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1ql3

Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the reduced state

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 94.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C552

PARACOCCUS DENITRIFICANS

UniProt P54820

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 78–176 片段：SOLUBLE DOMAIN HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；pH 4.50 分辨率 1.40 Å R-free 0.242
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 78–176 片段：SOLUBLE DOMAIN HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；pH 4.50 分辨率 1.40 Å R-free 0.242
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 78–176 片段：SOLUBLE DOMAIN HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；pH 4.50 分辨率 1.40 Å R-free 0.242
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 78–176 片段：SOLUBLE DOMAIN HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；pH 4.50 分辨率 1.40 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1QL3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1C7M SOLUTION STRUCTURE OF THE FUNCTIONAL DOMAIN OF PARACOCCUS DENITRIFICANS CYTOCHROME C552 IN THE REDUCED STATE 提交 2000-03-03 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 78–176（99 aa） 片段：SOLUBLE FUNCTIONAL DOMAIN
未记录 HEC HEME C × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；298 K
NMR样品组成 20 MM PHOSPHATE, 90% H2O/ 10% D2O
分辨率未提供
1I6D SOLUTION STRUCTURE OF THE FUNCTIONAL DOMAIN OF PARACOCCUS DENITRIFICANS CYTOCHROME C552 IN THE REDUCED STATE 提交 2001-03-02 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 78–176（99 aa） 片段：SOLUBLE FUNCTIONAL DOMAIN
未记录 HEC HEME C × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；298 K
NMR样品组成 20 MM PHOSPHATE, 90% H2O/ 10% D2O
分辨率未提供
1I6E SOLUTION STRUCTURE OF THE FUNCTIONAL DOMAIN OF PARACOCCUS DENITRIFICANS CYTOCHROME C552 IN THE OXIDIZED STATE 提交 2001-03-02 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 78–176（99 aa） 片段：SOLUBLE FUNCTIONAL DOMAIN
未记录 HEC HEME C × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；298 K
NMR样品组成 20 MM PHOSPHATE, 90% H2O/ 10% D2O
分辨率未提供
1QL4 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the oxidised state 提交 1999-08-20 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 78–176（99 aa） 片段：SOLUBLE DOMAIN
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50
分辨率 1.50 Å R-free 0.268
1QL4 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the oxidised state 提交 1999-08-20 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 78–176（99 aa） 片段：SOLUBLE DOMAIN
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50
分辨率 1.50 Å R-free 0.268
1QL4 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the oxidised state 提交 1999-08-20 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 78–176（99 aa） 片段：SOLUBLE DOMAIN
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50
分辨率 1.50 Å R-free 0.268
1QL4 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the oxidised state 提交 1999-08-20 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 78–176（99 aa） 片段：SOLUBLE DOMAIN
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50
分辨率 1.50 Å R-free 0.268
3M97 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 with its flexible linker segment from Paracoccus denitrificans 提交 2010-03-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 38–176（139 aa） 片段：soluble domain with flexible linker segment (UNP residues 38-176)
未记录 HEC HEME C × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；20 % PEG 550 MME, 0.1 M Zinc sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.33 Å R-free 0.229

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C552_PARDE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 78–176 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 78–176 作者链 C； PDB构建体 1–99； UniProt 78–176 作者链 D； PDB构建体 1–99； UniProt 78–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ql3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ql3
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ql3
沉积日期 deposition_date1999-08-20
结构标题 titleStructure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the reduced state
关键词 keywordsELECTRON TRANSPORT PROTEIN (CYTOCHROME), ELECTRON TRANSFER, REDUCED; ELECTRON TRANSPORT PROTEIN (CYTOCHROME)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.89 Å
零角强度 I(0) i032575400.00
分子量 molecular_weight44105.0 kDa
排除体积 excluded_volume55022 ų
包络体积 envelope_volume67228 ų
水化壳体积 shell_volume22401 ų
包络直径 envelope_diameter100.7 Å
壳层 Rg shell_rg31.72 Å
包络 Rg envelope_rg27.75 Å
形状 Rg shape_rg27.88 Å
总 Rg total_rg28.33 Å
总原子数 total_atoms3100
残基数 n_residues396
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.9 Å
Rg (实空间) rg_real28.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real3.2580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal32570000.0000
解质量估计 total_estimate0.7494
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.6 Å
偏度 Skewness skewness0.564
峰度 Kurtosis kurtosis-0.252
角度范围 angular_range— – 0.2850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16420000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.700; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.640; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1ql3a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.1 — monodomain cytochrome c
结构域编号 domain_idd1ql3b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.1 — monodomain cytochrome c
结构域编号 domain_idd1ql3c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.1 — monodomain cytochrome c
结构域编号 domain_idd1ql3d_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.1 — monodomain cytochrome c

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1ql3A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id1ql3B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id1ql3C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id1ql3D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)