← 返回搜索
1rei

THE MOLECULAR STRUCTURE OF A DIMER COMPOSED OF THE VARIABLE PORTIONS OF THE BENCE-JONES PROTEIN REI REFINED AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 56.5 Å Quality: EXCELLENT
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BENCE-JONES PROTEIN REI (LIGHT CHAIN)

Homo sapiens

UniProt P01607

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–107 链 B； UniProt 1–107 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1REI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AR2 DISULFIDE-FREE IMMUNOGLOBULIN FRAGMENT 提交 1997-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–107（107 aa） 片段：VARIABLE REGION, LIGHT CHAIN
突变：INS(TP-1D), C25V, Y34H 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；277 K；VAPOUR DIFFUSION AL 4 C FROM A PROTEIN SOLUTION CONTAINING 8 MG/ML IN 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER AL PH 7, USING 2 M AMMONIUM SULFATE IN 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.6, vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.415
1BWW BENCE-JONES IMMUNOGLOBULIN REI VARIABLE PORTION, T39K MUTANT 提交 1998-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–107（107 aa） 片段：IMMUNOGLOBULIN KAPPA LIGHT CHAIN
链 B 1–107（107 aa） 片段：IMMUNOGLOBULIN KAPPA LIGHT CHAIN
突变：T39K 突变：T39K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；20% PEG 8000, 100 MM HEPES PH7 10 MG/ML PROTEIN IN 50 MM PHOSPHATE PH7, pH 7.0
分辨率 1.70 Å R-free 0.221
4L1H Bence-Jones immunoglobulin REI variable portion with seven point mutations 提交 2013-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–107（107 aa）
突变：Q24R,N34A,T39K,Y71F,F73L,I83F,Q105E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.68 Å R-free 0.260
4L1H Bence-Jones immunoglobulin REI variable portion with seven point mutations 提交 2013-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–107（107 aa）
突变：Q24R,N34A,T39K,Y71F,F73L,I83F,Q105E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.68 Å R-free 0.260

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KV1O_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–107； UniProt 1–107 作者链 B； PDB构建体 1–107； UniProt 1–107

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1rei

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1rei
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1rei
沉积日期 deposition_date1976-03-17
结构标题 titleTHE MOLECULAR STRUCTURE OF A DIMER COMPOSED OF THE VARIABLE PORTIONS OF THE BENCE-JONES PROTEIN REI REFINED AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywordsIMMUNOGLOBULIN(PART)SEQUESTERS ANTIGENS; IMMUNOGLOBULIN(PART)SEQUESTERS ANTIGENS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.18 Å
零角强度 I(0) i010046300.00
分子量 molecular_weight23490.0 kDa
排除体积 excluded_volume29296 ų
包络体积 envelope_volume32958 ų
水化壳体积 shell_volume16325 ų
包络直径 envelope_diameter57.5 Å
壳层 Rg shell_rg22.86 Å
包络 Rg envelope_rg17.32 Å
形状 Rg shape_rg17.13 Å
总 Rg total_rg18.20 Å
总原子数 total_atoms1654
残基数 n_residues214
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.5 Å
Rg (实空间) rg_real18.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10050000.0000
解质量估计 total_estimate0.9054
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.9 Å
偏度 Skewness skewness0.213
峰度 Kurtosis kurtosis-0.450
角度范围 angular_range— – 0.4350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3081000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.963
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1reia_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1reib_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1reiA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1reiB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
▶

8. 引用文献 (4)

▶

9. 文件与曲线 (10)