1ruy

1930 Swine H1 Hemagglutinin

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hemagglutinin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	hemagglutinin × 3 （P88836） 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 5 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q82500_9INFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 5–326； UniProt 18–339 作者链 J； PDB构建体 5–326； UniProt 18–339 作者链 L； PDB构建体 5–326； UniProt 18–339

hemagglutinin

物种未注明

UniProt P88836

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	hemagglutinin × 3 （Q82500） 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 5 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P88836_9INFA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–160； UniProt 345–504 作者链 K； PDB构建体 1–160； UniProt 345–504 作者链 M； PDB构建体 1–160； UniProt 345–504

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ruy
沉积日期 deposition_date	2003-12-12
结构标题 title	1930 Swine H1 Hemagglutinin
关键词 keywords	Hemagglutinin, INFLUENZA A VIRUS, Viral Protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ruy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ruy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ruy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.38 Å
Rg（电子密度）	40.84 Å
总 Rg	41.01 Å
原子数	11532
残基数	1452
排除体积	203020 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ruy__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	hemagglutinin
分子量 formula_weight	36120.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,J,L
原子数 atom_count	11966

ADADDTLCIGYHANNSTDTVDTVLEKNVTVTHSVNLLEDSHNGKLCRLGGIAPLQLGKCNIAGWLLGNPECDLLLTVSSWSYIVETPNSDNGTCYPGDFIDYEELREQLSSVSSFERFEIFPKTSSWPNHNTNKGVTAACPYAGASSFYRNLLWLVKKGNSYPKLSKSYVNNKGKEVLVLWGVHHPPTSTDQQNLYQNADAYVSVGSSKYNRRFTPEIAARPKVRGQAGRMNYYWTLLEPGDTITFEATGNLVAPRYAFALNRGSGSGIIISNAPVHDCNTKCQTPHGAINSSLPFQNIHPVTIGECPKYVKSTKLRMATGLRNIPAR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	hemagglutinin
分子量 formula_weight	18223.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,K,M

GLFGAIAGFIEGGWTGLIDGWYGYHHQNEQGSGYAADQKSTQNAIDGITNKVNSVIEKMNTQFTAVGKEFNKLEKRIENLNNKVDDGFLDIWTYNAELLVLLENERTLDFHDSNVKNLYEKVRSQLKNNAKEIGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYP

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	434

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1ruyh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.2 — Influenza hemagglutinin headpiece

结构域编号 domain_id	d1ruyi_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)
家族 Family family	h.3.1.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)

结构域编号 domain_id	d1ruyj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.2 — Influenza hemagglutinin headpiece

结构域编号 domain_id	d1ruyk_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)
家族 Family family	h.3.1.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)

结构域编号 domain_id	d1ruyl_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.2 — Influenza hemagglutinin headpiece

结构域编号 domain_id	d1ruym_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)
家族 Family family	h.3.1.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	1ruyH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	77 — Hemagglutinin; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hemagglutinin Chain A, Domain 2

结构域编号 domain_id	1ruyH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	209 — Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain

结构域编号 domain_id	1ruyI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1ruyJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	77 — Hemagglutinin; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hemagglutinin Chain A, Domain 2

结构域编号 domain_id	1ruyJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	209 — Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain

结构域编号 domain_id	1ruyK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1ruyL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	77 — Hemagglutinin; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hemagglutinin Chain A, Domain 2

结构域编号 domain_id	1ruyL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	209 — Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain

结构域编号 domain_id	1ruyM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

▶

晶胞边长 a length_a	203.106 Å
晶胞边长 b length_b	83.279 Å
晶胞边长 c length_c	178.234 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2480
R_work r_work	0.2480
R_free r_free	0.2650

1930 Swine H1 Hemagglutinin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hemagglutinin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

hemagglutinin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ruy__assembly_1__model_1

1ruy__assembly_1__model_1 | I(q)

1ruy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

1930 Swine H1 Hemagglutinin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hemagglutinin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

hemagglutinin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ruy__assembly_1__model_1

1ruy__assembly_1__model_1 | I(q)

1ruy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)