SAXSdb — 1rvu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic

Oryctolagus cuniculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–483 链 B； UniProt 1–483	突变：E75Q	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；PEG 4000, KCl, KMES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1RVU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CJ0 CRYSTAL STRUCTURE OF RABBIT CYTOSOLIC SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE AT 2.8 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1999-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 14–485（472 aa）链 B 14–485（472 aa）	突变：N5Q 突变：N5Q	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；20MM K2HPO4, KH2PO4, 25MM POTASIUM MES OR SODIUM HEPES, PH 7.0 0.2 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 3% PEG 400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.80 Å R-free 0.280
1RV3 E75L MUTANT OF RABBIT CYTOSOLIC SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE, COMPLEX WITH GLYCINE 提交 2003-12-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–483（483 aa）链 B 1–483（483 aa）	突变：E75L 突变：E75L	PO4 PHOSPHATE ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 GLY GLYCINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 8000, KCl, potassium phosphate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.40 Å R-free 0.255
1RV4 E75L MUTANT OF RABBIT CYTOSOLIC SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 提交 2003-12-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–483（483 aa）链 B 1–483（483 aa）	突变：E75L 突变：E75L	PO4 PHOSPHATE ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 8000, KCl, potassium phosphate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.95 Å R-free 0.241
1RVY E75Q MUTANT OF RABBIT CYTOSOLIC SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE, COMPLEX WITH GLYCINE 提交 2003-12-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–483（483 aa）链 B 1–483（483 aa）	突变：E75Q 突变：E75Q	PLG N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；PEG 4000, KCl, KMES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K	分辨率 2.90 Å R-free 0.283

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLYC_RABIT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–483； UniProt 1–483 作者链 B； PDB构建体 1–483； UniProt 1–483

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rvu
沉积日期 deposition_date	2003-12-15
结构标题 title	E75Q MUTANT OF RABBIT CYTOSOLIC SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE
关键词 keywords	ONE CARBON METABOLISM, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.31 Å
零角强度 I(0) i0	172491000.00
分子量 molecular_weight	102720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127940 Å³
包络体积 envelope_volume	151500 Å³
水化壳体积 shell_volume	42896 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.8 Å
壳层 Rg shell_rg	37.10 Å
包络 Rg envelope_rg	28.64 Å
形状 Rg shape_rg	28.30 Å
总 Rg total_rg	29.09 Å
总原子数 total_atoms	7221
残基数 n_residues	929
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.4 Å
Rg (实空间) rg_real	29.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	172500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8901
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.291
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.312
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	60740000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.948

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic
分子量 formula_weight	52915.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.2.1
突变 mutation	E75Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7326

ATAVNGAPRDAALWSSHEQMLAQPLKDSDAEVYDIIKKESNRQRVGLELIASENFASRAVLEALGSCLNNKYSQGYPGQRYYGGTEHIDELETLCQKRALQAYGLDPQCWGVNVQPYSGSPANFAVYTALVEPHGRIMGLDLPDGGHLTHGFMTDKKKISATSIFFESMAYKVNPDTGYIDYDRLEENARLFHPKLIIAGTSCYSRNLDYGRLRKIADENGAYLMADMAHISGLVVAGVVPSPFEHCHVVTTTTHKTLRGCRAGMIFYRRGVRSVDPKTGKEILYNLESLINSAVFPGLQGGPHNHAIAGVAVALKQAMTPEFKEYQRQVVANCRALSAALVELGYKIVTGGSDNHLILVDLRSKGTDGGRAEKVLEACSIACNKNTCPGDKSALRPSGLRLGTPALTSRGLLEKDFQKVAHFIHRGIELTVQIQDDTGPRATLKEFKEKLAGDEKHQRAVRALRQEVESFAALFPLPGLPGF

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
通用名 common_name	rabbit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	105

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1rvua_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.4 — GABA-aminotransferase-like

结构域编号 domain_id	d1rvub_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.4 — GABA-aminotransferase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1rvuA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	1rvuA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	1rvuB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	1rvuB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.650 Å
晶胞边长 b length_b	114.650 Å
晶胞边长 c length_c	156.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	57.330 Å
R 因子 r_factor	0.2230
R_work r_work	0.2220
R_free r_free	0.2500

fit	/app/data/saxs_computation/rv/1rvu/1rvu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rv/1rvu/1rvu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rv/1rvu/1rvu.dat

E75Q MUTANT OF RABBIT CYTOSOLIC SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction