SAXSdb — 1rmg

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rmg
沉积日期 deposition_date	1997-02-26
结构标题 title	RHAMNOGALACTURONASE A FROM ASPERGILLUS ACULEATUS
关键词 keywords	HYDROLASE, INVERTING, PARALLEL BETA-HELIX, GLYCOSIDASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.42 Å
零角强度 I(0) i0	41669700.00
分子量 molecular_weight	48552.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60058 Å³
包络体积 envelope_volume	68043 Å³
水化壳体积 shell_volume	25400 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.0 Å
壳层 Rg shell_rg	29.55 Å
包络 Rg envelope_rg	22.67 Å
形状 Rg shape_rg	22.38 Å
总 Rg total_rg	23.34 Å
总原子数 total_atoms	3399
残基数 n_residues	422
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.2 Å
Rg (实空间) rg_real	23.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8846
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.367
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.237
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5496000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.987

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	RHAMNOGALACTURONASE A
分子量 formula_weight	44189.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3576

QLSGSVGPLTSASTKGATKTCNILSYGAVADNSTDVGPAITSAWAACKSGGLVYIPSGNYALNTWVTLTGGSATAIQLDGIIYRTGTASGNMIAVTDTTDFELFSSTSKGAVQGFGYVYHAEGTYGARILRLTDVTHFSVHDIILVDAPAFHFTMDTCSDGEVYNMAIRGGNEGGLDGIDVWGSNIWVHDVEVTNKDECVTVKSPANNILVESIYCNWSGGCAMGSLGADTDVTDIVYRNVYTWSSNQMYMIKSNGGSGTVSNVLLENFIGHGNAYSLDIDGYWSSMTAVAGDGVQLNNITVKNWKGTEANGATRPPIRVVCSDTAPCTDLTLEDIAIWTESGSSELYLCRSAYGSGYCLKDSSSHTSYTTTSTVTAAPSGYSATTMAADLATAFGLTASIPIPTIPTSFYPGLTPYSALAG

来源 Source

来源生物 organism	Aspergillus aculeatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5053
宿主生物 host_organism	Aspergillus oryzae

Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

Entity 5 non-polymer

描述 description	beta-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	177

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1rmga_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.80.1 — Pectin lyase-like
家族 Family family	b.80.1.3 — Galacturonase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1rmgA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	62.900 Å
晶胞边长 b length_b	125.400 Å
晶胞边长 c length_c	137.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1740
R_work r_work	0.1740
R_free r_free	0.2140

fit	/app/data/saxs_computation/rm/1rmg/1rmg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rm/1rmg/1rmg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rm/1rmg/1rmg.dat

RHAMNOGALACTURONASE A FROM ASPERGILLUS ACULEATUS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution