1qh1

NITROGENASE MOFE PROTEIN FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE, PHENOSAFRANIN OXIDIZED STATE

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN) × 2 （P09772） MAGNESIUM ION × 7 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID × 2 FE-MO-S CLUSTER × 2 FE(8)-S(7) CLUSTER × 2 1,2-ETHANEDIOL × 13 CHLORIDE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NIFD_KLEPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–478； UniProt 3–480 作者链 C； PDB构建体 1–478； UniProt 3–480

PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN)

物种未注明

UniProt P09772

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN) × 2 （P00466） MAGNESIUM ION × 7 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID × 2 FE-MO-S CLUSTER × 2 FE(8)-S(7) CLUSTER × 2 1,2-ETHANEDIOL × 13 CHLORIDE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NIFK_KLEPN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–519； UniProt 2–520 作者链 D； PDB构建体 1–519； UniProt 2–520

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qh1
沉积日期 deposition_date	1999-05-10
结构标题 title	NITROGENASE MOFE PROTEIN FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE, PHENOSAFRANIN OXIDIZED STATE
关键词 keywords	BIOLOGICAL NITROGEN FIXATION, NITROGEN METABOLISM, MOLYBDOENZYMES, ELECTRON TRANSFER, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1qh1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1qh1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1qh1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.21 Å
Rg（电子密度）	37.55 Å
总 Rg	37.90 Å
原子数	15628
残基数	1994
排除体积	278470 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1qh1__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN)
分子量 formula_weight	53632.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.6.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	18303

TNATGERNLALIQEVLEVFPETARKERRKHMMVSDPKMKSVGKCIISNRKSQPGVMTVRGCAYAGSKGVVFGPIKDMAHISHGPVGCGQYSRAGRRNYYTGVSGVDSFGTLNFTSDFQERDIVFGGDKKLSKLIEEMELLFPLTKGITIQSECPVGLIGDDISAVANASSKALDKPVIPVRCEGFRGVSQSLGHHIANDVVRDWILNNREGQPFETTPYDVAIIGDYNIGGDAWASRILLEEMGLRVVAQWSGDGTLVEMENTPFVKLNLVHCYRSMNYIARHMEEKHQIPWMEYNFFGPTKIAESLRKIADQFDDTIRANAEAVIARYEGQMAAIIAKYRPRLEGRKVLLYMGGLRPRHVIGAYEDLGMEIIAAGYEFAHNDDYDRTLPDLKEGTLLFDDASSYELEAFVKALKPDLIGSGIKEKYIFQKMGVPFRQMHSWDYSGPYHGYDGFAIFARDMDMTLNNPAWNELTAPWL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN)
分子量 formula_weight	58338.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.6.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SQTIDKINSCYPLFEQDEYQELFRNKRQLEEAHDAQRVQEVFAWTTTAEYEALNFRREALTVDPAKACQPLGAVLCSLGFANTLPYVHGSQGCVAYFRTYFNRHFKEPIACVSDSMTEDAAVFGGNNNMNLGLQNASALYKPEIIAVSTTCMAEVIGDDLQAFIANAKKDGFVDSSIAVPHAHTPSFIGSHVTGWDNMFEGFAKTFTADYQGQPGKLPKLNLVTGFETYLGNFRVLKRMMEQMAVPCSLLSDPSEVLDTPADGHYRMYSGGTTQQEMKEAPDAIDTLLLQPWQLLKSKKVVQEMWNQPATEVAIPLGLAATDELLMTVSQLSGKPIADALTLERGRLVDMMLDSHTWLHGKKFGLYGDPDFVMGLTRFLLELGCEPTVILSHNANKRWQKAMNKMLDASPYGRDSEVFINCDLWHFRSLMFTRQPDFMIGNSYGKFIQRDTLAKGKAFEVPLIRLGFPLFDRHHLHRQTTWGYEGAMNIVTTLVNAVLEKLDSDTSQLGKTDYSFDLVR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID
分子量 formula_weight	206.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FE-MO-S CLUSTER
分子量 formula_weight	775.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FE(8)-S(7) CLUSTER
分子量 formula_weight	671.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2622

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1qh1a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d1qh1b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d1qh1c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d1qh1d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	1qh1A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1qh1A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1qh1A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1qh1B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1qh1B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1qh1B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1qh1B04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	89 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4

结构域编号 domain_id	1qh1C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1qh1C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1qh1C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1qh1D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1qh1D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1qh1D03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1qh1D04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	89 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4

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晶胞边长 a length_a	204.180 Å
晶胞边长 b length_b	75.220 Å
晶胞边长 c length_c	162.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	122.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1580
R_free r_free	0.1990

NITROGENASE MOFE PROTEIN FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE, PHENOSAFRANIN OXIDIZED STATE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1qh1__assembly_1__model_1

1qh1__assembly_1__model_1 | I(q)

1qh1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)

NITROGENASE MOFE PROTEIN FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE, PHENOSAFRANIN OXIDIZED STATE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN (NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1qh1__assembly_1__model_1

1qh1__assembly_1__model_1 | I(q)

1qh1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)