SAXSdb — 1s4z

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 104–176 链 B； UniProt 104–176	片段：chromo shadow domain	Chromatin assembly factor 1 subunit A × 1 （Q9QWF0）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 1 NMR测量条件：pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 1 NMR样品组成：15N-labelled and 13C,15N labelled material complexed with unlabelled peptide \| H2O NMR样品组成：15N labelled peptide complexed with unlabelled protein \| H2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1S4Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GUW STRUCTURE OF THE CHROMODOMAIN FROM MOUSE HP1beta IN COMPLEX WITH THE LYSINE 9-METHYL HISTONE H3 N-TERMINAL PEPTIDE, NMR, 25 STRUCTURES 提交 2002-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 10–80（71 aa）片段：CHROMODOMAIN, RESIDUES 8 - 80	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；压力 1 NMR样品组成 150 mM NACL, 20 mM PHOSPHATE BUFFER, 10% D2O	分辨率未提供

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–75； UniProt 104–176 作者链 B； PDB构建体 3–75； UniProt 104–176

Chromatin assembly factor 1 subunit A

Mus musculus

UniProt Q9QWF0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 210–238	片段：Chromatin Assembly Factor 1	Chromobox protein homolog 1 × 2 （P23197）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 1 NMR测量条件：pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 1 NMR样品组成：15N-labelled and 13C,15N labelled material complexed with unlabelled peptide \| H2O NMR样品组成：15N labelled peptide complexed with unlabelled protein \| H2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAFA_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–30； UniProt 210–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1s4z
沉积日期 deposition_date	2004-01-19
结构标题 title	HP1 chromo shadow domain in complex with PXVXL motif of CAF-1
关键词 keywords	GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.83 Å
零角强度 I(0) i0	3554580000.00
分子量 molecular_weight	508230.0 kDa
排除体积 excluded_volume	635880 Å³
包络体积 envelope_volume	71172 Å³
水化壳体积 shell_volume	24207 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.5 Å
壳层 Rg shell_rg	32.14 Å
包络 Rg envelope_rg	25.86 Å
形状 Rg shape_rg	19.79 Å
总 Rg total_rg	20.15 Å
总原子数 total_atoms	71025
残基数 n_residues	4500
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.6 Å
Rg (实空间) rg_real	20.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5550e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3220e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3555000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7930
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.581
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.033
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1836000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.572; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.609; Smooth: 0.979

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromobox protein homolog 1
分子量 formula_weight	8625.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	71025

HMKEESEKPRGFARGLEPERIIGATDSSGELMFLMKWKNSDEADLVPAKEANVKCPQVVISFYEERLTWHSYPSD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Chromatin assembly factor 1 subunit A
分子量 formula_weight	3113.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSKAGDLLFIEKVPVVVLEDILATKPSIAS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1s4za1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.2 — Chromo domain

结构域编号 domain_id	d1s4za2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1s4zb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.2 — Chromo domain

结构域编号 domain_id	d1s4zb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1s4zA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1s4zB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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fit	/app/data/saxs_computation/s4/1s4z/1s4z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s4/1s4z/1s4z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s4/1s4z/1s4z.dat

HP1 chromo shadow domain in complex with PXVXL motif of CAF-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chromatin assembly factor 1 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)