SAXSdb — 1q25

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cation-independent mannose 6-phosphate receptor

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MPRI_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–432； UniProt 45–476

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1q25
沉积日期 deposition_date	2003-07-23
结构标题 title	Crystal structure of N-terminal 3 domains of CI-MPR
关键词 keywords	P-lectin, receptor, mannose 6-phosphate, PROTEIN TRANSPORT, SUGAR BINDING PROTEIN; PROTEIN TRANSPORT,SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1q25__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1q25__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1q25__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.60 Å
Rg（电子密度）	23.34 Å
总 Rg	24.24 Å
原子数	3398
残基数	428
排除体积	59967 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1q25__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	cation-independent mannose 6-phosphate receptor
分子量 formula_weight	47618.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3763

AAGTQGAEFPELCSYTWEAVDTKNNMLYKINICGNMGVAQCGPSSAVCMHDLKTDSFHSVGDSLLKTASRSLLEFNTTVNCKQQNHKIQSSITFLCGKTLGTPEFVTATDCVHYFEWRTTAACKKNIFKANKEVPCYAFDRELKKHDLNPLIKTSGAYLVDDSDPDTSLFINVCRDIEVLRASSPQVRVCPTGAAACLVRGDRAFDVGRPQEGLKLVSNDRLVLSYVKEGAGQPDFCDGHSPAVTITFVCPSERREGTIPKLTAKSNCRFEIEWVTEYACHRDYLESRSCSLSSAQHDVAVDLQPLSRVEASDSLFYTSEADEYTYYLSICGGSQAPICNKKDAAVCQVKKADSTQVKVAGRPQNLTLRYSDGDLTLIYFGGEECSSGFQRMSVINFECNQTAGNNGRGAPVFTGEVDCTYFFTWDTKYACV

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	365

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1q25a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.64 — Mannose 6-phosphate receptor domain
超家族 Superfamily superfamily	b.64.1 — Mannose 6-phosphate receptor domain
家族 Family family	b.64.1.1 — Mannose 6-phosphate receptor domain

结构域编号 domain_id	d1q25a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.64 — Mannose 6-phosphate receptor domain
超家族 Superfamily superfamily	b.64.1 — Mannose 6-phosphate receptor domain
家族 Family family	b.64.1.1 — Mannose 6-phosphate receptor domain

结构域编号 domain_id	d1q25a3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.64 — Mannose 6-phosphate receptor domain
超家族 Superfamily superfamily	b.64.1 — Mannose 6-phosphate receptor domain
家族 Family family	b.64.1.1 — Mannose 6-phosphate receptor domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1q25A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-6-phosphate receptor binding domain

结构域编号 domain_id	1q25A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-6-phosphate receptor binding domain

结构域编号 domain_id	1q25A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-6-phosphate receptor binding domain

▶

晶胞边长 a length_a	61.157 Å
晶胞边长 b length_b	84.746 Å
晶胞边长 c length_c	96.051 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.940 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	0.2830

Crystal structure of N-terminal 3 domains of CI-MPR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cation-independent mannose 6-phosphate receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1q25__assembly_1__model_1

1q25__assembly_1__model_1 | I(q)

1q25__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of N-terminal 3 domains of CI-MPR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cation-independent mannose 6-phosphate receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1q25__assembly_1__model_1

1q25__assembly_1__model_1 | I(q)

1q25__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)