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1rin

X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF A PEA LECTIN-TRIMANNOSIDE COMPLEX AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 86.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PEA LECTIN

Pisum sativum

UniProt P02867

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 31–210 链 B； UniProt 218–266 链 C； UniProt 31–210 链 D； UniProt 218–266 未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 31–210 链 B； UniProt 218–266 未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 31–210 链 D； UniProt 218–266 未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1RIN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BQP THE STRUCTURE OF THE PEA LECTIN-D-MANNOPYRANOSE COMPLEX 提交 1998-08-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–211（181 aa） 片段：BETA CHAIN
链 B 218–264（47 aa） 片段：ALPHA CHAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 BMA beta-D-mannopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.188
1BQP THE STRUCTURE OF THE PEA LECTIN-D-MANNOPYRANOSE COMPLEX 提交 1998-08-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 31–211（181 aa） 片段：BETA CHAIN
链 D 218–264（47 aa） 片段：ALPHA CHAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 BMA beta-D-mannopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.188
1BQP THE STRUCTURE OF THE PEA LECTIN-D-MANNOPYRANOSE COMPLEX 提交 1998-08-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–211（181 aa） 片段：BETA CHAIN
链 B 218–264（47 aa） 片段：ALPHA CHAIN
链 C 31–211（181 aa） 片段：BETA CHAIN
链 D 218–264（47 aa） 片段：ALPHA CHAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 BMA beta-D-mannopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.188
1HKD Structure of pea lectin in complex with alpha-methyl-D-glucopyranoside 提交 2003-03-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–211（181 aa） 片段：RESIDUES 31-211
链 B 218–269（52 aa） 片段：RESIDUES 218-269
链 C 31–211（181 aa） 片段：RESIDUES 31-211
链 D 218–269（52 aa） 片段：RESIDUES 218-269
未记录 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 GYP methyl alpha-D-glucopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；1.7 M AMMONIUM SULFATE, 10% (V/V) ETHANOL, pH 7.00
分辨率 2.09 Å R-free 0.209
1OFS Pea lectin-sucrose complex 提交 2003-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–217（187 aa） 片段：RESIDUES 31-217
链 B 218–265（48 aa） 片段：RESIDUES 218-265
链 C 31–217（187 aa） 片段：RESIDUES 31-217
链 D 218–265（48 aa） 片段：RESIDUES 218-265
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES PH 6.5, 12% (W/V) PEG 20K, 8% (V/V) ETOH, 40 MM SUCROSE; CRYOSOLUTION: 0.1 M MES PH 6.5, 17% PEG 20K, 60% (V/V) ETOH, 25 MM SUCROSE
分辨率 1.80 Å R-free 0.207
2BQP THE STRUCTURE OF THE PEA LECTIN-D-GLUCOPYRANOSE COMPLEX 提交 1998-12-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–264（234 aa）
链 B 31–264（234 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.188
2LTN DESIGN, EXPRESSION, AND CRYSTALLIZATION OF RECOMBINANT LECTIN FROM THE GARDEN PEA (PISUM SATIVUM) 提交 1990-06-26 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–211（181 aa）
链 B 218–269（52 aa）
链 C 31–211（181 aa）
链 D 218–269（52 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
2LTN DESIGN, EXPRESSION, AND CRYSTALLIZATION OF RECOMBINANT LECTIN FROM THE GARDEN PEA (PISUM SATIVUM) 提交 1990-06-26 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 31–211（181 aa）
链 D 218–269（52 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
2LTN DESIGN, EXPRESSION, AND CRYSTALLIZATION OF RECOMBINANT LECTIN FROM THE GARDEN PEA (PISUM SATIVUM) 提交 1990-06-26 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–211（181 aa）
链 B 218–269（52 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
5T7P Crystal structure of Pisum arvense lectin (PAL) complexed with X-Man 提交 2016-09-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–266（236 aa） 片段：UNP residues 31-266
链 B 31–266（236 aa） 片段：UNP residues 31-266
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 XMM 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100 mM HEPES pH 6.8, 20% PEG 8000, 200 mM Magnesium acetate tetrahydrate
分辨率 2.16 Å R-free 0.221

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LEC_PEA
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–180； UniProt 31–210 作者链 C； PDB构建体 1–180； UniProt 31–210 作者链 B； PDB构建体 1–49； UniProt 218–266 作者链 D； PDB构建体 1–49； UniProt 218–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1rin

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1rin
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1rin
沉积日期 deposition_date1993-01-27
结构标题 titleX-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF A PEA LECTIN-TRIMANNOSIDE COMPLEX AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywordsLECTIN; LECTIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.87 Å
零角强度 I(0) i041868300.00
分子量 molecular_weight50782.0 kDa
排除体积 excluded_volume63662 ų
包络体积 envelope_volume73094 ų
水化壳体积 shell_volume25277 ų
包络直径 envelope_diameter89.0 Å
壳层 Rg shell_rg31.21 Å
包络 Rg envelope_rg25.05 Å
形状 Rg shape_rg24.83 Å
总 Rg total_rg25.71 Å
总原子数 total_atoms3591
残基数 n_residues456
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.5 Å
Rg (实空间) rg_real25.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real4.1870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal41870000.0000
解质量估计 total_estimate0.8696
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.5 Å
偏度 Skewness skewness0.466
峰度 Kurtosis kurtosis-0.356
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7383000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.815; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.911; Smooth: 0.944
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1rin.1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.1 — Legume lectins
结构域编号 domain_idd1rin.2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.1 — Legume lectins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1rinA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id1rinC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)