1qgw

CRYSTAL STRUCTURE OF PHYCOERYTHRIN 545 FROM THE MARINE CRYPTOPHYTE RHODOMONAS CS24

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA-1 CHAIN))

物种未注明

UniProt Q00433

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN)) × 2 (P27198) MAGNESIUM ION × 2 15,16-DIHYDROBILIVERDIN × 2 CHLORIDE ION × 1 PHYCOERYTHROBILIN × 6 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHE3_RHOS2
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–76; UniProt 53–128 作者链 B; PDB构建体 1–67; UniProt 53–93

PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))

物种未注明

UniProt P27198

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA-1 CHAIN)) × 1 (Q00433) PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA-2 CHAIN)) × 1 (Q00433) MAGNESIUM ION × 2 15,16-DIHYDROBILIVERDIN × 2 CHLORIDE ION × 1 PHYCOERYTHROBILIN × 6 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHEB_RHOS2
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–177; UniProt 1–177 作者链 D; PDB构建体 1–177; UniProt 1–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qgw
沉积日期 deposition_date1999-05-10
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF PHYCOERYTHRIN 545 FROM THE MARINE CRYPTOPHYTE RHODOMONAS CS24
关键词 keywordsPHYCOERYTHRIN, LIGHT-HARVESTING PROTEIN, CRYPTOPHYTE, PHYCOBILIN, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1qgw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1qgw__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1qgw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)24.10 Å
Rg(电子密度)23.00 Å
总 Rg23.77 Å
原子数3925
残基数485
排除体积70103 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1qgw__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1qgwa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.184 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamilyd.184.1 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
家族 Family familyd.184.1.1 — Phycoerythrin 545 alpha-subunits
结构域编号 domain_idd1qgwb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.184 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamilyd.184.1 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
家族 Family familyd.184.1.1 — Phycoerythrin 545 alpha-subunits
结构域编号 domain_idd1qgwc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins
结构域编号 domain_idd1qgwd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1qgwA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology510 — Cryptophytan Phycoerythrin (Alpha-1 Chain); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phycoerythrin alpha chain
结构域编号 domain_id1qgwB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology510 — Cryptophytan Phycoerythrin (Alpha-1 Chain); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phycoerythrin alpha chain
结构域编号 domain_id1qgwC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phycocyanins
结构域编号 domain_id1qgwD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phycocyanins
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7. 引用文献 (2)