1r4a

Crystal Structure of GTP-bound ADP-ribosylation Factor Like Protein 1 (Arl1) and GRIP Domain of Golgin245 COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 118.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor-like protein 1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 16–180 链 B； UniProt 16–180 链 C； UniProt 16–180 链 D； UniProt 16–180	片段：Arl1 (Residue 16-180)	Golgi autoantigen, golgin subfamily A member 4 × 4 （Q13439） MG MAGNESIUM ION × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARL1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–165； UniProt 16–180 作者链 B； PDB构建体 1–165； UniProt 16–180 作者链 C； PDB构建体 1–165； UniProt 16–180 作者链 D； PDB构建体 1–165； UniProt 16–180

Golgi autoantigen, golgin subfamily A member 4

Homo sapiens

UniProt Q13439

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 2172–2222 链 F； UniProt 2172–2222 链 G； UniProt 2172–2222 链 H； UniProt 2172–2222	片段：GRIP Domain (Residue 2172-2222)	ADP-ribosylation factor-like protein 1 × 4 （P61212） MG MAGNESIUM ION × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1R4A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1UPT Structure of a complex of the golgin-245 GRIP domain with Arl1 提交 2003-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2170–2228（59 aa）片段：GRIP DOMAIN RESIDUES 2170-2228 链 D 2170–2228（59 aa）片段：GRIP DOMAIN RESIDUES 2170-2228	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；GROWTH IN 20% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5. RESERVOIR EXCHANGED FOR 31% PEG 3350, 31% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5, FROZEN IN 31% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5.	分辨率 1.70 Å R-free 0.252
1UPT Structure of a complex of the golgin-245 GRIP domain with Arl1 提交 2003-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 2170–2228（59 aa）片段：GRIP DOMAIN RESIDUES 2170-2228 链 H 2170–2228（59 aa）片段：GRIP DOMAIN RESIDUES 2170-2228	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；GROWTH IN 20% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5. RESERVOIR EXCHANGED FOR 31% PEG 3350, 31% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5, FROZEN IN 31% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5.	分辨率 1.70 Å R-free 0.252

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GOGA4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–51； UniProt 2172–2222 作者链 F； PDB构建体 1–51； UniProt 2172–2222 作者链 G； PDB构建体 1–51； UniProt 2172–2222 作者链 H； PDB构建体 1–51； UniProt 2172–2222

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1r4a
沉积日期 deposition_date	2003-10-04
结构标题 title	Crystal Structure of GTP-bound ADP-ribosylation Factor Like Protein 1 (Arl1) and GRIP Domain of Golgin245 COMPLEX
关键词 keywords	Ras-like G Protein structure, Three-helix GRIP domain, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.96 Å
零角强度 I(0) i0	159977000.00
分子量 molecular_weight	101740.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127650 Å³
包络体积 envelope_volume	174320 Å³
水化壳体积 shell_volume	41728 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.98 Å
包络 Rg envelope_rg	34.90 Å
形状 Rg shape_rg	35.94 Å
总 Rg total_rg	36.41 Å
总原子数 total_atoms	7112
残基数 n_residues	864
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.5 Å
Rg (实空间) rg_real	36.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	160000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8936
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.166
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.593
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.881

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor-like protein 1
分子量 formula_weight	18737.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7380

REMRILILGLDGAGKTTILYRLQVGEVVTTIPTIGFNVETVTYKNLKFQVWDLGGQTSIRPYWRCYYSNTDAVIYVVDSCDRDRIGISKSELVAMLEEEELRKAILVVFANKQDMEQAMTPSEMANALGLPALKDRKWQIFKTSATKGTGLDEAMEWLVETLKSR

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Golgi autoantigen, golgin subfamily A member 4
分子量 formula_weight	6198.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

PTEFEYLRKVLFEYMMGRETKTMAKVITTVLKFPDDQTQKILEREDARLMF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	268

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1r4aa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1r4ab_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1r4ac_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1r4ad_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1r4ae_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.193 — GRIP domain
超家族 Superfamily superfamily	a.193.1 — GRIP domain
家族 Family family	a.193.1.1 — GRIP domain

结构域编号 domain_id	d1r4af_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.193 — GRIP domain
超家族 Superfamily superfamily	a.193.1 — GRIP domain
家族 Family family	a.193.1.1 — GRIP domain

结构域编号 domain_id	d1r4ag_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.193 — GRIP domain
超家族 Superfamily superfamily	a.193.1 — GRIP domain
家族 Family family	a.193.1.1 — GRIP domain

结构域编号 domain_id	d1r4ah_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.193 — GRIP domain
超家族 Superfamily superfamily	a.193.1 — GRIP domain
家族 Family family	a.193.1.1 — GRIP domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1r4aA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1r4aB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1r4aC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1r4aD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1r4aE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — GRIP domain

结构域编号 domain_id	1r4aF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — GRIP domain

结构域编号 domain_id	1r4aG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — GRIP domain

结构域编号 domain_id	1r4aH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — GRIP domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.083 Å
晶胞边长 b length_b	86.924 Å
晶胞边长 c length_c	86.246 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	118.11 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.65 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	95.47 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2508
R_work r_work	0.2463
R_free r_free	0.2601

fit	/app/data/saxs_computation/r4/1r4a/1r4a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r4/1r4a/1r4a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r4/1r4a/1r4a.dat

Crystal Structure of GTP-bound ADP-ribosylation Factor Like Protein 1 (Arl1) and GRIP Domain of Golgin245 COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Golgi autoantigen, golgin subfamily A member 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)