1rew

Structural refinement of the complex of bone morphogenetic protein 2 and its type IA receptor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

bone morphogenetic protein 2

Homo sapiens

UniProt P12643

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 283–396 链 B; UniProt 283–396 片段:mature part bone morphogenetic protein receptor type IA × 2 (P36894) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;280 K;sodium acetate, imidazole, glucose, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K 分辨率 1.86 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BMP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–114; UniProt 283–396 作者链 B; PDB构建体 1–114; UniProt 283–396

bone morphogenetic protein receptor type IA

Homo sapiens

UniProt P36894

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 24–152 链 D; UniProt 24–152 片段:extracellular domain bone morphogenetic protein 2 × 2 (P12643) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;280 K;sodium acetate, imidazole, glucose, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K 分辨率 1.86 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BMR1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 7–135; UniProt 24–152 作者链 D; PDB构建体 7–135; UniProt 24–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1rew

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1rew
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1rew
沉积日期 deposition_date2003-11-07
结构标题 titleStructural refinement of the complex of bone morphogenetic protein 2 and its type IA receptor
关键词 keywordsTGF-beta fold; BRIA-fold; 3-finger toxin fold, HORMONE-GROWTH FACTOR-SIGNALING PROTEIN COMPLEX; HORMONE/GROWTH FACTOR/SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.19
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.86
零角强度 I(0) i033427600.00
分子量 molecular_weight42429.0 kDa
排除体积 excluded_volume52190 ų
包络体积 envelope_volume66072 ų
水化壳体积 shell_volume23521 ų
包络直径 envelope_diameter83.5
壳层 Rg shell_rg30.39
包络 Rg envelope_rg24.03
形状 Rg shape_rg23.89
总 Rg total_rg24.56
总原子数 total_atoms2956
残基数 n_residues381
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.5
Rg (实空间) rg_real24.23
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57
I(0) (实空间) i0_real3.3430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.22
I(0) (倒空间) i0_reciprocal33430000.0000
解质量估计 total_estimate0.8861
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.1
偏度 Skewness skewness0.371
峰度 Kurtosis kurtosis-0.464
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5170000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.987

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1rewa_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta
结构域编号 domain_idd1rewb_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta
结构域编号 domain_idd1rewc_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family familyg.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors
结构域编号 domain_idd1rewd_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family familyg.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1rewA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id1rewB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id1rewC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — CD59
结构域编号 domain_id1rewD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — CD59

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)