SAXSdb — 1q1v

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DEK protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 309–375	片段：RESIDUES 309-378	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.75；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NAPO4, 100mM KCL；压力 AMBIENT NMR样品组成：1.0MM DEK C-TERMINAL DOMAIN	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1Q1V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JX3 NMR solution structure of the N-terminal domain of DEK 提交 2007-11-02	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–208（131 aa）片段：SAP domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM KCL；压力 ambient NMR样品组成 0.65 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DEK78-208, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8KCY Structure of nucleosome complexed with two DEK molecules 提交 2023-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 K 1–375（375 aa）链 L 1–375（375 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8KD1 Structure of nucleosome complexed with one DEK molecule 提交 2023-08-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 K 1–375（375 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9L1X hDEK-nucleosome complex (conformation 1) 提交 2024-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–375（375 aa）链 L 1–375（375 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
9L22 hDEK-nucleosome complex (conformation 2) 提交 2024-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–375（375 aa）链 L 1–375（375 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DEK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–67； UniProt 309–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1q1v
沉积日期 deposition_date	2003-07-22
结构标题 title	Structure of the Oncoprotein DEK: a putative DNA-binding Domain Related to the Winged Helix Motif
关键词 keywords	WINGED-HELIX MOTIF, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.11 Å
零角强度 I(0) i0	86147000.00
分子量 molecular_weight	82507.0 kDa
排除体积 excluded_volume	105900 Å³
包络体积 envelope_volume	27873 Å³
水化壳体积 shell_volume	13524 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.4 Å
壳层 Rg shell_rg	24.25 Å
包络 Rg envelope_rg	20.24 Å
形状 Rg shape_rg	14.10 Å
总 Rg total_rg	14.73 Å
总原子数 total_atoms	11940
残基数 n_residues	700
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	39.9 Å
Rg (实空间) rg_real	13.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	86150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6202
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.460
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.024
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.9000
最高正则化参数 α highest_alpha	166200.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.007; Oscil: 0.711; Stabil: 0.979; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1q1va1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.159 — Another 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.159.4 — DEK C-terminal domain
家族 Family family	a.159.4.1 — DEK C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1q1va2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1q1vA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	309

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	DEK protein
分子量 formula_weight	8265.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11940

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Structure of the Oncoprotein DEK: a putative DNA-binding Domain Related to the Winged Helix Motif

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DEK protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/q1/1q1v/1q1v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q1/1q1v/1q1v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q1/1q1v/1q1v.dat