1rrk

Crystal Structure Analysis of the Bb segment of Factor B

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement factor B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 243–764	片段：COMPLEMENT FACTOR B BB FRAGMENT 突变：F428C, N435C, C267V	IOD IODIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 7 CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEGMME 2000, NaI, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1RRK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DLE FACTOR B SERINE PROTEASE DOMAIN 提交 1999-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 470–764（295 aa）片段：SERINE PROTEASE DOMAIN 链 B 470–764（295 aa）片段：SERINE PROTEASE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG-1000, MES, TRIS, SODIUM CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
1Q0P A domain of Factor B 提交 2003-07-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 254–476（223 aa）片段：sequence database residues 254-476	突变：C267S	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% Jeffamine, 0.05M Ceseium Chloride, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.259
1RS0 Crystal Structure Analysis of the Bb segment of Factor B complexed with Di-isopropyl-phosphate (DIP) 提交 2003-12-09	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 268–764（497 aa）片段：COMPLEMENT FACTOR B BB FRAGMENT	突变：F428C, N435C, C267V	IOD IODIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEGMME 2000, NaI, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.251
1RTK Crystal Structure Analysis of the Bb segment of Factor B complexed with 4-guanidinobenzoic acid 提交 2003-12-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 268–764（497 aa）片段：COMPLEMENT FACTOR B BB FRAGMENT	突变：F428C, N435C, C267V	IOD IODIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEGMME 2000, NaI, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
2OK5 Human Complement factor B 提交 2007-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–764（739 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG 1500, 0.02 M Malic acid, 0.04 M MES, 0.04 M TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.241
2WIN C3 convertase (C3bBb) stabilized by SCIN 提交 2009-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 J 260–764（505 aa）片段：COMPLEMENT FACTOR B BB FRAGMENT, RESIDUES 260-764 链 L 260–764（505 aa）片段：COMPLEMENT FACTOR B BB FRAGMENT, RESIDUES 260-764	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 BMA beta-D-mannopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；75 MM SODIUM/POTASSIUM TARTRATE, 8.0% PEG 3350, 50 MM BIS-TRIS PROPANE, PH 6.5	分辨率 3.90 Å R-free 0.268
2WIN C3 convertase (C3bBb) stabilized by SCIN 提交 2009-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 I 260–764（505 aa）片段：COMPLEMENT FACTOR B BB FRAGMENT, RESIDUES 260-764 链 K 260–764（505 aa）片段：COMPLEMENT FACTOR B BB FRAGMENT, RESIDUES 260-764	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；75 MM SODIUM/POTASSIUM TARTRATE, 8.0% PEG 3350, 50 MM BIS-TRIS PROPANE, PH 6.5	分辨率 3.90 Å R-free 0.268
2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 35–764（730 aa）片段：RESIDUES 35-764	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；PH 7.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.244
2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 35–764（730 aa）片段：RESIDUES 35-764	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；PH 7.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.244
2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 35–764（730 aa）片段：RESIDUES 35-764	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；PH 7.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.244
2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 35–764（730 aa）片段：RESIDUES 35-764	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；PH 7.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.244
2XWJ Crystal Structure of Complement C3b in Complex with Factor B 提交 2010-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 26–764（739 aa）片段：COMPLEMENT FACTOR B	突变：YES	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4.0	分辨率 4.00 Å R-free 0.281
2XWJ Crystal Structure of Complement C3b in Complex with Factor B 提交 2010-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 26–764（739 aa）片段：COMPLEMENT FACTOR B	突变：YES	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4.0	分辨率 4.00 Å R-free 0.281
2XWJ Crystal Structure of Complement C3b in Complex with Factor B 提交 2010-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 26–764（739 aa）片段：COMPLEMENT FACTOR B	突变：YES	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4.0	分辨率 4.00 Å R-free 0.281
2XWJ Crystal Structure of Complement C3b in Complex with Factor B 提交 2010-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 26–764（739 aa）片段：COMPLEMENT FACTOR B	突变：YES	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4.0	分辨率 4.00 Å R-free 0.281
3HRZ Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B 提交 2009-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 26–764（739 aa）片段：residues 26-764	突变：D279G,N285D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 3350, PEG 400, Na/K Phosphate, Bis-Tris propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.226
3HS0 Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B 提交 2009-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 26–764（739 aa）片段：residues 26-764	突变：D279G,N285D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；PEG 1500, 2,3 butanediol, malic acid 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid tris (hydroxymethyl)aminomethane buffer (MMT), pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.243
3HS0 Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B 提交 2009-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 26–764（739 aa）片段：residues 26-764	突变：D279G,N285D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；PEG 1500, 2,3 butanediol, malic acid 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid tris (hydroxymethyl)aminomethane buffer (MMT), pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.243
3HS0 Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B 提交 2009-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 26–764（739 aa）片段：residues 26-764 链 I 26–764（739 aa）片段：residues 26-764	突变：D279G,N285D 突变：D279G,N285D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；PEG 1500, 2,3 butanediol, malic acid 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid tris (hydroxymethyl)aminomethane buffer (MMT), pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.243
6QSW Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor N-(2-bromo-4-methylnaphthalen-1-yl)-4,5-dihydro-1H-imidazol-2-amine. 提交 2019-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 474–764（291 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 JGT ~{N}-(2-bromanyl-4-methyl-naphthalen-1-yl)-4,5-dihydro-1~{H}-imidazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2 mM inhibitor	分辨率 1.64 Å R-free 0.188
6QSW Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor N-(2-bromo-4-methylnaphthalen-1-yl)-4,5-dihydro-1H-imidazol-2-amine. 提交 2019-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 BBB 474–764（291 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 JGT ~{N}-(2-bromanyl-4-methyl-naphthalen-1-yl)-4,5-dihydro-1~{H}-imidazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2 mM inhibitor	分辨率 1.64 Å R-free 0.188
6QSW Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor N-(2-bromo-4-methylnaphthalen-1-yl)-4,5-dihydro-1H-imidazol-2-amine. 提交 2019-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 CCC 474–764（291 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 JGT ~{N}-(2-bromanyl-4-methyl-naphthalen-1-yl)-4,5-dihydro-1~{H}-imidazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2 mM inhibitor	分辨率 1.64 Å R-free 0.188
6QSX Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor ((2S,4S)-1-((5,7-dimethyl-1H-indol-4-yl)methyl)-4-methoxypiperidin-2-yl)methanol. 提交 2019-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 474–764（291 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 JGN [(2~{S},4~{S})-1-[(5,7-dimethyl-1~{H}-indol-4-yl)methyl]-4-methoxy-piperidin-2-yl]methanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 mM sodium acetate (pH 4.6), 2 mM inhibitor	分辨率 1.77 Å R-free 0.220
6QSX Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor ((2S,4S)-1-((5,7-dimethyl-1H-indol-4-yl)methyl)-4-methoxypiperidin-2-yl)methanol. 提交 2019-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 BBB 474–764（291 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 JGN [(2~{S},4~{S})-1-[(5,7-dimethyl-1~{H}-indol-4-yl)methyl]-4-methoxy-piperidin-2-yl]methanol × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 mM sodium acetate (pH 4.6), 2 mM inhibitor	分辨率 1.77 Å R-free 0.220
6RAV Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor 4-((2S,4S)-4-ethoxy-1-((5-methoxy-7-methyl-1H-indol-4-yl)methyl)piperidin-2-yl)benzoic acid 提交 2019-04-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 474–764（291 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 JGQ 4-[(2~{S},4~{S})-4-ethoxy-1-[(5-methoxy-7-methyl-1~{H}-indol-4-yl)methyl]piperidin-2-yl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；24 % (w/v) PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 2mM inhibitor	分辨率 1.70 Å R-free 0.227
6RAV Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor 4-((2S,4S)-4-ethoxy-1-((5-methoxy-7-methyl-1H-indol-4-yl)methyl)piperidin-2-yl)benzoic acid 提交 2019-04-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 BBB 474–764（291 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 JGQ 4-[(2~{S},4~{S})-4-ethoxy-1-[(5-methoxy-7-methyl-1~{H}-indol-4-yl)methyl]piperidin-2-yl]benzoic acid × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；24 % (w/v) PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 2mM inhibitor	分辨率 1.70 Å R-free 0.227
6RUR Structure of the SCIN stabilized C3bBb convertase bound to properdin 提交 2019-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 260–764（505 aa）链 L 260–764（505 aa）	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 18 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM MgAcetate 50 mM Mes 6.5 5 % w/v PEG 10K	分辨率 6.00 Å R-free 0.272
6RUV Structure of the SCIN stabilized C3bBb convertase bound to Properdin and a the non-inhibitory nanobody hFPNb1 提交 2019-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 J 260–764（505 aa）链 L 260–764（505 aa）	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 21 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；277 K；100 mM NaCl, 5 % (w/v) PEG4000, 10 mM MgCl2, 100 mM Sodium Cacodylate trihydrate pH 5.8.	分辨率 6.15 Å R-free 0.271
6T8U Complement factor B in complex with 5-Bromo-3-chloro-N-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-7-methyl-1H-indol-4-amine 提交 2019-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 474–764（291 aa）	未记录	MVZ 5-bromanyl-3-chloranyl-~{N}-(1~{H}-imidazol-2-yl)-7-methyl-1~{H}-indol-4-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.4M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6	分辨率 2.84 Å R-free 0.239
