1pyu

Processed Aspartate Decarboxylase Mutant with Ser25 mutated to Cys

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 61.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aspartate 1-decarboxylase beta chain

Escherichia coli

UniProt P0A790

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–24 链 B; UniProt 25–126 链 C; UniProt 1–24 链 D; UniProt 25–126 突变:S25C SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4;290 K;0.1M citric acid, 1.6M ammonium sulphate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 1.90 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PAND_ECOLI
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 18–41; UniProt 1–24 作者链 C; PDB构建体 18–41; UniProt 1–24 作者链 B; PDB构建体 1–102; UniProt 25–126 作者链 D; PDB构建体 1–102; UniProt 25–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1pyu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1pyu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1pyu
沉积日期 deposition_date2003-07-09
结构标题 titleProcessed Aspartate Decarboxylase Mutant with Ser25 mutated to Cys
关键词 keywordsAuto-processing, Aspartate Decarboxylase, pyruvoyl, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.35
零角强度 I(0) i012689000.00
分子量 molecular_weight25527.0 kDa
排除体积 excluded_volume31469 ų
包络体积 envelope_volume36716 ų
水化壳体积 shell_volume16987 ų
包络直径 envelope_diameter63.1
壳层 Rg shell_rg24.07
包络 Rg envelope_rg18.67
形状 Rg shape_rg18.34
总 Rg total_rg19.19
总原子数 total_atoms1787
残基数 n_residues235
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.7
Rg (实空间) rg_real19.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real1.2690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12690000.0000
解质量估计 total_estimate0.9058
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.6
偏度 Skewness skewness0.220
峰度 Kurtosis kurtosis-0.497
角度范围 angular_range— – 0.4100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2258000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1pyu.1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.52.2 — ADC-like
家族 Family familyb.52.2.1 — Pyruvoyl dependent aspartate decarboxylase, ADC
结构域编号 domain_idd1pyu.2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.52.2 — ADC-like
家族 Family familyb.52.2.1 — Pyruvoyl dependent aspartate decarboxylase, ADC

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1pyuB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id1pyuD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)