SAXSdb — 1qln

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qln
沉积日期 deposition_date	1999-09-01
结构标题 title	STRUCTURE OF A TRANSCRIBING T7 RNA POLYMERASE INITIATION COMPLEX
关键词 keywords	NUCLEOTIDYLTRANSFERASE, T7 RNA POLYMERASE, PROTEIN/DNA/RNA; NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.65 Å
零角强度 I(0) i0	208924000.00
分子量 molecular_weight	107320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	130970 Å³
包络体积 envelope_volume	167960 Å³
水化壳体积 shell_volume	45622 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.11 Å
包络 Rg envelope_rg	29.79 Å
形状 Rg shape_rg	29.64 Å
总 Rg total_rg	30.39 Å
总原子数 total_atoms	7505
残基数 n_residues	900
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.3 Å
Rg (实空间) rg_real	30.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	208900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8909
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.201
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.380
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.965

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	98984.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7992

MNTINIAKNDFSDIELAAIPFNTLADHYGERLAREQLALEHESYEMGEARFRKMFERQLKAGEVADNAAAKPLITTLLPKMIARINDWFEEVKAKRGKRPTAFQFLQEIKPEAVAYITIKTTLACLTSADNTTVQAVASAIGRAIEDEARFGRIRDLEAKHFKKNVEEQLNKRVGHVYKKAFMQVVEADMLSKGLLGGEAWSSWHKEDSIHVGVRCIEMLIESTGMVSLHRQNAGVVGQDSETIELAPEYAEAIATRAGALAGISPMFQPCVVPPKPWTGITGGGYWANGRRPLALVRTHSKKALMRYEDVYMPEVYKAINIAQNTAWKINKKVLAVANVITKWKHCPVEDIPAIEREELPMKPEDIDMNPEALTAWKRAAAAVYRKDKARKSRRISLEFMLEQANKFANHKAIWFPYNMDWRGRVYAVSMFNPQGNDMTKGLLTLAKGKPIGKEGYYWLKIHGANCAGVDKVPFPERIKFIEENHENIMACAKSPLENTWWAEQDSPFCFLAFCFEYAGVQHHGLSYNCSLPLAFDGSCSGIQHFSAMLRDEVGGRAVNLLPSETVQDIYGIVAKKVNEILQADAINGTDNEVVTVTDENTGEISEKVKLGTKALAGQWLAYGVTRSVTKRSVMTLAYGSKEFGFRQQVLEDTIQPAIDSGKGLMFTQPNQAAGYMAKLIWESVSVTVVAAVEAMNWLKSAAKLLAAEVKDKKTGEILRKRCAVHWVTPDGFPVWQEYKKPIQTRLNLMFLGQFRLQPTINTNKDSEIDAHKQESGIAPNFVHSQDGSHLRKTVVWAHEKYGIESFALIHDSFGTIPADAANLFKAVRETMVDTYESCDVLADFYDQFADQLHESQLDKMPALPAKGNLNLRDILESDFAFA

来源 Source

来源生物 organism	BACTERIOPHAGE T7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10760
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (5-D(PTPAPAPTPAPCPGPAPCPTPCPAPCPTP*A)-3)
分子量 formula_weight	5154.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

TAATACGACTCACTATA

Entity 3 polymer

描述 description	RNA (5- R(PPPGPGP*G)-3)
分子量 formula_weight	1150.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

GGG

Entity 4 polymer

描述 description	DNA (5- D (PCPTPCPCPCPTPAPTPAPGPTPGPAPGPTPCPGPTP* APTPTP*A)-3)
分子量 formula_weight	6717.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

CTCCCTATAGTGAGTCGTATTA

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	487

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1qlna_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.3 — T7 RNA polymerase

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1qlnA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1320 — T7 RNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1qlnA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 —

结构域编号 domain_id	1qlnA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	1qlnA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 —

结构域编号 domain_id	1qlnA05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	221.200 Å
晶胞边长 b length_b	73.600 Å
晶胞边长 c length_c	80.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2230
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.2670

fit	/app/data/saxs_computation/ql/1qln/1qln.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ql/1qln/1qln.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ql/1qln/1qln.dat

STRUCTURE OF A TRANSCRIBING T7 RNA POLYMERASE INITIATION COMPLEX

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)