SAXSdb — 1qk5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE

TOXOPLASMA GONDII

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–230 链 B； UniProt 1–230	突变：YES	XMP XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 4 POP PYROPHOSPHATE 2- × 4 MG MAGNESIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；277 K；30% PEG 4000, 100 MM TRIS.CL (PH 8.5), 200 MM LI2SO4, 0.25 % BETA-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE. THE CRYSTAL WAS GROWN IN THE PRESENCE OF 1 MM XANTHINE, 1 MM PRPP AND 10 MM MGCL2 AT 277 K.	分辨率 1.60 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1QK5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DBR HYPOXANTHINE GUANINE XANTHINE 提交 1996-02-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–230（230 aa）链 B 1–230（230 aa）链 C 1–230（230 aa）链 D 1–230（230 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1FSG TOXOPLASMA GONDII HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH 9-DEAZAGUANINE, ALPHA-D-5-PHOSPHORIBOSYL-1-PYROPHOSPHATE (PRPP) AND TWO MG2+ IONS 提交 2000-09-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–230（230 aa）链 C 1–230（230 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 PRP 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose × 4 9DG 9-DEAZAGUANINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；THE PROTEIN (20 mg ml-1) WAS MIXED WITH A SOLUTION CONSISTING OF 30% PEG 4000, 100 MM TRIS.HCL (PH 8.0), 200 MM LI2SO4, and 0.5 % BETA-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE. THE CRYSTAL WAS GROWN IN THE PRESENCE OF 2 MM 9-DEAZAGUANINE, 2 MM PRPP AND 10 MM MGCL2 AT 277 K. THE CRYSTAL GREW IN 2 DAYS., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.05 Å R-free 0.154
1QK3 TOXOPLASMA GONDII HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE GMP COMPLEX 提交 1999-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–230（230 aa）链 B 1–230（230 aa）链 C 1–230（230 aa）链 D 1–230（230 aa）	未记录	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；277 K；15% PEG 8000, 100 MM KPO4 (PH 5-6), 0.25% BETA-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE, 1 MM GMP, 277 K	分辨率 1.65 Å R-free 0.231
1QK4 TOXOPLASMA GONDII HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE IMP COMPLEX 提交 1999-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–230（230 aa）链 B 1–230（230 aa）链 C 1–230（230 aa）链 D 1–230（230 aa）	未记录	IMP INOSINIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；277 K；30% PEG 4000, 100 MM TRIS (PH 8.5), 200 MM LI2SO4, 0.25 % BETA-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE 1 MM IMP, 277 K	分辨率 1.90 Å R-free 0.238

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HGXR_TOXGO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–233； UniProt 1–230 作者链 B； PDB构建体 4–233； UniProt 1–230

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qk5
沉积日期 deposition_date	1999-07-09
结构标题 title	TOXOPLASMA GONDII HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE WITH XMP, PYROPHOSPHATE AND TWO MG2+ IONS
关键词 keywords	TRANSFERASE, GLYCOSYLTRANSFERASE, PURINE SALVAGE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.62 Å
零角强度 I(0) i0	40479200.00
分子量 molecular_weight	50319.0 kDa
排除体积 excluded_volume	63373 Å³
包络体积 envelope_volume	73146 Å³
水化壳体积 shell_volume	27224 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.9 Å
壳层 Rg shell_rg	29.20 Å
包络 Rg envelope_rg	21.75 Å
形状 Rg shape_rg	21.62 Å
总 Rg total_rg	22.50 Å
总原子数 total_atoms	3542
残基数 n_residues	432
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.2 Å
Rg (实空间) rg_real	22.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40480000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9105
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.105
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.571
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
分子量 formula_weight	26661.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.8
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3724

GSHMASKPIEDYGKGKGRIEPMYIPDNTFYNADDFLVPPHCKPYIDKILLPGGLVKDRVEKLAYDIHRTYFGEELHIICILKGSRGFFNLLIDYLATIQKYSGRESSVPPFFEHYVRLKSYQNDNSTGQLTVLSDDLSIFRDKHVLIVEDIVATGFTLTEFGERLKAVGPKSMRIATLVEKRTDRSNSLKGDFVGFSIEDVWIVGCCYDFNEMFRDFDHVAVLSDAARKKFEK

来源 Source

来源生物 organism	TOXOPLASMA GONDII
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	383379
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	365.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	182

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1qk5a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.1 — Phosphoribosyltransferases (PRTases)

结构域编号 domain_id	d1qk5b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.1 — Phosphoribosyltransferases (PRTases)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1qk5A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	1qk5B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	55.208 Å
晶胞边长 b length_b	112.255 Å
晶胞边长 c length_c	144.280 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	13.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2335
R_free r_free	0.2610

fit	/app/data/saxs_computation/qk/1qk5/1qk5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qk/1qk5/1qk5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qk/1qk5/1qk5.dat

TOXOPLASMA GONDII HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE WITH XMP, PYROPHOSPHATE AND TWO MG2+ IONS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction