1scu

THE CRYSTAL STRUCTURE OF SUCCINYL-COA SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 117.7 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SUCCINYL-COA SYNTHETASE, ALPHA SUBUNIT

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–288 链 D； UniProt 1–288	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SUCCINYL-COA SYNTHETASE, BETA SUBUNIT × 2 （P0A836） COA COENZYME A × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1SCU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CQI Crystal Structure of the Complex of ADP and MG2+ with Dephosphorylated E. Coli Succinyl-CoA Synthetase 提交 1999-08-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–287（286 aa）片段：ALPHA SUBUNIT 链 D 2–287（286 aa）片段：ALPHA SUBUNIT	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 COA COENZYME A × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；AMMONIUM SULFATE, POTASSIUM PHOSPHATE, COENZYME A, pH 7.30, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.30 Å R-free 0.247
1CQJ CRYSTAL STRUCTURE OF DEPHOSPHORYLATED E. COLI SUCCINYL-COA SYNTHETASE 提交 1999-08-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–287（286 aa）片段：ALPHA SUBUNIT 链 D 2–287（286 aa）片段：ALPHA SUBUNIT	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 COA COENZYME A × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.3；294 K；ammonium sulfate, potassium phosphate, coenzyme A, pH 7.3, MICRODIALYSIS, temperature 294K	分辨率 2.90 Å R-free 0.228
1JKJ E. coli SCS 提交 2001-07-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–288（288 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 COA COENZYME A × 4 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.4；294 K；potassium phosphate, ammonium sulfate, pH 7.4, MICRODIALYSIS, temperature 294K	分辨率 2.35 Å R-free 0.238
1JKJ E. coli SCS 提交 2001-07-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–288（288 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 COA COENZYME A × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.4；294 K；potassium phosphate, ammonium sulfate, pH 7.4, MICRODIALYSIS, temperature 294K	分辨率 2.35 Å R-free 0.238
1JLL Crystal Structure Analysis of the E197betaA Mutant of E. coli SCS 提交 2001-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–288（288 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 COA COENZYME A × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；294 K；Bicine, ammonium sulfate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.69 Å R-free 0.259
1JLL Crystal Structure Analysis of the E197betaA Mutant of E. coli SCS 提交 2001-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–288（288 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 COA COENZYME A × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；294 K；Bicine, ammonium sulfate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.69 Å R-free 0.259
2SCU A detailed description of the structure of Succinyl-COA synthetase from Escherichia coli 提交 1998-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–289（288 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	COA COENZYME A × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.30 Å
2SCU A detailed description of the structure of Succinyl-COA synthetase from Escherichia coli 提交 1998-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–289（288 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	COA COENZYME A × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.30 Å

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUCD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 D； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288

SUCCINYL-COA SYNTHETASE, BETA SUBUNIT

Escherichia coli

UniProt P0A836

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–388 链 E； UniProt 1–388	未记录	SUCCINYL-COA SYNTHETASE, ALPHA SUBUNIT × 2 （P07459） COA COENZYME A × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1SCU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JKJ E. coli SCS 提交 2001-07-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–388（388 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 COA COENZYME A × 4 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.4；294 K；potassium phosphate, ammonium sulfate, pH 7.4, MICRODIALYSIS, temperature 294K	分辨率 2.35 Å R-free 0.238
1JKJ E. coli SCS 提交 2001-07-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–388（388 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 COA COENZYME A × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.4；294 K；potassium phosphate, ammonium sulfate, pH 7.4, MICRODIALYSIS, temperature 294K	分辨率 2.35 Å R-free 0.238
1JLL Crystal Structure Analysis of the E197betaA Mutant of E. coli SCS 提交 2001-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–388（388 aa）	突变：E197A	PO4 PHOSPHATE ION × 2 COA COENZYME A × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；294 K；Bicine, ammonium sulfate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.69 Å R-free 0.259
1JLL Crystal Structure Analysis of the E197betaA Mutant of E. coli SCS 提交 2001-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–388（388 aa）	突变：E197A	PO4 PHOSPHATE ION × 2 COA COENZYME A × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；294 K；Bicine, ammonium sulfate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.69 Å R-free 0.259
2NU6 C123aA Mutant of E. coli Succinyl-CoA Synthetase 提交 2006-11-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–388（388 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 COA COENZYME A × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；294 K；BICINE, ammonium sulfate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.55 Å R-free 0.247
2NU6 C123aA Mutant of E. coli Succinyl-CoA Synthetase 提交 2006-11-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–388（388 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 COA COENZYME A × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；294 K；BICINE, ammonium sulfate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.55 Å R-free 0.247
2NU7 C123aS Mutant of E. coli Succinyl-CoA Synthetase 提交 2006-11-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–388（388 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 COA COENZYME A × 6 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；294 K；BICINE, ammonium sulfate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
2NU7 C123aS Mutant of E. coli Succinyl-CoA Synthetase 提交 2006-11-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–388（388 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 COA COENZYME A × 6 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；294 K；BICINE, ammonium sulfate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
2NU8 C123aT Mutant of E. coli Succinyl-CoA Synthetase 提交 2006-11-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–388（388 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 COA COENZYME A × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；294 K；BICINE, Ammonium sulfate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.15 Å R-free 0.255
2NU8 C123aT Mutant of E. coli Succinyl-CoA Synthetase 提交 2006-11-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–388（388 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 COA COENZYME A × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；294 K；BICINE, Ammonium sulfate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.15 Å R-free 0.255
2NU9 C123aT Mutant of E. coli Succinyl-CoA Synthetase Orthorhombic Crystal Form 提交 2006-11-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–388（388 aa）链 G 1–388（388 aa）	未记录	COA COENZYME A × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；294 K；BICINE, ammonium sulfate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.90 Å R-free 0.251
2NU9 C123aT Mutant of E. coli Succinyl-CoA Synthetase Orthorhombic Crystal Form 提交 2006-11-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–388（388 aa）链 I 1–388（388 aa）	未记录	COA COENZYME A × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；294 K；BICINE, ammonium sulfate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.90 Å R-free 0.251
2NUA C123aV Mutant of E. coli Succinyl-CoA Synthetase 提交 2006-11-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–388（388 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 COA COENZYME A × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；294 K；Tris-HCl, ammonium sulfate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.95 Å R-free 0.264
2NUA C123aV Mutant of E. coli Succinyl-CoA Synthetase 提交 2006-11-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–388（388 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 COA COENZYME A × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；294 K；Tris-HCl, ammonium sulfate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.95 Å R-free 0.264

