Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 | 同源多聚体 | 蛋白 2 | FE (III) ION × 4 ZINC ION × 2 SULFATE ION × 2 water × 2 | 与蛋白数一致 |
| 2 | 蛋白同源多聚体 | 同源多聚体 | 蛋白 4 | FE (III) ION × 8 ZINC ION × 4 SULFATE ION × 4 water × 4 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | RUBY_DESVH |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–191； UniProt 1–191 |
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| 条目编号 entry_id | 1qyb |
| 沉积日期 deposition_date | 2003-09-10 |
| 结构标题 title | X-ray crystal structure of Desulfovibrio vulgaris rubrerythrin with zinc substituted into the [Fe(SCys)4] site and alternative diiron site structures |
| 关键词 keywords | Rubrerythrin, zinc-substituted, diiron four-helix bundle, rubredoxin-like, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 27.82 Å |
| Rg（电子密度） | 26.99 Å |
| 总 Rg | 27.81 Å |
| 原子数 | 6088 |
| 残基数 | 760 |
| 排除体积 | 106960 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d1qyba1 |
| 类 Class class | a — All alpha proteins |
| 折叠类型 Fold fold | a.25 — Ferritin-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | a.25.1 — Ferritin-like |
| 家族 Family family | a.25.1.1 — Ferritin |
| 结构域编号 domain_id | d1qyba2 |
| 类 Class class | g — Small proteins |
| 折叠类型 Fold fold | g.41 — Rubredoxin-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | g.41.5 — Rubredoxin-like |
| 家族 Family family | g.41.5.1 — Rubredoxin |
| 结构域编号 domain_id | 1qybA01 |
| 类 Class class | 1 — Mainly Alpha |
| 架构 Architecture architecture | 20 — Up-down Bundle |
| 拓扑 Topology topology | 1260 — Ferritin |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle |
| 结构域编号 domain_id | 1qybA02 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 20 — Single Sheet |
| 拓扑 Topology topology | 28 — Rubrerythrin, domain 2 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — |