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1r0q

Characterization of the conversion of the malformed, recombinant cytochrome rc552 to a 2-formyl-4-vinyl (Spirographis) heme

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 43.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c-552

Thermus thermophilus

UniProt P04164

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 18–148 未记录 HFM 2-FORMYL-PROTOPORPHRYN IX × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；298 K；MPEG 5K, imidazole-malate buffer, NaCl, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 1.61 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1R0Q Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1C52 THERMUS THERMOPHILUS CYTOCHROME-C552: A NEW HIGHLY THERMOSTABLE CYTOCHROME-C STRUCTURE OBTAINED BY MAD PHASING 提交 1997-06-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 18–148（131 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.8 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM TRIS/HCL, PH 8.2
分辨率 1.28 Å R-free 0.224
1FOC Cytochrome C557: improperly folded thermus thermophilus C552 提交 2000-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–148（132 aa）
链 B 17–148（132 aa）
未记录 HEC HEME C × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；297 K；42-46% MPEG 2K (w/v), 0.1M Na cacodylate pH 7.0, 50mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 24K
分辨率 3.00 Å R-free 0.423
1QYZ Characterization of the malformed, recombinant cytochrome rC552 提交 2003-09-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 18–148（131 aa）
未记录 HCO 2-ACETYL-PROTOPORPHYRIN IX × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；298 K；PEG 5K MME, imidazole-malate buffer, NaCl, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.40 Å R-free 0.260
2FWL The cytochrome c552/CuA complex from Thermus thermophilus 提交 2006-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–131（131 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM phosphate buffer；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM cytochrome c552 U-15N, 20mM phosphate buffer, 2mM CuA domain, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.5mM CuA domain U-15N, 20mM phosphate buffer, 2mM cytochrome c552, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
3VNW Crystal structure of cytochrome c552 from Thermus thermophilus at pH 5.44 提交 2012-01-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–131（129 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.44；298 K；0.2M Imidazole-Malate, 42% MPEG 5K, pH 5.44, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.97 Å R-free 0.232

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C552_THETH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–131； UniProt 18–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1r0q

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1r0q
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1r0q
沉积日期 deposition_date2003-09-22
结构标题 titleCharacterization of the conversion of the malformed, recombinant cytochrome rc552 to a 2-formyl-4-vinyl (Spirographis) heme
关键词 keywordsmalformed cytochrome c, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.42 Å
零角强度 I(0) i03870160.00
分子量 molecular_weight14625.0 kDa
排除体积 excluded_volume18645 ų
包络体积 envelope_volume19989 ų
水化壳体积 shell_volume12413 ų
包络直径 envelope_diameter43.7 Å
壳层 Rg shell_rg19.56 Å
包络 Rg envelope_rg13.77 Å
形状 Rg shape_rg13.37 Å
总 Rg total_rg14.89 Å
总原子数 total_atoms1030
残基数 n_residues130
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax43.7 Å
Rg (实空间) rg_real14.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.17 Å
I(0) (实空间) i0_real3.8700e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7520e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3870000.0000
解质量估计 total_estimate0.8192
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.0 Å
偏度 Skewness skewness0.019
峰度 Kurtosis kurtosis-0.408
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1001000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1r0qa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.1 — monodomain cytochrome c

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1r0qA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)