共 7 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUCC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388 作者链 E； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1scu
沉积日期 deposition_date	1993-11-18
结构标题 title	THE CRYSTAL STRUCTURE OF SUCCINYL-COA SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywords	LIGASE (ATP-BINDING); LIGASE (ATP-BINDING)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.79 Å
零角强度 I(0) i0	311286000.00
分子量 molecular_weight	143760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	180600 Å³
包络体积 envelope_volume	221250 Å³
水化壳体积 shell_volume	51589 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.26 Å
包络 Rg envelope_rg	35.10 Å
形状 Rg shape_rg	35.79 Å
总 Rg total_rg	36.22 Å
总原子数 total_atoms	10078
残基数 n_residues	1350
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.7 Å
Rg (实空间) rg_real	35.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	311300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8864
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.352
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.406
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	71540000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.861

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SUCCINYL-COA SYNTHETASE, ALPHA SUBUNIT
分子量 formula_weight	29758.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	10188

SILIDKNTKVICQGFTGSQGTFHSEQAIAYGTKMVGGVTPGKGGTTHLGLPVFNTVREAVAATGATASVIYVPAPFCKDSILEAIDAGIKLIITITEGIPTLDMLTVKVKLDEAGVRMIGPNCPGVITPGECKIGIQPGHIHKPGKVGIVSRSGTLTYEAVKQTTDYGFGQSTCVGIGGDPIPGSNFIDILEMFEKDPQTEAIVMIGEIGGSAEEEAAAYIKEHVTKPVVGYIAGVTAPKGKRMGHAGAIIAGGKGTADEKFAALEAAGVKTVRSLADIGEALKTVLK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SUCCINYL-COA SYNTHETASE, BETA SUBUNIT
分子量 formula_weight	41438.5 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MNLHEYQAKQLFARYGLPAPVGYACTTPREAEEAASKIGAGPWVVKCQVHAGGRGKAGGVKVVNSKEDIRAFAENWLGKRLVTYQTDANGQPVNQILVEAATDIAKELYLGAVVDRSSRRVVFMASTEGGVEIEKVAEETPHLIHKVALDPLTGPMPYQGRELAFKLGLEGKLVQQFTKIFMGLATIFLERDLALIEINPLVITKQGDLICLDGKLGADGNALFRQPDLREMRDQSQEDPREAQAAQWELNYVALDGNIGCMVNGAGLAMGTMDIVKLHGGEPANFLDVGGGATKERVTEAFKIILSDDKVKAVLVNIFGGIVRCDLIADGIIGAVAEVGVNVPVVVRLEGNNAELGAKKLADSGLNIIAAKGLTDAAQQVVAAVEGK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	COENZYME A
分子量 formula_weight	767.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	110

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1scua1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.8 — CoA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1scua2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.4 — Succinyl-CoA synthetase domains
家族 Family family	c.23.4.1 — Succinyl-CoA synthetase domains

结构域编号 domain_id	d1scub1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.4 — Succinyl-CoA synthetase domains
家族 Family family	c.23.4.1 — Succinyl-CoA synthetase domains

结构域编号 domain_id	d1scub2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family family	d.142.1.4 — Succinyl-CoA synthetase, beta-chain, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1scud1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.8 — CoA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1scud2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.4 — Succinyl-CoA synthetase domains
家族 Family family	c.23.4.1 — Succinyl-CoA synthetase domains

结构域编号 domain_id	d1scue1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.4 — Succinyl-CoA synthetase domains
家族 Family family	c.23.4.1 — Succinyl-CoA synthetase domains

结构域编号 domain_id	d1scue2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family family	d.142.1.4 — Succinyl-CoA synthetase, beta-chain, N-terminal domain

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	1scuA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1scuA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	261 — Succinyl-CoA synthetase domains

结构域编号 domain_id	1scuB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP-grasp fold, B domain

结构域编号 domain_id	1scuB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP-grasp fold, A domain

结构域编号 domain_id	1scuB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	261 — Succinyl-CoA synthetase domains

结构域编号 domain_id	1scuD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1scuD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	261 — Succinyl-CoA synthetase domains

结构域编号 domain_id	1scuE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP-grasp fold, B domain

结构域编号 domain_id	1scuE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP-grasp fold, A domain

结构域编号 domain_id	1scuE03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	261 — Succinyl-CoA synthetase domains

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	98.470 Å
晶胞边长 b length_b	98.470 Å
晶胞边长 c length_c	400.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 2 2
空间群编号 int_tables_number	95
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	100.000 Å
R 因子 r_factor	0.2160
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/sc/1scu/1scu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sc/1scu/1scu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sc/1scu/1scu.dat

THE CRYSTAL STRUCTURE OF SUCCINYL-COA SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SUCCINYL-COA SYNTHETASE, ALPHA SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SUCCINYL-COA SYNTHETASE, BETA SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)