarboxamido)-2-isobutylpropanoyl-Trp-methylamide), a known small molecule inhibitor of matrix metalloproteases. 提交 2003-07-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 34–809（776 aa）
突变：E720C ZN ZINC ION × 1 GM6 3-(N-HYDROXYCARBOXAMIDO)-2-ISOBUTYLPROPANOYL-TRP-METHYLAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulfate, Tris-HCl, EDTA., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.270
1PWU Crystal Structure of Anthrax Lethal Factor complexed with (3-(N-hydroxycarboxamido)-2-isobutylpropanoyl-Trp-methylamide), a known small molecule inhibitor of matrix metalloproteases. 提交 2003-07-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 34–809（776 aa）
突变：E720C ZN ZINC ION × 1 GM6 3-(N-HYDROXYCARBOXAMIDO)-2-ISOBUTYLPROPANOYL-TRP-METHYLAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulfate, Tris-HCl, EDTA., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.270
1PWV Crystal structure of Anthrax Lethal Factor wild-type protein complexed with an optimised peptide substrate. 提交 2003-07-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–809（776 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulphate, Tris-HCl, EDTA., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.85 Å R-free 0.279
1PWV Crystal structure of Anthrax Lethal Factor wild-type protein complexed with an optimised peptide substrate. 提交 2003-07-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 34–809（776 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulphate, Tris-HCl, EDTA., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.85 Å R-free 0.279
1PWV Crystal structure of Anthrax Lethal Factor wild-type protein complexed with an optimised peptide substrate. 提交 2003-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 34–809（776 aa）
链 B 34–809（776 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulphate, Tris-HCl, EDTA., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.85 Å R-free 0.279
1PWW Crystal structure of Anthrax Lethal Factor active site mutant protein complexed with an optimised peptide substrate in the presence of zinc. 提交 2003-07-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–809（776 aa）
突变：E687C ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulphate, Tris-HCl, EDTA. , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.288
1PWW Crystal structure of Anthrax Lethal Factor active site mutant protein complexed with an optimised peptide substrate in the presence of zinc. 提交 2003-07-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 34–809（776 aa）
突变：E687C ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulphate, Tris-HCl, EDTA. , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.288
1PWW Crystal structure of Anthrax Lethal Factor active site mutant protein complexed with an optimised peptide substrate in the presence of zinc. 提交 2003-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 34–809（776 aa）
链 B 34–809（776 aa）
突变：E687C 突变：E687C ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulphate, Tris-HCl, EDTA. , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.288
1YQY Structure of B. Anthrax Lethal factor in complex with a hydroxamate inhibitor 提交 2005-02-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 297–809（513 aa） 片段：domains II-IV (residues 297-809)
未记录 ZN ZINC ION × 1 915 (2R)-2-{[(4-FLUORO-3-METHYLPHENYL)SULFONYL]AMINO}-N-HYDROXY-2-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YLACETAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；Peg 8K, magnesium acetate, Sodium cacodylate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.269
2L0R Conformational Dynamics of the Anthrax Lethal Factor Catalytic Center 提交 2010-07-15 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 705–809（105 aa） 片段：C-terminal 106 residues catalytic core domain (Domain IV), UNP residues 705-809
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）Pi 50；压力 ambient
NMR样品组成 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Anthrax LF C-term-1, 10 % % [U-99% 2H] D2O-2, 90 % % H2O-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3KWV Structural basis for the unfolding of anthrax lethal factor by protective antigen oligomers 提交 2009-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 C 34–296（263 aa） 片段：protective antigen binding domain (UNP residues 34-296)
未记录 CA CALCIUM ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；16% PEG 3000, 0.1M cacodylic acid, 0.2M magnesium chloride, 10 mM Tris-Cl, 75 mM sodium chloride, 10 mM adenosine-5'-triphosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.10 Å R-free 0.281
3KWV Structural basis for the unfolding of anthrax lethal factor by protective antigen oligomers 提交 2009-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 F 34–296（263 aa） 片段：protective antigen binding domain (UNP residues 34-296)
未记录 CA CALCIUM ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；16% PEG 3000, 0.1M cacodylic acid, 0.2M magnesium chloride, 10 mM Tris-Cl, 75 mM sodium chloride, 10 mM adenosine-5'-triphosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.10 Å R-free 0.281
4DV8 Anthrax Lethal Factor metalloproteinase in complex with the Hydroxamic acid based small molecule PT8421 提交 2012-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 296–809（514 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 0LX (2S)-6-[(4-fluorobenzyl)amino]-2-[(2R)-2-(4-fluorophenyl)-2-methoxyethyl]-N-hydroxyhexanamide × 1 MLI MALONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；0.03M citric acid, 0.01M BIS-Tris, Propane, pH7.6, 20% PEG3350, 14 mg/mL protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.63 Å R-free 0.204
4PKQ Anthrax toxin lethal factor with bound zinc 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–809（512 aa） 片段：UNP residues 298-809
突变：A266S ZN ZINC ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate
分辨率 2.20 Å R-free 0.217
4PKR Anthrax toxin lethal factor with bound small molecule inhibitor 10 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–809（512 aa） 片段：UNP residues 298-809
突变：A266S 2ZL N~2~-benzyl-N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-D-alaninamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate
分辨率 2.20 Å R-free 0.253
4PKS Anthrax toxin lethal factor with bound small molecule inhibitor 11 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–809（512 aa） 片段：UNP residues 298-809
突变：A266S ZN ZINC ION × 1 30H N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-N~2~-(pyridin-3-ylmethyl)-D-alaninamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate
分辨率 2.30 Å R-free 0.260
4PKT Anthrax toxin lethal factor with bound small molecule inhibitor 13 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–809（512 aa） 片段：UNP residues 298-809
突变：A266S 30O N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-N~2~-(4-nitrobenzyl)-D-alaninamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate
分辨率 2.40 Å R-free 0.240
4PKU Anthrax toxin lethal factor with bound small molecule inhibitor 15 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–809（512 aa） 片段：UNP residues 298-809
突变：A266S 30P N~2~-(3-aminobenzyl)-N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-D-alaninamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate
分辨率 2.40 Å R-free 0.249
4PKV Anthrax toxin lethal factor with bound small molecule inhibitor 16 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–809（512 aa） 片段：UNP residues 298-809
突变：A266S 30R N~2~-[4-(aminomethyl)benzyl]-N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-D-alaninamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate
分辨率 2.50 Å R-free 0.253
4PKW Anthrax toxin lethal factor with bound small molecule inhibitor GM6001 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–809（512 aa） 片段：UNP residues 298-809
突变：A266S ZN ZINC ION × 1 GM6 3-(N-HYDROXYCARBOXAMIDO)-2-ISOBUTYLPROPANOYL-TRP-METHYLAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate
分辨率 1.75 Å R-free 0.207
4WF6 Anthrax toxin lethal factor with bound small molecule inhibitor MK-31 提交 2014-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–809（512 aa） 片段：UNP residues 298-809
突变：A266S ZN ZINC ION × 1 407 N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-D-alaninamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate
分辨率 2.65 Å R-free 0.240
4XM6 Anthrax toxin lethal factor with ligand-induced binding pocket 提交 2015-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–809（512 aa） 片段：UNP residues 298-809
突变：A266S 41R N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-N~2~-(2-methylpropyl)-D-valinamide × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate
分辨率 2.35 Å R-free 0.246
4XM7 Anthrax toxin lethal factor with ligand-induced binding pocket 提交 2015-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–809（512 aa） 片段：UNP residues 298-809
突变：A266S 41S N~2~-[(4-fluoro-3-methoxyphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-N~2~-(2-methylpropyl)-D-valinamide × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate
分辨率 2.70 Å R-free 0.269
4XM8 Anthrax toxin lethal factor with ligand-induced binding pocket 提交 2015-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–809（512 aa） 片段：UNP residues 298-809
突变：A266S 41T N-hydroxy-N~2~-{[3-(methoxymethyl)phenyl]sulfonyl}-N~2~-(2-methylpropyl)-D-valinamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate
分辨率 2.70 Å R-free 0.276
5D1S Anthrax toxin lethal factor with hydroxamic acid inhibitor 提交 2015-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–809（512 aa） 片段：residues 298-809
突变：A299S 56Q N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-N~2~-methyl-D-alaninamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate
分辨率 2.10 Å R-free 0.247
5D1T Anthrax toxin lethal factor with hydroxamic acid inhibitor 提交 2015-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–809（512 aa） 片段：residues 298-809
突变：A299S ZN ZINC ION × 1 56R N~2~-[3-(aminomethyl)benzyl]-N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-D-alaninamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate
分辨率 2.20 Å R-free 0.255
5D1U Anthrax toxin lethal factor with hydroxamic acid inhibitor 提交 2015-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 298–809（512 aa） 片段：residues 298-809
突变：A299S 56P N~2~-(6-aminohexyl)-N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-D-alaninamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate
分辨率 2.85 Å R-free 0.252
6PSN Anthrax toxin protective antigen channels bound to lethal factor 提交 2019-07-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 L 1–809（809 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
6ZXJ Fully-loaded anthrax lethal toxin in its heptameric pre-pore state, in which the third lethal factor is masked out (PA7LF3-masked) 提交 2020-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 H 1–809（809 aa）
链 I 1–809（809 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to grid (with 2 nm additional carbon layer) and incubated for 45 s prior blotting.
分辨率 3.50 Å
6ZXK Fully-loaded anthrax lethal toxin in its heptameric pre-pore state and PA7LF(2+1B) arrangement 提交 2020-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 H 1–809（809 aa）
链 I 1–809（809 aa）
链 J 1–809（809 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to grid (with 2 nm additional carbon layer) and incubated for 45 s prior blotting.
分辨率 3.80 Å
6ZXL Fully-loaded anthrax lethal toxin in its heptameric pre-pore state and PA7LF(2+1A) arrangement 提交 2020-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 H 1–809（809 aa）
链 I 1–809（809 aa）
链 J 1–809（809 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to grid (with 2 nm additional carbon layer) and incubated for 45 s prior blotting.
分辨率 4.20 Å
7KXR Protective antigen pore translocating lethal factor N-terminal domain 提交 2020-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 L 34–296（263 aa） 片段：UNP Residues 34-296
突变：E126C CA CALCIUM ION × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8FVU Cryo-EM structure of human Needle/NAIP/NLRC4 (R288A) 提交 2023-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 U 34–296（263 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å

共 30 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LEF_BACAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–776； UniProt 34–809 作者链 B； PDB构建体 1–776； UniProt 34–809

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1pwq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1pwq
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1pwq
沉积日期 deposition_date2003-07-02
结构标题 titleCrystal structure of Anthrax Lethal Factor complexed with Thioacetyl-Tyr-Pro-Met-Amide, a metal-chelating peptidyl small molecule inhibitor
关键词 keywordsAnthrax Toxin, Lethal Factor, metal-chelator, small molecule peptidic inhibitor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.59 Å
零角强度 I(0) i0434562000.00
分子量 molecular_weight171700.0 kDa
排除体积 excluded_volume216050 ų
包络体积 envelope_volume300210 ų
水化壳体积 shell_volume64973 ų
包络直径 envelope_diameter122.9 Å
壳层 Rg shell_rg44.92 Å
包络 Rg envelope_rg37.01 Å
形状 Rg shape_rg37.59 Å
总 Rg total_rg38.05 Å
总原子数 total_atoms12120
残基数 n_residues1466
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax117.2 Å
Rg (实空间) rg_real38.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real4.2390e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal434600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7252
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.5 Å
偏度 Skewness skewness0.172
峰度 Kurtosis kurtosis-0.410
角度范围 angular_range— – 0.2050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha2.9360
最高正则化参数 α highest_alpha105500000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 0.924; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.836
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1pwqa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.14 — Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domains
结构域编号 domain_idd1pwqa2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.14 — Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domains
结构域编号 domain_idd1pwqa3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamilyd.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family familyd.166.1.1 — ADP-ribosylating toxins
结构域编号 domain_idd1pwqb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.14 — Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domains
结构域编号 domain_idd1pwqb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.14 — Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domains
结构域编号 domain_idd1pwqb3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamilyd.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family familyd.166.1.1 — ADP-ribosylating toxins

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1pwqA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id1pwqA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology176 — Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id1pwqA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology2030 — Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A
结构域编号 domain_id1pwqA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id1pwqB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id1pwqB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology176 — Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id1pwqB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology2030 — Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A
结构域编号 domain_id1pwqB04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)