1qvn

Structure of SP4160 Bound to IL-2 V69A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 118.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-2

Homo sapiens

UniProt P60568

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–152 链 C; UniProt 21–152 突变:V69A ZN ZINC ION × 2 FRI 2-GUANIDINO-4-METHYL-PENTANOIC ACID [2-(4-{5-[4-(4-ACETYLAMINO-BENZYLOXY)-2,3-DICHLORO-PHENYL]-2-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YL}-PIPERIDIN-1-YL)-2-OXO-ETHYL]-AMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.9;298 K;0.05 M Zinc Acetate, 0.075 M Magnesium Chloride, 18% (w/v) Polyethylene Glycol 10K, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 5.9. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.308
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–152 链 D; UniProt 21–152 突变:V69A ZN ZINC ION × 2 FRI 2-GUANIDINO-4-METHYL-PENTANOIC ACID [2-(4-{5-[4-(4-ACETYLAMINO-BENZYLOXY)-2,3-DICHLORO-PHENYL]-2-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YL}-PIPERIDIN-1-YL)-2-OXO-ETHYL]-AMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.9;298 K;0.05 M Zinc Acetate, 0.075 M Magnesium Chloride, 18% (w/v) Polyethylene Glycol 10K, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 5.9. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.308
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–152 链 B; UniProt 21–152 链 C; UniProt 21–152 链 D; UniProt 21–152 突变:V69A ZN ZINC ION × 4 FRI 2-GUANIDINO-4-METHYL-PENTANOIC ACID [2-(4-{5-[4-(4-ACETYLAMINO-BENZYLOXY)-2,3-DICHLORO-PHENYL]-2-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YL}-PIPERIDIN-1-YL)-2-OXO-ETHYL]-AMIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.9;298 K;0.05 M Zinc Acetate, 0.075 M Magnesium Chloride, 18% (w/v) Polyethylene Glycol 10K, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 5.9. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.308
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–152 链 C; UniProt 21–152 突变:V69A ZN ZINC ION × 2 FRI 2-GUANIDINO-4-METHYL-PENTANOIC ACID [2-(4-{5-[4-(4-ACETYLAMINO-BENZYLOXY)-2,3-DICHLORO-PHENYL]-2-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YL}-PIPERIDIN-1-YL)-2-OXO-ETHYL]-AMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.9;298 K;0.05 M Zinc Acetate, 0.075 M Magnesium Chloride, 18% (w/v) Polyethylene Glycol 10K, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 5.9. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.308

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、74 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–132; UniProt 21–152 作者链 B; PDB构建体 1–132; UniProt 21–152 作者链 C; PDB构建体 1–132; UniProt 21–152 作者链 D; PDB构建体 1–132; UniProt 21–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qvn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qvn
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qvn
沉积日期 deposition_date2003-08-28
结构标题 titleStructure of SP4160 Bound to IL-2 V69A
关键词 keywordsIL-2 Small Molecule hot spot, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.76
零角强度 I(0) i048796400.00
分子量 molecular_weight58872.0 kDa
排除体积 excluded_volume74782 ų
包络体积 envelope_volume116820 ų
水化壳体积 shell_volume25270 ų
包络直径 envelope_diameter116.6
壳层 Rg shell_rg45.13
包络 Rg envelope_rg36.78
形状 Rg shape_rg38.75
总 Rg total_rg39.27
总原子数 total_atoms4108
残基数 n_residues490
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.5
Rg (实空间) rg_real39.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.30
I(0) (实空间) i0_real4.8800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.26
I(0) (倒空间) i0_reciprocal48790000.0000
解质量估计 total_estimate0.7607
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.7
偏度 Skewness skewness0.062
峰度 Kurtosis kurtosis-1.139
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3301000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.550; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.571; Smooth: 0.664

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1qvna_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines
结构域编号 domain_idd1qvnb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines
结构域编号 domain_idd1qvnc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines
结构域编号 domain_idd1qvnd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1qvnA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1qvnB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1qvnC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1qvnD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)