SAXSdb — 1scw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 32–380	未记录	CP5 (2Z)-3-{[OXIDO(OXO)PHOSPHINO]OXY}-2-PHENYLACRYLATE × 1 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM sodium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.13 Å R-free 0.143

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1SCW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CEF CEFOTAXIME COMPLEXED WITH THE STREPTOMYCES R61 DD-PEPTIDASE 提交 1995-01-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–380（349 aa）	未记录	CEF CEFOTAXIME, C3' cleaved, open, bound form × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.04 Å R-free 0.240
1CEG CEPHALOTHIN COMPLEXED WITH DD-PEPTIDASE 提交 1995-01-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–380（349 aa）	未记录	CEP CEPHALOTHIN GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.212
1HVB CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOMYCES R61 DD-PEPTIDASE COMPLEXED WITH A NOVEL CEPHALOSPORIN ANALOG OF CELL WALL PEPTIDOGLYCAN 提交 2001-01-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–380（349 aa）	未记录	CEH 5-{3-(S)-(4-(R)-ACETYLAMINO-4-CARBOXY-BUTYRYLAMINO)-3-[1-(R)-(1-(R)-CARBOXY-ETHYLCARBAMOYL)-ETHYLCARBAMOYL]-PROPYL}-2-( CARBOXY-PHENYLACETYLAMINO-METHYL)-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；PEG 8000, sodium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.17 Å R-free 0.153
1IKG MICHAELIS COMPLEX OF STREPTOMYCES R61 DD-PEPTIDASE WITH A SPECIFIC PEPTIDOGLYCAN SUBSTRATE FRAGMENT 提交 2001-05-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–380（349 aa）	未记录	REX GLYCYL-L-ALPHA-AMINO-EPSILON-PIMELYL-D-ALANYL-D-ALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；PEG 8000, SODIUM PHOSPHATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 1.90 Å R-free 0.184
1IKI COMPLEX OF STREPTOMYCES R61 DD-PEPTIDASE WITH THE PRODUCTS OF A SPECIFIC PEPTIDOGLYCAN SUBSTRATE FRAGMENT 提交 2001-05-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–380（349 aa）	未记录	REY GLYCYL-L-ALPHA-AMINO-EPSILON-PIMELYL-D-ALANINE × 1 DAL D-ALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；PEG 8000, SODIUM PHOSPHATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K	分辨率 1.25 Å R-free 0.154
1MPL CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHONATE-INHIBITED D-ALA-D-ALA PEPTIDASE REVEALS AN ANALOG OF A TETRAHEDRAL TRANSITION STATE 提交 2002-09-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–380（349 aa）片段：DD-Peptidase	未记录	RE1 GLYCYL-L-A-AMINOPIMELYL-E-(D-2-AMINOETHYL)PHOSPHONATE × 1 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；PEG 8000, SODIUM PHOSPHATE, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.12 Å R-free 0.140
1PW1 Non-Covalent Complex Of Streptomyces R61 DD-Peptidase With A Highly Specific Penicillin 提交 2003-06-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–380（349 aa）片段：DD-PEPTIDASE	未记录	HEL (2S,5R,6R)-6-{[(6R)-6-(GLYCYLAMINO)-7-OXIDO-7-OXOHEPTANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLATE × 1 GOL GLYCEROL × 3 FOR FORMYL GROUP × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM Sodium Phosphate, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.20 Å R-free 0.151
1PW8 Covalent Acyl Enzyme Complex Of The R61 DD-Peptidase with A Highly Specific Cephalosporin 提交 2003-07-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–380（349 aa）片段：DD-PEPTIDASE	未记录	H2A (6R,7R)-3-[(ACETYLOXY)METHYL]-7-{[(6S)-6-(GLYCYLAMINO)-7-OXIDO-7-OXOHEPTANOYL]AMINO}-8-OXO-5-THIA-1-AZABICYCLO[4.2.0]OCTANE-2-CARBOXYLATE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM Sodium Phosphate, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.30 Å R-free 0.150
1PWC penicilloyl acyl enzyme complex of the Streptomyces R61 DD-peptidase with penicillin G 提交 2003-07-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–380（349 aa）片段：DD-PEPTIDASE	未记录	PNM OPEN FORM - PENICILLIN G × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM Sodium Phosphate, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.10 Å R-free 0.148
1PWD Covalent acyl enzyme complex of the Streptomyces R61 DD-peptidase with cephalosporin C 提交 2003-07-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–380（349 aa）片段：DD-PEPTIDASE	未记录	0MU (2R)-5-(acetyloxymethyl)-2-[(1R)-1-[[(5R)-5-azanyl-6-oxidanyl-6-oxidanylidene-hexanoyl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-5,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM Sodium Phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.20 Å R-free 0.166
1PWG Covalent Penicilloyl Acyl Enzyme Complex Of The Streptomyces R61 DD-Peptidase With A Highly Specific Penicillin 提交 2003-07-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–380（349 aa）片段：DD-PEPTIDASE	未记录	HE0 (2R,4S)-2-[(1R)-1-{[(6S)-6-carboxy-6-(glycylamino)hexanoyl]amino}-2-oxoethyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM Sodium Phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.07 Å R-free 0.146
1SDE Toward Better Antibiotics: Crystal Structure Of D-Ala-D-Ala Peptidase inhibited by a novel bicyclic phosphate inhibitor 提交 2004-02-13	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–378（347 aa）	未记录	2PB 2-[(DIOXIDOPHOSPHINO)OXY]BENZOATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM sodium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.15 Å R-free 0.140
1YQS Inhibition of the R61 DD-Peptidase by N-benzoyl-beta-sultam 提交 2005-02-02	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–380（349 aa）片段：DD-PEPTIDASE	未记录	BSA 2-(BENZOYLAMINO)ETHANESULFONIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM sodium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.05 Å R-free 0.136
3PTE THE REFINED CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A DD-PEPTIDASE PENICILLIN-TARGET ENZYME AT 1.6 A RESOLUTION 提交 1994-08-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–380（349 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.211

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DAC_STRSR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–349； UniProt 32–380

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1scw
沉积日期 deposition_date	2004-02-12
结构标题 title	TOWARD BETTER ANTIBIOTICS: CRYSTAL STRUCTURE OF R61 DD-PEPTIDASE INHIBITED BY A NOVEL MONOCYCLIC PHOSPHATE INHIBITOR
关键词 keywords	CYCLIC PHOSPHATE, ANTIBIOTIC, PEPTIDOGLYCAN, PENICILLIN BINDING PROTEIN, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.75 Å
零角强度 I(0) i0	25273400.00
分子量 molecular_weight	37649.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46671 Å³
包络体积 envelope_volume	50872 Å³
水化壳体积 shell_volume	21929 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.89 Å
包络 Rg envelope_rg	19.02 Å
形状 Rg shape_rg	18.73 Å
总 Rg total_rg	19.68 Å
总原子数 total_atoms	2646
残基数 n_residues	345
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.7 Å
Rg (实空间) rg_real	19.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	25270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7229
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.115
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.474
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5747000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.210; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.974

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
分子量 formula_weight	37422.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.16.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3284

ADLPAPDDTGLQAVLHTALSQGAPGAMVRVDDNGTIHQLSEGVADRATGRAITTTDRFRVGSVTKSFSAVVLLQLVDEGKLDLDASVNTYLPGLLPDDRITVRQVMSHRSGLYDYTNDMFAQTVPGFESVRNKVFSYQDLITLSLKHGVTNAPGAAYSYSNTNFVVAGMLIEKLTGHSVATEYQNRIFTPLNLTDTFYVHPDTVIPGTHANGYLTPDEAGGALVDSTEQTVSWAQSAGAVISSTQDLDTFFSALMSGQLMSAAQLAQMQQWTTVNSTQGYGLGLRRRDLSCGISVYGHTGTVQGYYTYAFASKDGKRSVTALANTSNNVNVLNTMARTLESAFCGKPTT

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2Z)-3-{[OXIDO(OXO)PHOSPHINO]OXY}-2-PHENYLACRYLATE
分子量 formula_weight	225.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	510

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1scwa_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1scwA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	50.900 Å
晶胞边长 b length_b	66.700 Å
晶胞边长 c length_c	100.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.130 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1040
R_work r_work	0.1023
R_free r_free	0.1435

fit	/app/data/saxs_computation/sc/1scw/1scw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sc/1scw/1scw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sc/1scw/1scw.dat

TOWARD BETTER ANTIBIOTICS: CRYSTAL STRUCTURE OF R61 DD-PEPTIDASE INHIBITED BY A NOVEL MONOCYCLIC PHOSPHATE INHIBITOR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction