SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
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条目编号 entry_id 1s9o 沉积日期 deposition_date 2004-02-05 结构标题 title ;Solution structure of the nitrous acid induced DNA interstrand cross-linked dodecamer duplex CGCTAC(G)TAGCG with the cross-linked guanines denoted (G)
; 关键词 keywords DNA, NITROUS ACID, CROSS-LINK, EXTRAHELICAL CYTOSINES, MINOR GROOVE; DNA 实验方法 method SOLUTION NMR
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 12.22 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 12.17 Å 零角强度 I(0) i0 304523000.00 分子量 molecular_weight 87563.0 kDa 排除体积 excluded_volume 84688 ų 包络体积 envelope_volume 10142 ų 水化壳体积 shell_volume 7650 ų 包络直径 envelope_diameter 43.1 Å 壳层 Rg shell_rg 16.70 Å 包络 Rg envelope_rg 12.46 Å 形状 Rg shape_rg 12.02 Å 总 Rg total_rg 12.48 Å 总原子数 total_atoms 9036 残基数 n_residues 288 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 38.5 Å Rg (实空间) rg_real 12.22 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.27 Å I(0) (实空间) i0_real 3.0450e+08 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 3.4100e+06 Rg (倒空间) rg_reciprocal 12.22 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 304500000.0000 解质量估计 total_estimate 0.9064 解质量评级 solution_quality
EXCELLENT
a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks 1 主峰位置 r_peak_primary 37.5 Å 偏度 Skewness skewness 0.280 峰度 Kurtosis kurtosis -0.465 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 0.0000 最高正则化参数 α highest_alpha 112800.0000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.932;
Stabil: 0.999;
Sysdev: 1.000;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.988;
Smooth: 0.998
晶胞参数 Unit Cell
晶胞边长 a length_a 1.000 Å 晶胞边长 b length_b 1.000 Å 晶胞边长 c length_c 1.000 Å 晶胞夹角 α angle_alpha 90.00 ° 晶胞夹角 β angle_beta 90.00 ° 晶胞夹角 γ angle_gamma 90.00 ° 晶胞分子数 Z z_pdb 1
对称性 Symmetry
空间群 space_group P 1 空间群编号 int_tables_number 1 晶系 crystal_system —
Entity 1
polymer
描述 description 5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*CP*G)-3' 分子量 formula_weight 3663.4 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 2
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polydeoxyribonucleotide 链编号 strand_id A,B 原子数 atom_count 9036
CGCTACGTAGCG
Solution structure of a nitrous acid induced DNA interstrand cross-link.
Nucleic Acids Res. (2004)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/s9/1s9o/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/s9/1s9o/1s9o.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/s9/1s9o/1s9o_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/s9/1s9o/1s9o.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/s9/1s9o/1s9o.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/s9/1s9o/1s9o.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/s9/1s9o/1s9o_saxs_profile.png
Curves (3)
fit
/app/data/saxs_computation/s9/1s9o/1s9o.fit
pddf
/app/data/pr_computation/s9/1s9o/1s9o.pr.out
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/app/data/saxs_computation/s9/1s9o/1s9o.dat
