SAXSdb — 1q8j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-methyltetrahydrofolate S-homocysteine methyltransferase

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	CADMIUM ION × 1 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID × 1 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	CADMIUM ION × 1 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID × 1 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WYA5_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 B； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1q8j
沉积日期 deposition_date	2003-08-21
结构标题 title	Cobalamin-dependent methionine synthase (1-566) from Thermotoga maritima (Cd2+, Hcy, methyltetrahydrofolate complex)
关键词 keywords	homocysteine, methionine, folate, cobalamin, vitamin b12, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1q8j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1q8j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1q8j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.72 Å
Rg（电子密度）	26.01 Å
总 Rg	26.86 Å
原子数	4465
残基数	559
排除体积	80391 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1q8j__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1q8j__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5-methyltetrahydrofolate S-homocysteine methyltransferase
分子量 formula_weight	63633.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9128

MRNRREVSKLLSERVLLLDGAYGTEFMKYGYDDLPEELNIKAPDVVLKVHRSYIESGSDVILTNTFGATRMKLRKHGLEDKLDPIVRNAVRIARRAAGEKLVFGDIGPTGELPYPLGSTLFEEFYENFRETVEIMVEEGVDGIIFETFSDILELKAAVLAAREVSRDVFLIAHMTFDEKGRSLTGTDPANFAITFDELDIDALGINCSLGPEEILPIFQELSQYTDKFLVVEPNAGKPIVENGKTVYPLKPHDFAVHIDSYYELGVNIFGGCCGTTPEHVKLFRKVLGNRKPLQRKKKRIFAVSSPSKLVTFDHFVVIGERINPAGRKKLWAEMQKGNEEIVIKEAKTQVEKGAEVLDVNFGIESQIDVRYVEKIVQTLPYVSNVPLSLDIQNVDLTERALRAYPGRSLFNSAKVDEEELEMKINLLKKYGGTLIVLLMGKDVPKSFEERKEYFEKALKILERHDFSDRVIFDPGVLPLGAEGKPVEVLKTIEFISSKGFNTTVGLSNLSFGLPDRSYYNTAFLVLGISKGLSSAIMNPLDETLMKTLNATLVILEKKELPRAEVK

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID
分子量 formula_weight	135.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID
分子量 formula_weight	459.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	357

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1q8ja1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.21 — Dihydropteroate synthetase-like
家族 Family family	c.1.21.2 — Methyltetrahydrofolate-utiluzing methyltransferases

结构域编号 domain_id	d1q8ja2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.26 — Homocysteine S-methyltransferase
家族 Family family	c.1.26.1 — Homocysteine S-methyltransferase

结构域编号 domain_id	d1q8jb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.21 — Dihydropteroate synthetase-like
家族 Family family	c.1.21.2 — Methyltetrahydrofolate-utiluzing methyltransferases

结构域编号 domain_id	d1q8jb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.26 — Homocysteine S-methyltransferase
家族 Family family	c.1.26.1 — Homocysteine S-methyltransferase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1q8jA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — Homocysteine-binding-like domain

结构域编号 domain_id	1q8jA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

结构域编号 domain_id	1q8jB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — Homocysteine-binding-like domain

结构域编号 domain_id	1q8jB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

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晶胞边长 a length_a	59.980 Å
晶胞边长 b length_b	86.070 Å
晶胞边长 c length_c	125.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2410
R_work r_work	0.2310
R_free r_free	0.2670

Cobalamin-dependent methionine synthase (1-566) from Thermotoga maritima (Cd2+, Hcy, methyltetrahydrofolate complex)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-methyltetrahydrofolate S-homocysteine methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1q8j__assembly_1__model_1

1q8j__assembly_1__model_1 | I(q)

1q8j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Cobalamin-dependent methionine synthase (1-566) from Thermotoga maritima (Cd2+, Hcy, methyltetrahydrofolate complex)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-methyltetrahydrofolate S-homocysteine methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1q8j__assembly_1__model_1

1q8j__assembly_1__model_1 | I(q)

1q8j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)