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1qri

X-RAY STRUCTURE OF THE DNA-ECO RI ENDONUCLEASE COMPLEXES WITH AN E144D MUTATION AT 2.7 A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ECO RI ENDONCULEASE

物种未注明

UniProt P00642

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 16–276 片段：RESIDUES 17-277 突变：GLU144ASP 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3' × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；PRECIPITANT: 40% PEG 400; 40 MM BTP; PH 8.0; RESERVOIR: 16% PEG 400; 40 MM BTP; PH 6.5; DROP: 5 UL PROTEIN, 2 UL DNA, 1 UL PPT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1QRI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CKQ PRE-TRANSITION STATE ECO RI ENDONUCLEASE/COGNATE DNA (TCGCGAATTCGCG) COMPLEX 提交 1999-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–276（276 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.85 Å R-free 0.286
1CL8 A PRE-TRANSITION STATE ECO RI ENDONUCLEASE/COGNATE DNA (TCGCGAPTTCGCG) COMPLEX WITH DNA BASE ANALOG PURINE (P) 提交 1999-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–276（276 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.80 Å R-free 0.287
1ERI X-RAY STRUCTURE OF THE DNA-ECO RI ENDONUCLEASE-DNA RECOGNITION COMPLEX: THE RECOGNITION NETWORK AND THE INTEGRATION OF RECOGNITION AND CLEAVAGE 提交 1994-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–276（276 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；277.00K
分辨率 2.50 Å R-free 0.280
1QC9 THE CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE ECO RI AT 3.3 A IN THE ABSENSE OF DNA 提交 1999-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–277（276 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.295
1QC9 THE CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE ECO RI AT 3.3 A IN THE ABSENSE OF DNA 提交 1999-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–277（276 aa）
链 C 2–277（276 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.295
1QPS THE CRYSTAL STRUCTURE OF A POST-REACTIVE COGNATE DNA-ECO RI COMPLEX AT 2.50 A IN THE PRESENCE OF MN2+ ION 提交 1999-05-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 A 16–276（261 aa） 片段：RESIDUES 17-277
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；MN ION WAS SOAKED INTO PRE-REACTIVE PROTEIN-DNA COCRYSTALS AND DNA CLEAVAGE OCCURED IN-CRYSTALLO, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 4K
分辨率 2.50 Å
1QRH X-RAY STRUCTURE OF THE DNA-ECO RI ENDONUCLEASE COMPLEXES WITH AN R145K MUTATION AT 2.7 A 提交 1999-06-14 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 16–276（261 aa） 片段：RESIDUES 17-277
突变：ARG145LYS 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PRECIPITANT: 15% PEG 400, 40 MM BTP, PH 7.1; RESERVOIR: 15% PEG 3350; 40 MM BTP; PH 6.5; DROP:3 UL PROTEIN, 2 UL DNA, 1.5 UL PPT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.50 Å
2OXV Structure of the A138T promiscuous mutant of the EcoRI restriction endonuclease bound to its cognate recognition site. 提交 2007-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–277（277 aa）
突变：A138T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.15 K；cryoprotectant solution is 40mM bis-tris Propane, 16% v/v PEG 400, 15% v/v glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.95 Å R-free 0.244

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 T2E1_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–261； UniProt 16–276

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qri

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qri
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qri
沉积日期 deposition_date1999-06-14
结构标题 titleX-RAY STRUCTURE OF THE DNA-ECO RI ENDONUCLEASE COMPLEXES WITH AN E144D MUTATION AT 2.7 A
关键词 keywordsRESTRICTION ENDONUCLEASE, DNA-PROTEIN COMPLEX, SITE-DIRECTED MUTATION, SEQUENCE-SPECIFIC, PROTEIN STRUCTURE, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.35 Å
零角强度 I(0) i022096100.00
分子量 molecular_weight33081.0 kDa
排除体积 excluded_volume40350 ų
包络体积 envelope_volume49925 ų
水化壳体积 shell_volume20251 ų
包络直径 envelope_diameter74.6 Å
壳层 Rg shell_rg27.48 Å
包络 Rg envelope_rg21.67 Å
形状 Rg shape_rg21.33 Å
总 Rg total_rg22.21 Å
总原子数 total_atoms2822
残基数 n_residues274
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.1 Å
Rg (实空间) rg_real22.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal22100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8952
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.8 Å
偏度 Skewness skewness0.323
峰度 Kurtosis kurtosis-0.301
角度范围 angular_range— – 0.3550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2437000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.986
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1qria_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyc.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family familyc.52.1.1 — Restriction endonuclease EcoRI

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1qriA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology580 — ECO RI Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Eco RI Endonuclease, subunit A
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)