SAXSdb — 1sac

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERUM AMYLOID P COMPONENT

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–223 链 B； UniProt 20–223 链 C； UniProt 20–223 链 D； UniProt 20–223 链 E； UniProt 20–223	未记录	CA CALCIUM ION × 10 ACY ACETIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1SAC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GYK Serum Amyloid P Component co-crystallised with MOBDG at neutral pH 提交 2002-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 9 CDG METHYL 4,6-O-[(1R)-1-CARBOXYETHYLIDENE]-BETA-D-GALACTOPYRANOSIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 2.20 Å R-free 0.224
1LGN DECAMERIC DAMP COMPLEX OF HUMAN SERUM AMYLOID P COMPONENT 提交 1996-12-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 D5M 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；3 + 3 UL HANGING DROPS AT 277K PROTEIN SOLUTION: 20 MG/ML PROTEIN, 10 MM TRIS-HCL, PH 8.0, 140 MM NACL, 20 MM DAMP, 0.02 % NA-AZIDE. RESERVOIR SOLUTION: 100 MM BIS-TRIS PROPANE- HCL PH 8.0, 20 MM CALCIUM CHLORIDE, 12-14 % (W/V) POLYETHYLENEGLYCOL 4000., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.80 Å R-free 0.252
2A3W Decameric structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2-carboxy-2-methyl-1,3-dioxane]-5-yloxycarbamoyl}-ethane 提交 2005-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）链 F 20–223（204 aa）链 G 20–223（204 aa）链 H 20–223（204 aa）链 I 20–223（204 aa）链 J 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 20 CPJ BIS-1,2-{[(Z)-2-CARBOXY-2-METHYL-1,3-DIOXANE]-5-YLOXYCARBAMOYL}-ETHANE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；PEG 4000, PEG 400, sodium acetate, calcium acetate, sorbitol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.229
2A3W Decameric structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2-carboxy-2-methyl-1,3-dioxane]-5-yloxycarbamoyl}-ethane 提交 2005-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 K 20–223（204 aa）链 L 20–223（204 aa）链 M 20–223（204 aa）链 N 20–223（204 aa）链 O 20–223（204 aa）链 P 20–223（204 aa）链 Q 20–223（204 aa）链 R 20–223（204 aa）链 S 20–223（204 aa）链 T 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 20 CPJ BIS-1,2-{[(Z)-2-CARBOXY-2-METHYL-1,3-DIOXANE]-5-YLOXYCARBAMOYL}-ETHANE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；PEG 4000, PEG 400, sodium acetate, calcium acetate, sorbitol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.229
2A3X Decameric crystal structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2carboxy- 2-methyl-1,3-dioxane]- 5-yloxycarbonyl}-piperazine 提交 2005-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）链 F 20–223（204 aa）链 G 20–223（204 aa）链 H 20–223（204 aa）链 I 20–223（204 aa）链 J 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 20 CPK BIS-1,2-{[(Z)-2CARBOXY-2-METHYL-1,3-DIOXANE]-5-YLOXYCARBONYL}-PIPERAZINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；sodium acetate, calcium acetate, PEG 8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.282
2A3Y Pentameric crystal structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2carboxy-2-methyl-1,3-dioxane]-5-yloxycarbamoyl}-ethane. 提交 2005-06-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 CPJ BIS-1,2-{[(Z)-2-CARBOXY-2-METHYL-1,3-DIOXANE]-5-YLOXYCARBAMOYL}-ETHANE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；sodium actetate, calcium acetate, PEG 8000, PEG 400, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2W08 The structure of serum amyloid P component bound to 0-phospho- threonine 提交 2008-08-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 TPO PHOSPHOTHREONINE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.06M TRIS-HCL PH8, 16% PEG 550MME, 0.01M CACL2, 0.08M NACL, 0.1% NAN3, 14.2MG/ML PROTEIN, 50MM LIGAND	分辨率 1.70 Å R-free 0.176
3D5O Structural recognition and functional activation of FcrR by innate pentraxins 提交 2008-05-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 16 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；2.0 M NH4SO4, 5% iso-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.279
3KQR The structure of serum amyloid p component bound to phosphoethanolamine 提交 2009-11-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	OPE PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER × 5 CA CALCIUM ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.06M TRIS-HCL pH8, 16% PEG 550MME, 0.01M CaCl2, 0.14M NaCl, 0.1% NaN3,14.2mg/ml Protein, 0.05M Ligand, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.161
4AVS Structure of N-Acetyl-L-Proline bound to Serum Amyloid P Component 提交 2012-05-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CA CALCIUM ION × 10 N7P 1-ACETYL-L-PROLINE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.06 M TRIS-HCL, PH 8, 16% PEG 550 MME, 0.01 M CACL2, 0.08 M NACL AND 0.1% NAN3	分辨率 1.40 Å R-free 0.170
4AVT Structure of CPHPC bound to Serum Amyloid P Component 提交 2012-05-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）链 G 20–223（204 aa）链 I 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GHE (2R)-1-[6-[(2R)-2-carboxypyrrolidin-1-yl]-6-oxidanylidene-hexanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；60MM TRIS-HCL, 80MM NACL, 15% PEG550 MME, pH 7.6	分辨率 3.20 Å R-free 0.197
4AVT Structure of CPHPC bound to Serum Amyloid P Component 提交 2012-05-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 F 20–223（204 aa）链 H 20–223（204 aa）链 J 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GHE (2R)-1-[6-[(2R)-2-carboxypyrrolidin-1-yl]-6-oxidanylidene-hexanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；60MM TRIS-HCL, 80MM NACL, 15% PEG550 MME, pH 7.6	分辨率 3.20 Å R-free 0.197
4AVV Structure of CPHPC bound to Serum Amyloid P Component 提交 2012-05-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 8 GHE (2R)-1-[6-[(2R)-2-carboxypyrrolidin-1-yl]-6-oxidanylidene-hexanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid × 5 CD CADMIUM ION × 35 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；PH 4.6	分辨率 1.60 Å R-free 0.175
4AYU Structure of N-Acetyl-D-Proline bound to serum amyloid P component 提交 2012-06-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 N8P N-ACETYL-D-PROLINE × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；60 MM TRIS-HCL PH 8.0, 10 MM CACL2, 84 MM NACL, 20% GLYCEROL V/V, 17% PEG550 MME V/V	分辨率 1.50 Å R-free 0.168

