1qte

;CRYSTAL STRUCTURE OF THE 70 KDA SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE SLT70 FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.90 A RESOLUTION IN COMPLEX WITH A 1,6-ANHYDROMUROTRIPEPTIDE ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qte
沉积日期 deposition_date	1999-06-27
结构标题 title	;CRYSTAL STRUCTURE OF THE 70 KDA SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE SLT70 FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.90 A RESOLUTION IN COMPLEX WITH A 1,6-ANHYDROMUROTRIPEPTIDE ;
关键词 keywords	ALPHA-SUPERHELIX, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.26 Å
零角强度 I(0) i0	93150600.00
分子量 molecular_weight	72768.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89704 Å³
包络体积 envelope_volume	119500 Å³
水化壳体积 shell_volume	33632 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.9 Å
壳层 Rg shell_rg	37.14 Å
包络 Rg envelope_rg	28.37 Å
形状 Rg shape_rg	29.23 Å
总 Rg total_rg	30.07 Å
总原子数 total_atoms	5101
残基数 n_residues	618
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.3 Å
Rg (实空间) rg_real	30.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.3150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	93160000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9119
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.015
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.728
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.969; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.943

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE SLT70
分子量 formula_weight	70544.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6069

DSLDEQRSRYAQIKQAWDNRQMDVVEQMMPGLKDYPLYPYLEYRQITDDLMNQPAVTVTNFVRANPTLPPARTLQSRFVNELARREDWRGLLAFSPEKPGTTEAQCNYYYAKWNTGQSEEAWQGAKELWLTGKSQPNACDKLFSVWRASGKQDPLAYLERIRLAMKAGNTGLVTVLAGQMPADYQTIASAIISLANNPNTVLTFARTTGATDFTRQMAAVAFASVARQDAENARLMIPSLAQAQQLNEDQIQELRDIVAWRLMGNDVTDEQAKWRDDAIMRSQSTSLIERRVRMALGTGDRRGLNTWLARLPMEAKEKDEWRYWQADLLLERGREAEAKEILHQLMQQRGFYPMVAAQRIGEEYELKIDKAPQNVDSALTQGPEMARVRELMYWNLDNTARSEWANLVKSKSKTEQAQLARYAFNNQWWDLSVQATIAGKLWDHLEERFPLAYNDLFKRYTSGKEIPQSYAMAIARQESAWNPKVKSPVGASGLMQIMPGTATHTVKMFSIPGYSSPGQLLDPETNINIGTSYLQYVYQQFGNNRIFSSAAYNAGPGRVRTWLGNSAGRIDAVAFVESIPFSETRGYVKNVLAYDAYYRYFMGDKPTLMSATEWGRRY

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ALANINE
分子量 formula_weight	89.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	D-ALANINE
分子量 formula_weight	89.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-(2-ACETYLAMINO-4-HYDROXY-6,8-DIOXA-BICYCLO[3.2.1]OCT-3-YLOXY)-PROPIONIC ACID
分子量 formula_weight	275.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	874

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1qtea1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.5 — Bacterial muramidases
家族 Family family	a.118.5.1 — Bacterial muramidases

结构域编号 domain_id	d1qtea2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamily	d.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family family	d.2.1.6 — Bacterial muramidase, catalytic domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1qteA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	20 — 70-kda Soluble Lytic Transglycosylase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bacterial muramidases

结构域编号 domain_id	1qteA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1240 — Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Lytic transglycosylase, superhelical linker domain

结构域编号 domain_id	1qteA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.266 Å
晶胞边长 b length_b	87.514 Å
晶胞边长 c length_c	132.947 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.1710
R_work r_work	0.1710
R_free r_free	0.1970

fit	/app/data/saxs_computation/qt/1qte/1qte.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qt/1qte/1qte.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qt/1qte/1qte.dat