1pyh

Crystal structure of RC-LH1 core complex from Rhodopseudomonas palustris

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly	物理组成	蛋白状态	蛋白 / DNA / RNA / 其他聚合物	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	34 / 0 / 0 / 0	与蛋白数一致

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1pyh
沉积日期 deposition_date	2003-07-08
结构标题 title	Crystal structure of RC-LH1 core complex from Rhodopseudomonas palustris
关键词 keywords	bacterial photosynthetic core complex, integral membrane proteins, light harvesting complex, reaction centre, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1pyh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1pyh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1pyh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.25 Å
Rg（电子密度）	39.81 Å
总 Rg	40.21 Å
原子数	10100
残基数	1690
排除体积	168270 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1pyh__assembly_1__model_1`	34-meric （34）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	23932.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10100

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	25719.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein H chain
分子量 formula_weight	20528.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
分子量 formula_weight	2230.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X,Z,1,3,5,7

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
分子量 formula_weight	2571.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G,I,K,M,O,Q,S,U,W,Y,2,4,6,8

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	34

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 34 domains

SCOP 2.08 (34 domains)

结构域编号 domain_id	d1pyh1_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyh2_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyh3_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyh4_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyh5_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyh6_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyh7_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyh8_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyha_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhb_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhc_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhd_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhe_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhf_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhg_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhh_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhi_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhj_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhk_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhl_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhm_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhn_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyho_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhp_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhq_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhr_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhs_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyht_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhu_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhv_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhw_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhx_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhy_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

结构域编号 domain_id	d1pyhz_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.5 — Photosystems
超家族 Superfamily superfamily	i.5.1 — Photosystems
家族 Family family	i.5.1.1 — Photosystems

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晶胞边长 a length_a	76.037 Å
晶胞边长 b length_b	119.024 Å
晶胞边长 c length_c	130.432 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	69.32 °
晶胞夹角 β angle_beta	72.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	66.52 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.800 Å
最低分辨率 resolution_low	60.000 Å
R 因子 r_factor	0.4687
R_work r_work	0.4674
R_free r_free	0.4913

Crystal structure of RC-LH1 core complex from Rhodopseudomonas palustris

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目的 assembly 组成

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1pyh__assembly_1__model_1

1pyh__assembly_1__model_1 | I(q)

1pyh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 34 domains

SCOP 2.08 (34 domains)

7. 引用文献 (1)