SAXSdb — 1rju

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Metallothionein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 V； UniProt 13–48	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；250 mM KH2PO4, 1mM LiBr, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.44 Å R-free 0.171

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1RJU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AOO AG-SUBSTITUTED METALLOTHIONEIN FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-07-08	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–48（40 aa）	未记录	AG SILVER ION × 7	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；283 K	分辨率未提供
1AQQ AG-SUBSTITUTED METALLOTHIONEIN FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE, NMR, 10 STRUCTURES 提交 1997-07-31	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–48（40 aa）	未记录	AG SILVER ION × 7	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；283 K	分辨率未提供
1AQR CU-METALLOTHIONEIN FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-07-31	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–48（40 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 7	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；283 K	分辨率未提供
1AQS CU-METALLOTHIONEIN FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE, NMR, 10 STRUCTURES 提交 1997-07-31	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–61（53 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 7	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；283 K	分辨率未提供
1FMY HIGH RESOLUTION SOLUTION STRUCTURE OF THE PROTEIN PART OF CU7 METALLOTHIONEIN 提交 2000-08-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–48（40 aa）片段：RESIDUES 9 TO 48	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；283 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 normal NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 normal NMR样品组成 5mM unenrich metallothionein; 18mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O;pH=6.5; 0.03% beta-mercaptoethanol \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTCU_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–36； UniProt 13–48

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rju
沉积日期 deposition_date	2003-11-20
结构标题 title	Crystal structure of a truncated form of yeast copper thionein
关键词 keywords	Yeast Cu(I) metallothionein, Cu(I) metallothionein fragments, Cu(I)-thiolate, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	8.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	8.26 Å
零角强度 I(0) i0	863338.00
分子量 molecular_weight	4351.0 kDa
排除体积 excluded_volume	4553 Å³
包络体积 envelope_volume	5083 Å³
水化壳体积 shell_volume	5365 Å³
包络直径 envelope_diameter	31.7 Å
壳层 Rg shell_rg	13.48 Å
包络 Rg envelope_rg	9.15 Å
形状 Rg shape_rg	8.65 Å
总 Rg total_rg	8.96 Å
总原子数 total_atoms	265
残基数 n_residues	36
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	33.6 Å
Rg (实空间) rg_real	8.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6330e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3160e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	8.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	863300.0000
解质量估计 total_estimate	0.8102
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	10.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.468
峰度 Kurtosis kurtosis	0.066
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21700.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.628; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.719; Smooth: 0.924

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1rjuv_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.46 — Metallothionein
超家族 Superfamily superfamily	g.46.1 — Metallothionein
家族 Family family	g.46.1.1 — Metallothionein

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	62.167 Å
晶胞边长 b length_b	62.167 Å
晶胞边长 c length_c	62.167 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 43 3 2
空间群编号 int_tables_number	212
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.440 Å
最低分辨率 resolution_low	27.840 Å
R 因子 r_factor	0.1469
R_work r_work	0.1448
R_free r_free	0.1707

描述 description	Metallothionein
分子量 formula_weight	3847.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V
原子数 atom_count	302

Crystal structure of a truncated form of yeast copper thionein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Metallothionein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	COPPER (I) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	37

fit	/app/data/saxs_computation/rj/1rju/1rju.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rj/1rju/1rju.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rj/1rju/1rju.dat