共 12 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAMP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223 作者链 B； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223 作者链 C； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223 作者链 D； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223 作者链 E； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1sac
沉积日期 deposition_date	1994-01-27
结构标题 title	THE STRUCTURE OF PENTAMERIC HUMAN SERUM AMYLOID P COMPONENT
关键词 keywords	AMYLOID PROTEIN; AMYLOID PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.22 Å
零角强度 I(0) i0	189063000.00
分子量 molecular_weight	116920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	148350 Å³
包络体积 envelope_volume	183660 Å³
水化壳体积 shell_volume	41592 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.4 Å
壳层 Rg shell_rg	44.07 Å
包络 Rg envelope_rg	34.29 Å
形状 Rg shape_rg	35.21 Å
总 Rg total_rg	35.85 Å
总原子数 total_atoms	8271
残基数 n_residues	1020
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.2 Å
Rg (实空间) rg_real	36.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	189100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9029
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	55.9 Å
偏度 Skewness skewness	-0.010
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.846
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	143800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.963

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SERUM AMYLOID P COMPONENT
分子量 formula_weight	23282.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	8271

HTDLSGKVFVFPRESVTDHVNLITPLEKPLQNFTLCFRAYSDLSRAYSLFSYNTQGRDNELLVYKERVGEYSLYIGRHKVTSKVIEKFPAPVHICVSWESSSGIAEFWINGTPLVKKGLRQGYFVEAQPKIVLGQEQDSYGGKFDRSQSFVGEIGDLYMWDSVLPPENILSAYQGTPLPANILDWQALNYEIRGYVIIKPLVWV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1saca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d1sacb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d1sacc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d1sacd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d1sace_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1sacA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1sacB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1sacC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1sacD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1sacE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	68.900 Å
晶胞边长 b length_b	99.300 Å
晶胞边长 c length_c	96.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1790
R_work r_work	0.1790
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/sa/1sac/1sac.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sa/1sac/1sac.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sa/1sac/1sac.dat

THE STRUCTURE OF PENTAMERIC HUMAN SERUM AMYLOID P COMPONENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERUM AMYLOID P COMPONENT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution