1r4e

Solution structure of the Complex Formed between a Left-Handed Wedge-Shaped Spirocyclic Molecule and Bulged DNA

Method: SOLUTION NMR D_max: 57.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1r4e
沉积日期 deposition_date	2003-10-06
结构标题 title	Solution structure of the Complex Formed between a Left-Handed Wedge-Shaped Spirocyclic Molecule and Bulged DNA
关键词 keywords	Wedge-shaped spirocyclic enantiomer-bulged DNA complex, DNA; DNA
实验方法 method	SOLUTION NMR

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.82 Å
零角强度 I(0) i0	262838000.00
分子量 molecular_weight	84780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84233 Å³
包络体积 envelope_volume	14889 Å³
水化壳体积 shell_volume	8582 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.3 Å
壳层 Rg shell_rg	20.29 Å
包络 Rg envelope_rg	17.52 Å
形状 Rg shape_rg	16.74 Å
总 Rg total_rg	17.01 Å
总原子数 total_atoms	8930
残基数 n_residues	260
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.0 Å
Rg (实空间) rg_real	17.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	262800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8158
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.534
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.396
角度范围 angular_range	— – 0.4750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	111800.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.715; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.566; Smooth: 0.891

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(CPAPCPGPCPAPGPTPTPCPGPGPAPC)-3'
分子量 formula_weight	4265.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8930

CACGCAGTTCGGAC

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(GPTPCPCPGPAPTPGPCPGPTPG)-3'
分子量 formula_weight	3694.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GTCCGATGCGTG

Entity 3 non-polymer

描述 description	;SPIRO[NAPHTHALENE-2(3H),3'(10'H)-PENTALENO[1,2-B]NAPHTHALENE]-3,10'-DIONE, 2'-[(2-AMINO-2-DEOXY-B-D-GULOPYRANOSYL)OXY]-1,1',2',3'A,4,10'A-HEXAHYDRO-,(2'R,3'AS,10'AR)-(9CI) ;
分子量 formula_weight	529.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/r4/1r4e/1r4e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r4/1r4e/1r4e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r4/1r4e/1r4e.dat

Solution structure of the Complex Formed between a Left-Handed Wedge-Shaped Spirocyclic Molecule and Bulged DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)