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1ru1

CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX OF E. COLI HPPK(V83G/DEL84-89) WITH MGAMPCPP AND 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN AT 1.40 ANGSTROM RESOLUTION (MONOCLINIC FORM)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase

Escherichia coli

UniProt P26281

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 MAGNESIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 1 DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 2-AMINO-6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDRO-3H-PTERIDIN-4-ONE × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 MAGNESIUM ION × 2 DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 2-AMINO-6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDRO-3H-PTERIDIN-4-ONE × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1dy3 1eq0 1eqm 1ex8 1f9h 1g4c 1g4c 1hka 1hq2 1im6 1kbr 1q0n

共 68 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
3ip0

共 1 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HPPK_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–152； UniProt 1–158 作者链 B； PDB构建体 1–152； UniProt 1–158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ru1
沉积日期 deposition_date2003-12-10
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX OF E. COLI HPPK(V83G/DEL84-89) WITH MGAMPCPP AND 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN AT 1.40 ANGSTROM RESOLUTION (MONOCLINIC FORM)
关键词 keywords;PYROPHOSPHOKINASE, PYROPHOSPHORYL TRANSFER, FOLATE, HPPK, PTERIN, 6-HYDROXYMETHYL-7, 8-DIHYDROPTERIN, ANTIMICROBIAL AGENT, DRUG DESIGN, DELETION MUTANT, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ru1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ru1__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ru1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）15.79 Å
Rg（电子密度）14.50 Å
总 Rg15.60 Å
原子数1193
残基数143
排除体积21184 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1ru1__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1ru1__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1ru1a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.30 — 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase, HPPK
家族 Family familyd.58.30.1 — 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase, HPPK
结构域编号 domain_idd1ru1b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.30 — 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase, HPPK
家族 Family familyd.58.30.1 — 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase, HPPK

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1ru1A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily560 — 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK
结构域编号 domain_id1ru1B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily560 — 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK
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7. 引用文献 (4)