6T8U Complement factor B in complex with 5-Bromo-3-chloro-N-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-7-methyl-1H-indol-4-amine 提交 2019-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 BBB 474–764（291 aa）	未记录	MVZ 5-bromanyl-3-chloranyl-~{N}-(1~{H}-imidazol-2-yl)-7-methyl-1~{H}-indol-4-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.4M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6	分辨率 2.84 Å R-free 0.239
6T8U Complement factor B in complex with 5-Bromo-3-chloro-N-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-7-methyl-1H-indol-4-amine 提交 2019-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 CCC 474–764（291 aa）	未记录	MVZ 5-bromanyl-3-chloranyl-~{N}-(1~{H}-imidazol-2-yl)-7-methyl-1~{H}-indol-4-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.4M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6	分辨率 2.84 Å R-free 0.239
6T8V Complement factor B in complex with (S)-5,7-Dimethyl-4-((2-phenylpiperidin-1-yl)methyl)-1H-indole 提交 2019-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 474–764（291 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 MVK 4-[(2~{S})-1-[(5,7-dimethyl-1~{H}-indol-4-yl)methyl]piperidin-2-yl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；25% PEG3350, 0.1M HEPES PH 7.5, 5 mM inhibitor	分辨率 2.29 Å R-free 0.254
6T8V Complement factor B in complex with (S)-5,7-Dimethyl-4-((2-phenylpiperidin-1-yl)methyl)-1H-indole 提交 2019-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 BBB 474–764（291 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 MVK 4-[(2~{S})-1-[(5,7-dimethyl-1~{H}-indol-4-yl)methyl]piperidin-2-yl]benzoic acid × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；25% PEG3350, 0.1M HEPES PH 7.5, 5 mM inhibitor	分辨率 2.29 Å R-free 0.254
6T8W Complement factor B in complex with (-)-4-(1-((5,7-Dimethyl-1H-indol-4-yl)methyl)piperidin-2-yl)benzoic acid 提交 2019-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 474–764（291 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 MVW 5,7-dimethyl-4-[[(2~{S})-2-phenylpiperidin-1-yl]methyl]-1~{H}-indole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；25% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1 MM ZNCL2, 1 mM inhibitor	分辨率 1.70 Å R-free 0.238
6T8W Complement factor B in complex with (-)-4-(1-((5,7-Dimethyl-1H-indol-4-yl)methyl)piperidin-2-yl)benzoic acid 提交 2019-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 BBB 474–764（291 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 MVW 5,7-dimethyl-4-[[(2~{S})-2-phenylpiperidin-1-yl]methyl]-1~{H}-indole × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；25% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1 MM ZNCL2, 1 mM inhibitor	分辨率 1.70 Å R-free 0.238
7JTN Human Complement Factor B Inhibited by a Slow Off-Rate Modified Aptamer of 29 Bases 提交 2020-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–764（764 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M bis-tris, 0.2 M ammonium acetate, 25% peg-3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.241
7JTN Human Complement Factor B Inhibited by a Slow Off-Rate Modified Aptamer of 29 Bases 提交 2020-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 C 1–764（764 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M bis-tris, 0.2 M ammonium acetate, 25% peg-3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.241
7JTQ Human Complement Factor B Inhibited by a Slow Off-Rate Modified Aptamer of 31 Bases 提交 2020-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–764（764 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.2 M ammonium acetate, 25% (w/v) peg-3350	分辨率 3.50 Å R-free 0.257
7JTQ Human Complement Factor B Inhibited by a Slow Off-Rate Modified Aptamer of 31 Bases 提交 2020-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 C 1–764（764 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.2 M ammonium acetate, 25% (w/v) peg-3350	分辨率 3.50 Å R-free 0.257
7NOZ Structure of the nanobody stablized properdin bound alternative pathway proconvertase C3b:FB:FP 提交 2021-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 35–764（730 aa）	突变：D279G	MAN alpha-D-mannopyranose × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M Na-acetate pH 5.3, 0.1 M Mg-formate,7% PEG5000 MME	分辨率 3.90 Å R-free 0.265
8ENU Structure of the C3bB proconvertase in complex with lufaxin 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–764（763 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
8EOK Structure of the C3bB proconvertase in complex with lufaxin and factor Xa 提交 2022-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 2–764（763 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.53 Å
8UIN Structure of the C3bBb-albicin complex 提交 2023-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 J 260–487（228 aa）链 X 260–487（228 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；10 mM Hepes pH 7.4, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.86 Å
9U62 AP pathways C3 convertase C3bBbP and C3 complex 提交 2025-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 260–764（505 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 NI NICKEL (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 25 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CFAB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–497； UniProt 243–764

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rrk
沉积日期 deposition_date	2003-12-08
结构标题 title	Crystal Structure Analysis of the Bb segment of Factor B
关键词 keywords	factor B, Bb, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.76 Å
零角强度 I(0) i0	47082700.00
分子量 molecular_weight	53643.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67156 Å³
包络体积 envelope_volume	81941 Å³
水化壳体积 shell_volume	26458 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.89 Å
包络 Rg envelope_rg	26.74 Å
形状 Rg shape_rg	26.79 Å
总 Rg total_rg	27.35 Å
总原子数 total_atoms	3750
残基数 n_residues	480
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.4 Å
Rg (实空间) rg_real	27.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.8370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47080000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8694
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.440
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.471
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8814000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.813; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.929; Smooth: 0.929

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Complement factor B
分子量 formula_weight	56246.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.47
突变 mutation	F428C, N435C, C267V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4010

SMNIYLVLDGSDSIGASNFTGAKKVLVNLIEKVASYGVKPRYGLVTYATYPKIWVKVSEADSSNADWVTKQLNEINYEDHKLKSGTNTKKALQAVYSMMSWPDDVPPEGWNRTRHVIILMTDGLHNMGGDPITVIDEIRDLLYIGKDRKNPREDYLDVYVFGVGPLVNQVNINALASKKDNEQHVCKVKDMECLEDVFYQMIDESQSLSLCGMVWEHRKGTDYHKQPWQAKISVIRPSKGHESCMGAVVSEYFVLTAAHCFTVDDKEHSIKVSVGGEKRDLEIEVVLFHPNYNINGKKEAGIPEFYDYDVALIKLKNKLKYGQTIRPICLPCTEGTTRALRLPPTTTCQQQKEELLPAQDIKALFVSEEEKKLTRKEVYIKNGDKKGSCERDAQYAPGYDKVKDISEVVTPRFLCTGGVSPYADPNTCRGDSGGPLIVHKRSRFIQVGVISWGVVDVCKNQKRQKQVPAHARDFHINLFQVLPWLKEKLQDEDLGFL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	260

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1rrka1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1rrka2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1rrkA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	1rrkA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1rrkA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.980 Å
晶胞边长 b length_b	98.980 Å
晶胞边长 c length_c	126.428 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.670 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2450

fit	/app/data/saxs_computation/rr/1rrk/1rrk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rr/1rrk/1rrk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rr/1rrk/1rrk.dat