1qzh

Crystal structure of Pot1 (protection of telomere)- ssDNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protection of telomeres protein 1

Schizosaccharomyces pombe

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	telomeric single-stranded DNA × 1 water × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	telomeric single-stranded DNA × 1 water × 2	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	telomeric single-stranded DNA × 1 water × 2	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	telomeric single-stranded DNA × 1 water × 2	与全部聚合物一致
5	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	telomeric single-stranded DNA × 1 water × 2	与全部聚合物一致
6	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	telomeric single-stranded DNA × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POT1_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–187； UniProt 1–185 作者链 B； PDB构建体 3–187； UniProt 1–185 作者链 C； PDB构建体 3–187； UniProt 1–185 作者链 D； PDB构建体 3–187； UniProt 1–185 作者链 E； PDB构建体 3–187； UniProt 1–185 作者链 F； PDB构建体 3–187； UniProt 1–185

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qzh
沉积日期 deposition_date	2003-09-16
结构标题 title	Crystal structure of Pot1 (protection of telomere)- ssDNA complex
关键词 keywords	protein-DNA complex, single-stranded telomeric DNA, DNA Binding Protein-DNA COMPLEX; DNA Binding Protein/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1qzh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1qzh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1qzh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.17 Å
Rg（电子密度）	15.81 Å
总 Rg	16.96 Å
原子数	1486
残基数	176
排除体积	26081 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1qzh__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1qzh__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1qzh__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1qzh__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1qzh__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1qzh__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	telomeric single-stranded DNA
分子量 formula_weight	1824.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	9033

GGTTAC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protection of telomeres protein 1
分子量 formula_weight	21275.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F

GPGGEDVIDSLQLNELLNAGEYKIGELTFQSIRSSQELQKKNTIVNLFGIVKDFTPSRQSLHGTKDWVTTVYLWDPTCDTSSIGLQIHLFSKQGNDLPVIKQVGQPLLLHQITLRSYRDRTQGLSKDQFRYALWPDFSSNSKDTLCPQPMPRLMKTGDKEEQFALLLNKIWDEQTNKHKNGELLSTS

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	173

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1qzha_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

结构域编号 domain_id	d1qzhb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

结构域编号 domain_id	d1qzhc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

结构域编号 domain_id	d1qzhd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

结构域编号 domain_id	d1qzhe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

结构域编号 domain_id	d1qzhf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1qzhA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1qzhB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1qzhC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1qzhD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1qzhE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1qzhF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

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晶胞边长 a length_a	131.614 Å
晶胞边长 b length_b	76.329 Å
晶胞边长 c length_c	140.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2490
R_work r_work	0.2490
R_free r_free	0.2830

Crystal structure of Pot1 (protection of telomere)- ssDNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protection of telomeres protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1qzh__assembly_1__model_1

1qzh__assembly_1__model_1 | I(q)

1qzh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Pot1 (protection of telomere)- ssDNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protection of telomeres protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1qzh__assembly_1__model_1

1qzh__assembly_1__model_1 | I(q)

1qzh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)