SAXSdb — 1sbf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SOYBEAN AGGLUTININ

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 4 其他聚合物 4	beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MANGANESE (II) ION × 4 CALCIUM ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEC_SOYBN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–253； UniProt 33–285

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1sbf
沉积日期 deposition_date	1997-10-21
结构标题 title	SOYBEAN AGGLUTININ
关键词 keywords	LECTIN, AGGLUTININ; LECTIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1sbf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1sbf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1sbf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.65 Å
Rg（电子密度）	30.37 Å
总 Rg	31.12 Å
原子数	6936
残基数	936
排除体积	122710 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1sbf__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SOYBEAN AGGLUTININ
分子量 formula_weight	27595.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1756

AETVSFSWNKFVPKQPNMILQGDAIVTSSGKLQLNKVDENGTPKPSSLGRALYSTPIHIWDKETGSVASFAASFNFTFYAPDTKRLADGLAFFLAPIDTKPQTHAGYLGLFNENESGDQVVAVEFDTFRNSWDPPNPHIGINVNSIRSIKTTSWDLANNKVAKVLITYDASTSLLVASLVYPSQRTSNILSDVVDLKTSLPEWVRIGFSAATGLDIPGESHDVLSWSFASNLPHASSNIDPLDLTSFVLHEAI

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	383.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	22

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1sbfa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1sbfA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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晶胞边长 a length_a	122.640 Å
晶胞边长 b length_b	122.640 Å
晶胞边长 c length_c	90.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.430 Å
最低分辨率 resolution_low	99.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1870
R_free r_free	—

SOYBEAN AGGLUTININ

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SOYBEAN AGGLUTININ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1sbf__assembly_1__model_1

1sbf__assembly_1__model_1 | I(q)

1sbf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (2)

SOYBEAN AGGLUTININ

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SOYBEAN AGGLUTININ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1sbf__assembly_1__model_1

1sbf__assembly_1__model_1 | I(q)

1sbf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (2)