1rvf

FAB COMPLEXED WITH INTACT HUMAN RHINOVIRUS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN RHINOVIRUS 14 COAT PROTEIN

物种未注明

UniProt P03303

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 360 PDB 声明:360-MERIC(360) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 567–855 链 2; UniProt 69–330 链 3; UniProt 331–566 链 4; UniProt 1–68 未记录 FAB 17-IA × 60 FAB 17-IA × 60 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;pH 7.5 分辨率 4.00 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 567–855 链 2; UniProt 69–330 链 3; UniProt 331–566 链 4; UniProt 1–68 未记录 FAB 17-IA × 1 FAB 17-IA × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;pH 7.5 分辨率 4.00 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 567–855 链 2; UniProt 69–330 链 3; UniProt 331–566 链 4; UniProt 1–68 未记录 FAB 17-IA × 5 FAB 17-IA × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;pH 7.5 分辨率 4.00 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric(36) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 567–855 链 2; UniProt 69–330 链 3; UniProt 331–566 链 4; UniProt 1–68 未记录 FAB 17-IA × 6 FAB 17-IA × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;pH 7.5 分辨率 4.00 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 567–855 链 2; UniProt 69–330 链 3; UniProt 331–566 链 4; UniProt 1–68 未记录 FAB 17-IA × 1 FAB 17-IA × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;pH 7.5 分辨率 4.00 Å
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 120 PDB 声明:120-MERIC(120) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 567–855 链 2; UniProt 69–330 链 3; UniProt 331–566 链 4; UniProt 1–68 未记录 FAB 17-IA × 20 FAB 17-IA × 20 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;pH 7.5 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、235 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_HRV14
Isoform
PDB实体 1, 2, 3, 4
链与序列区间 作者链 1; PDB构建体 1–289; UniProt 567–855 作者链 2; PDB构建体 1–262; UniProt 69–330 作者链 3; PDB构建体 1–236; UniProt 331–566 作者链 4; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1rvf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1rvf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1rvf
沉积日期 deposition_date1996-09-05
结构标题 titleFAB COMPLEXED WITH INTACT HUMAN RHINOVIRUS
关键词 keywords;POLYPROTEIN, COAT PROTEIN, CORE PROTEIN, RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE, HYDROLASE, THIOL PROTEASE, MYRISTYLATION, COMPLEX (COAT PROTEIN-IMMUNOGLOBULIN), Icosahedral virus, Virus-Immune system COMPLEX ;; Virus/Immune system
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.61
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.96
零角强度 I(0) i0201513000.00
分子量 molecular_weight113860.0 kDa
排除体积 excluded_volume142390 ų
包络体积 envelope_volume175660 ų
水化壳体积 shell_volume44698 ų
包络直径 envelope_diameter122.1
壳层 Rg shell_rg39.52
包络 Rg envelope_rg33.23
形状 Rg shape_rg32.94
总 Rg total_rg33.51
总原子数 total_atoms8019
残基数 n_residues1027
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.2
Rg (实空间) rg_real33.64
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.93
I(0) (实空间) i0_real2.0150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.62
I(0) (倒空间) i0_reciprocal201500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8727
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.8
偏度 Skewness skewness0.405
峰度 Kurtosis kurtosis-0.238
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha36280000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.931

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1rvf.1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd1rvf1_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd1rvf3_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd1rvfh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1rvfl_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1rvf100
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id1rvf200
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id1rvf300
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id1rvf400
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Picornavirus coat protein VP4
结构域编号 domain_id1rvfH00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1rvfL00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)