SAXSdb — 1rwh

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

chondroitin AC lyase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	;2,6-anhydro-3-deoxy-L-threo-hex-2-enonic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2,6-anhydro-3-deoxy-L-xylo-hexonic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose ; × 1 SODIUM ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 GLYCEROL × 3 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P84141_ARTAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–757； UniProt 1–757

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rwh
沉积日期 deposition_date	2003-12-16
结构标题 title	Crystal structure of Arthrobacter aurescens chondroitin AC lyase in complex with chondroitin tetrasaccharide
关键词 keywords	chondroitinase, chondroitin, chondroitin lyase, lyase; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1rwh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1rwh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1rwh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.07 Å
Rg（电子密度）	27.34 Å
总 Rg	28.13 Å
原子数	5685
残基数	754
排除体积	100390 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1rwh__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	chondroitin AC lyase
分子量 formula_weight	79863.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.2.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6837

EAEPGAAEFAALRNRWVDQITGRNVIQAGDPDFAKAITALNNKAADSLAKLDAAAGRTSVFTDLSLAKDAEMVTTYTRLSQLATAWATPTAAVFGDAAVLAAIKAGLADANTLCYNDRKEEVGNWWSWEIGVPRALADAMVLLHAELSAAERTAYCAAIDHFVPDPWLQFPPKRGKITSVGANRVDLCQGIIIRSLAGEDPTKLNHAVAGLSQVWQYVTSGDGIFRDGSFIQHSTTPYTGSYGVVLLTGLSKLFSLLGGTAFEVSDPTRSIFFDAVEGSFAPVMINGAMADAVRGRSISREANTGYDLGASAIEAILLLARAMDPATAARWRGLCAGWIARDTYRPILNSASVPRTALVKQLEATGVAPVAEATGHKLFPAMDRTMHRGPGWALSLALSSNRIAWYECGNGENNRGYHTGSGMTYFYTSDLGQYDDAFWATANYNRLPGITVDTTPLPDKVEGQWGAAVPADEWSGATALGEVAAVGQHLVGPGRTGLTARKSWFVSGDVTVCLGADISTASGAKVETIVDHRNLHQGSNTLTTAAGTIAGTAGTVEVLGDGRWVHLEGFGGYAMLDDSPLHVLRETRSGSWSGVNINGSATVQQRNFATLYVNHGVGPVAGSYAYMVAPGASVDLTRKLLEGNKYSVIRNDATAQSVEFKTAKTTAATFWKPGMAGDLGASGPACVVFSRHGNELSLAVSEPTQKAAGLTLTLPEGTWSSVLEGAGTLGTDADGRSTLTLDTTGLSGKTKLIKLKR

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;2,6-anhydro-3-deoxy-L-threo-hex-2-enonic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2,6-anhydro-3-deoxy-L-xylo-hexonic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose ;
分子量 formula_weight	870.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1107

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1rwha1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.3 — Chondroitin AC/alginate lyase
家族 Family family	a.102.3.2 — Hyaluronate lyase-like catalytic, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1rwha2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.24 — Hyaluronate lyase-like, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	b.24.1 — Hyaluronate lyase-like, C-terminal domain
家族 Family family	b.24.1.1 — Hyaluronate lyase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1rwha3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.30 — Supersandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.30.5 — Galactose mutarotase-like
家族 Family family	b.30.5.2 — Hyaluronate lyase-like, central domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1rwhA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Chondroitin AC/alginate lyase

结构域编号 domain_id	1rwhA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1rwhA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal

▶

晶胞边长 a length_a	57.621 Å
晶胞边长 b length_b	86.305 Å
晶胞边长 c length_c	80.514 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.250 Å
最低分辨率 resolution_low	25.240 Å
R 因子 r_factor	0.1135
R_work r_work	0.1134
R_free r_free	0.1416

Crystal structure of Arthrobacter aurescens chondroitin AC lyase in complex with chondroitin tetrasaccharide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

chondroitin AC lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1rwh__assembly_1__model_1

1rwh__assembly_1__model_1 | I(q)

1rwh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Arthrobacter aurescens chondroitin AC lyase in complex with chondroitin tetrasaccharide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

chondroitin AC lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1rwh__assembly_1__model_1

1rwh__assembly_1__model_1 | I(q)

1rwh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)